PDB-4a27: Crystal structure of human synaptic vesicle membrane protein VAT-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a27

タイトル

Crystal structure of human synaptic vesicle membrane protein VAT-1 homolog-like protein

要素

SYNAPTIC VESICLE MEMBRANE PROTEIN VAT-1 HOMOLOG-LIKE

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Vollmar, M. / Shafqat, N. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Synaptic Vesicle Membrane Protein Vat-1 Homolog-Like Protein
著者: Vollmar, M. / Shafqat, N. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Yue, W.W. / Oppermann, U.

履歴

登録	2011年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月14日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a27.cif.gz	251.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a27.ent.gz	201.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a27.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4a27_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a27_full_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示
XML形式データ	4a27_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	4a27_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/4a27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/4a27	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yb5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1d1t-4 1u3v-d 1hdz-d 2ejv-d 1d1t-3 1bto-2 6xt2-2 6k3g-1 1ju9-d 1bto-1 3cos-1 1d1s-4 2cf5-1 1agn-2 1ldy-2 6adh-d 5kj1-d 5kjf-d 6ljh-1 2fze-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SYNAPTIC VESICLE MEMBRANE PROTEIN VAT-1 HOMOLOG-LIKE

B: SYNAPTIC VESICLE MEMBRANE PROTEIN VAT-1 HOMOLOG-LIKE

ヘテロ分子

77.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.509, 62.104, 83.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	SYNAPTIC VESICLE MEMBRANE PROTEIN VAT-1 HOMOLOG-LIKE / HUMAN SYNAPTIC VESICLE MEMBRANE PROTEIN VAT-1 HOMOLOG-LIKE PROTEIN 分子量: 38395.465 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 41-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9HCJ6, 酸化還元酵素
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	STARTING RESIDUES ARE DUE TO CONSTRUCT DESIGN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.20 M NABR, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 6.5, 20.0% PEG 3350, 10.0% ETHYLENE GLYCOL.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→19.76 Å / Num. obs: 40044 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 39.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 1YB5

1yb5

解像度: 2.1→19.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 10.067 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22956	2009	5 %	RANDOM
R_work	0.1848	-	-	-
obs	0.18702	38011	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	0 Å²	-3.25 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4681	0	36	137	4854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	3226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.517	1.98	6485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.152	3	7895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.307	5	618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.221	24.324	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.361	15	796
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.261	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	127	-
R_work	0.265	2700	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8951	-0.2435	0.4087	1.7216	0.3385	0.3245	-0.2603	0.0815	0.2746	-0.0714	0.0583	0.1589	-0.1476	0.1196	0.202	0.2082	-0.066	-0.1279	0.3737	0.0484	0.1739	-3.6147	14.7173	4.4085
2	1.1587	0.0533	0.9875	0.0169	0.0537	0.9221	-0.0612	-0.0602	0.0597	-0.0247	0.0176	0.0576	-0.0082	0.0002	0.0435	0.2206	-0.0079	-0.0284	0.2189	-0.0259	0.3138	-21.1579	4.2365	-0.493
3	1.2469	-0.3657	0.7788	0.8084	-1.1517	1.7053	0.3119	0.3739	-0.0965	-0.2381	-0.2282	0.0307	0.3736	0.3892	-0.0837	0.2856	0.11	-0.0527	0.2816	-0.0591	0.2548	-22.6271	-4.3656	-20.8309
4	1.9035	-0.0491	1.5539	0.4358	0.1416	1.4821	-0.0584	-0.0104	0.0896	0.091	0.0049	0.0715	0.0077	0.1793	0.0535	0.1796	0.0146	0.0066	0.2621	-0.0165	0.2258	-15.3032	5.0573	0.2081
5	0.2341	-0.054	0.306	0.4984	-0.1489	0.4312	-0.0409	0.0875	-0.0252	0.0907	0.0647	-0.0449	-0.01	0.0548	-0.0239	0.2552	-0.0121	0.0361	0.2926	-0.0224	0.2279	-45.4325	7.0974	-39.2694
6	15.6199	-32.8413	-28.8908	108.3636	30.2083	77.1539	1.4893	0.1024	-0.8949	-3.6347	-3.6781	1.5308	-1.4737	2.702	2.1888	0.1405	0.1469	0.0068	0.458	0.2054	0.3546	-37.9301	31.7597	-37.0866
7	1.334	-0.1724	1.1656	0.3943	-0.3587	1.158	-0.0348	0.2301	0.2405	0.0757	-0.1652	-0.0522	-0.064	0.2096	0.2	0.2461	0.02	-0.0099	0.2735	0.0595	0.2865	-29.9823	15.488	-25.9289
8	0.286	0.3055	-0.49	0.6959	0.1107	2.0452	-0.0301	-0.0159	0.04	-0.0692	0.1088	0.0229	-0.1151	0.1013	-0.0787	0.2939	0.0229	0.011	0.264	-0.0232	0.2048	-48.946	16.9873	-41.0672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	118 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	227 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	313 - 386
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	40 - 212
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	213 - 220
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	221 - 337
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	338 - 386

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)