PDB-4a1i: ykud from B.subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a1i

タイトル

ykud from B.subtilis

要素

PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

キーワード

TRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

spore wall / 転移酵素 / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycosyltransferase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Blaise, M. / Fuglsang Midtgaard, S. / Roi Midtgaard, S. / Boesen, T. / Thirup, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structures of Three New Crystal Forms of the Ykud L,D-Transpeptidase from B. Subtilis.
著者: Blaise, M. / Fuglsang Midtgaard, S. / Roi Midtgaard, S. / Boesen, T. / Thirup, S.

履歴

登録	2011年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月3日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a1i.cif.gz	531.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a1i.ent.gz	439 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4a1i_validation.pdf.gz	491.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a1i_full_validation.pdf.gz	501 KB	表示
XML形式データ	4a1i_validation.xml.gz	65 KB	表示
CIF形式データ	4a1i_validation.cif.gz	93.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/4a1i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4a1kC 1y7mS 3zqd 4a1j S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5igu-d 2wvc-d 5bu1-d 3hzj-1 6lbj-2 2wvb-d 3g4g-1 3r5e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

B: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

C: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

D: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

E: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

F: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

G: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

H: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

144 kDa, 8 ポリマー
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1

A: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

H: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 2 ポリマー
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2

G: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

B: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36 kDa, 2 ポリマー
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3

B: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

G: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36 kDa, 2 ポリマー
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4

C: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

F: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 2 ポリマー
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5

D: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

E: PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.450, 91.850, 123.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.25, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PUTATIVE L, D-TRANSPEPTIDASE YKUD / YKUD L\ / D TRANSPEPTIDASE / SPORE PROTEIN YKUD 分子量: 17604.230 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O34816, 転移酵素
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 118 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 118 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 118 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLN 118 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLN 118 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, GLN 118 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, GLN 118 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, GLN 118 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, LYS 117 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, GLN 118 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.01 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 100 MM MES PH 6.0, 150 MM LISO4, 30% PEG 5000, 10MM CDCL2 AND 0.5 MM N-ACETYL-CHITOPENTAOSE.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.33
反射	解像度: 1.76→123 Å / Num. obs: 120001 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.15 % / B_iso Wilson estimate: 15.03 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 1.76→1.8 Å / 冗長度: 2.11 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y7M

1y7m

解像度: 1.76→51.302 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2181	2006	1.7 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1737	119988	97.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.383 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7211 Å²	0 Å²	0.1218 Å²
2-	-	-1.4406 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.127 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→51.302 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9896	0	126	1541	11563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	10192
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.92	13912
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.364	3684
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	1624
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1772

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.804	0.2769	145	0.2377	8505	X-RAY DIFFRACTION	100
1.804-1.8528	0.3064	142	0.2169	8573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8528-1.9073	0.2605	147	0.2071	8575	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9073-1.9689	0.2402	147	0.1969	8512	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9689-2.0393	0.2535	143	0.1878	8485	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0393-2.1209	0.2419	147	0.1823	8487	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1209-2.2174	0.2357	144	0.1764	8500	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2174-2.3343	0.2259	144	0.1672	8452	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3343-2.4806	0.1814	141	0.1694	8395	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4806-2.6721	0.2056	147	0.1748	8385	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6721-2.941	0.2518	140	0.178	8290	X-RAY DIFFRACTION	96
2.941-3.3665	0.1912	139	0.1769	8257	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3665-4.2411	0.2194	137	0.146	8242	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2411-51.3242	0.1599	143	0.1482	8324	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2838	-0.5045	-0.2758	1.8328	0.1902	4.1618	-0.0256	0.1772	-0.1744	-0.1671	-0.0567	-0.1414	-0.0493	-0.1441	0.0807	0.0793	-0.0031	0.0299	0.0768	0.0035	0.1277	-4.7836	14.5188	13.433
2	1.4171	0.3866	-0.2308	0.8803	-0.4263	1.1867	0.0383	-0.0136	0.1988	-0.0204	0.0257	-0.1127	-0.198	0.0789	-0.0329	0.1017	-0.0302	0.0308	0.0908	-0.0449	0.0999	12.0328	12.7067	27.6418
3	1.7627	0.1957	0.3508	2.2503	-0.3827	2.0154	0.0143	-0.226	0.0981	0.1646	0.065	-0.1346	-0.111	-0.0071	-0.0536	0.0809	-0.0134	0.0095	0.1088	-0.0296	0.0814	7.4365	9.799	34.8251
4	3.902	-0.9687	-0.3325	2.0177	0.0108	3.0217	-0.1295	-0.0231	-0.1632	-0.0295	0.0119	0.1654	0.1052	-0.0325	0.0725	0.0412	0.0086	-0.0093	0.0745	-0.0069	0.0824	32.1732	10.3779	77.0066
5	3.9113	-0.6499	2.1097	1.3052	-1.1591	2.288	-0.214	-0.1221	-0.1682	0.2593	0.054	-0.0868	-0.2832	0.1414	0.1354	0.1001	0.0106	-0.0037	0.0969	-0.0126	0.1104	28.0546	15.0799	80.1569
6	1.5222	-0.2446	-0.2188	3.4945	1.527	2.3695	0.0654	0.126	-0.0477	-0.0164	-0.0853	0.1982	-0.0455	-0.0444	0.0115	0.0217	0.0017	0.0003	0.0427	0.0006	0.0447	8.9548	10.353	63.4312
7	1.1699	-0.0127	0.0144	2.586	0.2508	1.1713	0.0143	0.1109	-0.0461	-0.0911	0.0154	-0.0405	0.0051	0.0395	-0.0185	0.0501	0.0258	-0.0134	0.0815	-0.02	0.0631	20.5443	5.6313	59.8256
8	4.0677	-0.2287	0.718	2.4031	0.0984	4.2047	-0.0582	-0.0162	0.0771	-0.0899	0.0003	-0.295	0.0281	0.016	0.0477	0.0748	0.0086	0.0008	0.0657	0.0114	0.0982	-5.0406	37.3242	45.9941
9	2.1912	-0.98	-1.604	2.9443	2.7312	3.2921	-0.2092	-0.1957	0.2678	0.3716	0.0695	0.1043	0.2655	0.0013	0.1521	0.1303	0.0126	-0.0387	0.1	0.0061	0.188	-6.2629	35.5588	53.8249
10	2.4432	0.3602	-1.6005	1.1806	-0.2557	2.0049	0.1656	-0.2169	-0.8972	0.0718	0.0125	0.0777	0.1088	-0.2646	-0.1666	0.1695	0.0077	-0.0404	0.1949	0.0299	0.2404	6.4911	28.3667	42.2699
11	1.5143	1.9683	0.1639	9.0728	-2.0106	2.1275	-0.0179	0.1666	-0.188	0.3108	-0.0785	-0.249	0.0085	0.1207	0.0312	0.0681	0.0289	0.0088	0.1106	-0.0288	0.0928	15.5823	41.5247	33.8689
12	1.441	-0.7688	0.3412	1.2536	-0.7637	0.9731	0.0284	0.139	-0.0138	-0.0587	-0.1015	-0.1604	0.1035	0.296	0.066	0.1015	0.0421	-0.0024	0.1301	-0.0153	0.0796	14.797	42.1139	31.7957
13	2.4149	0.1627	-0.8557	2.5845	-0.3818	3.0133	0.0078	0.169	0.0626	-0.1916	0.0401	0.1171	0.0547	-0.0758	-0.033	0.0799	0.018	0.0087	0.0902	-0.0018	0.0619	4.4899	42.3355	27.166
14	0.8242	0.2087	0.0853	4.5724	0.9363	4.3487	-0.0414	-0.0029	-0.2198	0.2547	0.1374	-0.2522	0.815	0.3695	0.0092	0.3105	0.0845	0.0186	0.1925	-0.0463	0.1103	10.8207	33.8641	22.8292
15	2.165	1.0433	0.0677	6.6631	-0.5547	1.1379	0.0625	-0.0789	-0.2451	0.2587	0.0128	-0.5333	0.0476	0.0332	-0.082	0.1077	0.0351	0.0047	0.0763	-0.01	0.0945	10.7329	38.3008	37.3655
16	7.3542	-3.3278	-0.482	3.6025	-0.23	4.7821	-0.3364	-0.0584	0.5629	0.1479	0.2477	-0.3785	0.0208	-0.0103	0.0668	0.1189	-0.0215	-0.0313	0.112	0.0036	0.1431	27.6247	-3.6625	18.9156
17	0.6956	0.5694	-0.3601	2.8532	-1.4774	3.5101	0.0021	0.092	-0.1116	-0.1191	-0.0404	0.0871	0.0849	-0.1607	0.0271	0.0397	0.0202	0.012	0.0964	-0.0158	0.0904	20.2744	-5.9484	12.5694
18	0.3813	-0.1524	0.2369	0.1263	-0.0345	0.2019	-0.1584	-0.3691	0.1998	0.1621	0.0507	0.1114	0.1047	0.0295	-0.0418	0.0733	-0.0012	0.0558	0.2123	-0.0693	0.1538	20.5193	-5.9306	24.6331
19	2.4349	0.4896	-1.3294	0.2816	0.1932	2.0142	-0.0462	-0.0234	0.064	0.0881	0.1064	0.131	0.0632	-0.0934	-0.0506	0.0561	0.0268	-0.0126	0.0741	0.0082	0.071	37.4235	-7.7464	9.0012
20	1.7923	-1.1989	0.8444	5.0501	-3.9353	5.0279	0.154	0.1179	0.1104	-0.2327	-0.259	-0.2888	0.2564	0.1553	0.0926	0.0665	0.0136	0.0077	0.0544	-0.004	0.0719	47.9966	-7.4189	0.6413
21	3.5564	-3.2678	-1.4377	6.4445	1.2967	2.242	0.0298	0.0365	0.2677	0.0562	-0.0805	-0.1268	-0.2578	-0.0391	0.0581	0.075	0.0168	0.0002	0.0678	0.01	0.1151	36.7373	10.3482	1.5222
22	2.6991	0.1805	-0.6847	1.9444	-0.6048	1.6073	0.0356	0.1548	-0.2493	0.1332	0.0594	0.0428	0.2182	-0.3005	-0.1423	0.0703	0.0464	0.0231	0.0891	0.0358	0.0587	31.9702	-6.6124	2.8682
23	2.1267	0.1127	-1.2848	1.2414	-0.0046	2.7483	0.0119	0.1251	0.0117	-0.1557	-0.0419	0.1282	-0.0575	-0.2361	0.0103	0.0801	0.0402	0.007	0.0864	0.012	0.0722	31.149	0.037	-5.5844
24	1.8252	-2.3358	0.4574	6.2431	1.2183	4.7587	-0.0418	0.0529	0.0005	-0.1443	-0.02	0.075	-0.004	0.1956	0.0188	0.0571	0.0146	0.0067	0.0981	0.0053	0.0778	37.1648	5.9598	-5.5836
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26	4.0973	0.1551	-0.2068	2.2754	-0.161	4.6656	0.0237	-0.0888	-0.0022	0.1287	-0.0414	0.0292	0.0272	-0.0143	-0.0104	0.0506	0.0108	-0.0018	0.0708	-0.0104	0.0969	31.0702	17.7237	13.8916
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30	1.5412	0.0902	0.4245	2.179	0.3858	1.5396	0.0101	0.0494	-0.0068	-0.1924	0.0407	-0.0691	0.0582	0.1012	-0.0291	0.0598	0.0094	0.0129	0.0495	-0.0074	0.049	17.7083	13.1129	-3.6412
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32	2.5071	-0.2024	0.5137	0.0931	-0.2764	2.9958	-0.113	0.0174	-0.023	0.0589	0.0599	-0.0134	-0.0694	0.2291	0.0138	0.0954	0.0136	0.0249	0.05	0.0012	0.094	2.6251	59.8537	44.451
33	4.5868	0.2631	-1.6043	0.3931	0.0273	0.5985	-0.0646	-0.3747	-0.0203	0.2786	-0.1355	-0.2803	-0.0793	0.2695	0.2078	0.0751	-0.0009	-0.017	0.1338	0.0063	0.1304	6.9617	62.7211	52.715
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35	1.0536	1.5171	0.8598	2.966	0.3073	1.8122	0.1086	-0.0327	0.0943	0.1912	-0.0755	0.5604	-0.3523	-0.3773	0.2645	0.1529	0.1324	0.0381	0.1676	0.0345	0.1408	-23.896	62.3515	32.8438
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37	3.873	-0.0519	1.2223	2.505	-1.0111	2.9956	-0.1444	0.2079	-0.2976	-0.3467	0.126	-0.0967	0.017	0.0198	-0.008	0.1391	0.0295	0.0134	0.1151	-0.0128	0.0897	-13.5566	49.06	24.7755
38	0.3838	0.1392	0.0354	1.3695	-0.3189	1.4914	0.0065	0.0879	0.0617	-0.0231	0.0578	0.1057	-0.1579	-0.0365	-0.043	0.3077	0.1115	0.0187	0.1985	0.0527	0.0976	-16.3681	62.198	23.5184
39	2.8684	0.6619	0.3003	3.0112	-0.3076	2.2037	0.0214	-0.2048	-0.1193	0.1261	0.0408	-0.1036	0.1855	-0.0083	0.1028	0.1224	0.0714	0.0836	0.0364	0.003	0.0731	-14.4441	59.0639	38.1615
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41	4.1133	-0.64	-1.0527	2.1922	1.0966	2.7239	0.0872	0.3675	-0.0992	-0.1527	-0.0996	-0.0686	-0.0305	0.0282	0.018	0.0788	0.011	0.0024	0.1438	-0.0074	0.1368	33.5374	31.8873	46.6223
42	4.4992	1.562	-0.8598	0.9443	-0.2712	0.1655	-0.0586	0.3357	-0.148	-0.1333	0.0466	0.0106	0.0621	0.0983	-0.1175	0.0528	0.0011	-0.0263	0.1885	-0.0328	0.2119	20.9714	24.9205	49.1582
43	0.8397	0.0632	0.1793	1.6787	0.1362	1.2658	-0.0366	0.0198	0.0241	-0.0446	-0.009	0.0505	-0.002	0.0189	0.02	0.0238	0.001	0.0017	0.0366	0.0103	0.0311	14.1097	39.1516	62.2233
44	2.1251	-0.2594	-0.3384	2.5543	-0.1222	2.1349	-0.0415	0.0517	0.0284	0.0238	0.0175	0.1186	-0.1019	-0.0208	-0.0371	0.0292	-0.0128	-0.0039	0.025	0.0006	0.0576	12.5495	33.1305	61.2437
45	2.7492	0.2603	-0.6981	0.8418	0.7585	3.2969	-0.0953	-0.0634	0.0769	-0.0698	0.0519	-0.0429	0.027	0.2002	0.0115	0.0816	-0.0074	-0.0132	0.0566	0.01	0.1164	4.5099	-9.3564	14.8141
46	2.9967	0.4299	-1.0732	0.162	-0.4237	1.2167	-0.0546	0.0995	-0.4212	-0.099	0.0109	0.0456	0.3018	0.0222	0.2054	0.2424	0.0033	-0.0783	0.0707	-0.0045	0.171	-6.4147	-17.6094	18.3163
47	1.2416	-0.1107	0.2029	1.6979	0.3409	1.4762	0.0533	-0.1438	-0.0029	0.0678	-0.0039	0.1141	0.0441	-0.0819	-0.0128	0.085	-0.0365	-0.0024	0.0872	0.0076	0.0529	-13.4411	-4.5438	31.2774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 0:45)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 46:102)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 103:164)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 0:29)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 30:55)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 56:80)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 81:164)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESSEQ 0:29)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 30:45)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 46:55)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 56:65)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 66:92)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESSEQ 93:143)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESSEQ 144:153)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 154:164)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 0:11)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 12:29)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESSEQ 30:41)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESSEQ 42:65)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESSEQ 66:80)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN D AND (RESSEQ 81:92)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D AND (RESSEQ 93:102)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN D AND (RESSEQ 103:130)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN D AND (RESSEQ 131:143)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN D AND (RESSEQ 144:164)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN E AND (RESSEQ 1:29)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN E AND (RESSEQ 30:41)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN E AND (RESSEQ 42:55)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN E AND (RESSEQ 56:92)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN E AND (RESSEQ 93:153)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN E AND (RESSEQ 154:164)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN F AND (RESSEQ 1:28)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN F AND (RESSEQ 29:41)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN F AND (RESSEQ 42:65)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN F AND (RESSEQ 66:80)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN F AND (RESSEQ 81:120)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN F AND (RESSEQ 121:143)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN F AND (RESSEQ 144:153)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN F AND (RESSEQ 154:164)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN G AND (RESSEQ 1:11)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN G AND (RESSEQ 12:41)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN G AND (RESSEQ 42:55)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN G AND (RESSEQ 56:143)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN G AND (RESSEQ 144:164)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN H AND (RESSEQ 1:41)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN H AND (RESSEQ 42:55)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN H AND (RESSEQ 56:164)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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