PDB-3hzj: Crystal structure of the RabGAP domain of the RABGAP1L protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hzj

タイトル

Crystal structure of the RabGAP domain of the RABGAP1L protein

要素

RAB GTPase-activating protein 1-like

キーワード

Hydrolase Activator / structural genomics consortium / GTPase activating protein / SGC / Alternative splicing / GTPase activation / Phosphoprotein / Polymorphism

機能・相同性

機能・相同性情報

GTPase activator activity / small GTPase binding / endocytosis / protein transport / regulation of protein localization / early endosome / Golgi apparatus / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Zhong, N. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the RabGAP domain of the RABGAP1L protein
著者: Nedyalkova, L. / Tempel, W. / Tong, Y. / Zhong, N. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2009年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hzj.cif.gz	336.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hzj.ent.gz	275.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hzj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hzj_validation.pdf.gz	400.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hzj_full_validation.pdf.gz	405 KB	表示
XML形式データ	3hzj_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	3hzj_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/3hzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hz/3hzj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4kba-2 5w4w-1 5okt-4 5bu0-1 6f1w-2 5w4w-4 3uzp-1 4n6k-d 6f26-1 5b3t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: RAB GTPase-activating protein 1-like

B: RAB GTPase-activating protein 1-like

C: RAB GTPase-activating protein 1-like

110 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RAB GTPase-activating protein 1-like

ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: RAB GTPase-activating protein 1-like

ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: RAB GTPase-activating protein 1-like

ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.086, 64.571, 290.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 591 - 797 / Label seq-ID: 86 - 292

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

#1: タンパク質	RAB GTPase-activating protein 1-like / rabgap1l 分子量: 36716.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABGAP1L, HHL, KIAA0471 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q5R372
#2: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.05	39.87
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	pH	詳細
291	1	6	16% PEG3350, 0.2M potassium chloride, 1:100 (w/w) Dispase., pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K
291	2	5.8	15% PEG3350, 0.2M potassium chloride, 1:100 (w/w) Dispase., pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CLSI	08ID-1	1	0.92015
シンクロトロン	CLSI	08ID-1	2	0.97959

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARCCD 300	1	CCD	2009年5月18日
MARCCD 300	2	CCD	2009年5月17日	2009-05-17

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.92015	1
2	0.97959	1

Reflection

冗長度: 6.5 % / Av σ(I) over netI: 31.89 / 数: 164733 / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 3.52 / D res high: 2.7 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 25196 / % possible obs: 97.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.8	30	99.6	1	0.064	9.235	6.7
4.61	5.8	100	1	0.074	5.347	7
4.03	4.61	100	1	0.068	3.625	7.2
3.66	4.03	100	1	0.087	3.597	6.9
3.4	3.66	99.9	1	0.111	2.983	7.1
3.2	3.4	100	1	0.135	2.209	7.2
3.04	3.2	100	1	0.176	1.61	7
2.91	3.04	98.1	1	0.216	1.373	6.2
2.8	2.91	93.2	1	0.27	1.382	5.2
2.7	2.8	83.8	1	0.295	1.46	4.4

反射

解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 38070 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 31.893

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
2.3-2.38	2	0.233	49.8
2.38-2.48	2.4	0.206	65.5
2.48-2.59	2.8	0.181	80.6
2.59-2.73	3.2	0.152	91.9
2.73-2.9	3.5	0.116	97.8
2.9-3.12	3.6	0.092	99.3
3.12-3.43	3.8	0.072	99.6
3.43-3.93	3.9	0.058	99.7
3.93-4.95	4.1	0.05	99.9
4.95-30	4.1	0.035	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 17.965 / SU ML: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED. DM, RESOLVE, CHAINSAW, RESOLVE, PHENIX, TLSMD, COOT, MOLPROBITY WERE ALSO USED FOR PHASE IMPROVEMENT AND/OR MODEL REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	1191	3.128 %	THIN SHELLS (SFTOOLS)
R_work	0.244	-	-	-
obs	0.245	38070	92.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.337 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.886 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.224 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6428	0	32	13	6473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	6581
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.117	1.955	8940
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.875	3	10364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.937	5	827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.129	23.673	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.336	15	1024
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.103	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7433
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.361	1.5	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.101	1.5	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.706	2	6525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.754	3	2444
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.255	4.5	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2477 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.3	0.5
B	medium positional	0.48	0.5
C	medium positional	0.48	0.5
A	medium thermal	0.46	2
B	medium thermal	0.43	2
C	medium thermal	0.48	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.458	57	-
R_work	0.331	1623	-
obs	-	-	57.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9485	0.3793	0.1365	3.5287	-0.4015	2.6684	0.003	-0.1316	-0.0124	-0.0368	-0.0627	0.2587	0.0568	-0.4198	0.0597	0.0722	-0.0146	-0.0269	0.179	-0.0287	0.0796	33.0927	-16.9555	48.9112
2	6.9652	-0.7757	1.1692	2.6193	-0.9718	4.0947	0.1722	0.1041	-0.3552	-0.1625	0.0334	0.1292	0.4662	-0.979	-0.2057	0.1085	-0.1109	0.0074	0.269	0.0246	0.046	28.5802	-24.7726	45.3552
3	0.9076	-0.6245	1.3414	1.8055	-0.6802	7.5177	-0.2595	0.0697	0.2454	0.05	-0.0398	0.0003	-0.33	-0.1151	0.2993	0.1408	0.0196	-0.0419	0.2339	0.0179	0.1315	26.9395	-11.6306	26.2821
4	7.8925	1.4996	-0.3857	3.2594	1.0202	5.0003	0.0686	-0.4007	-1.236	0.0851	-0.0188	0.1604	1.218	-0.5686	-0.0498	1.0248	-0.1365	-0.0104	0.1206	0.1414	0.7698	-4.2851	-43.417	13.7552
5	10.0566	1.3498	-1.5877	4.5821	0.9465	1.0958	-0.0252	-0.8212	-1.3732	0.3491	-0.1154	-0.3067	0.7221	-0.0682	0.1406	1.0093	0.0145	0.0027	0.3828	0.275	0.5738	1.6371	-43.8243	17.3334
6	4.1858	-0.3106	-0.2057	4.3755	-0.1868	3.7624	-0.0996	-0.0075	-0.2877	-0.071	0.088	0.1054	0.449	0.2213	0.0116	0.1909	0.0856	0.026	0.1913	-0.0157	0.1329	8.6174	-24.531	7.6542
7	2.5766	-0.9838	-0.1424	2.7521	-0.0964	2.9586	0.0744	0.0177	0.1009	0.2013	-0.1378	0.1674	-0.1063	-0.2544	0.0634	0.0982	-0.0335	-0.0019	0.1638	-0.0203	0.1041	38.2508	-20.7265	67.0217
8	4.9333	0.7087	2.0508	5.4001	1.6707	4.9207	0.0754	0.0922	0.0262	0.2674	-0.2057	-0.0633	0.2257	-0.0568	0.1303	0.1348	-0.0085	0.066	0.0415	0.014	0.0452	45.6228	-25.8362	67.2936
9	1.6073	-0.5005	0.58	4.1378	-1.9469	6.4001	-0.0881	-0.3798	0.0452	0.4431	0.1389	0.0218	-0.3984	-0.3475	-0.0509	0.1589	0.0087	0.0497	0.1173	0.0058	0.0589	42.7312	-24.637	89.9661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	511 - 596
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	597 - 656
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	657 - 797
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	531 - 596
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	597 - 656
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	657 - 797
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	510 - 596
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	597 - 656
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	657 - 797

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)