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- PDB-4a1h: Human myelin P2 protein, K45S mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a1h
タイトルHuman myelin P2 protein, K45S mutant
要素MYELIN P2 PROTEIN
キーワードTRANSPORT / LIPID-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane organization / cholesterol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / myelin sheath / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Myelin P2 protein / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Myelin P2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Lehtimaki, M. / Kursula, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure-Function Relationships in the Myelin Peripheral Membrane Protein P2
著者: Lehtimaki, M. / Kursula, P.
履歴
登録2011年9月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22020年4月8日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYELIN P2 PROTEIN
B: MYELIN P2 PROTEIN
C: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,81610
ポリマ－44,8483
非ポリマー9687
水3,693205
1
A: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3334
ポリマ－14,9491
非ポリマー3843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2413
ポリマ－14,9491
非ポリマー2922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MYELIN P2 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2413
ポリマ－14,9491
非ポリマー2922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.130, 63.610, 84.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 MYELIN P2 PROTEIN / PERIPHERAL MYELIN PROTEIN 2


分子量: 14949.368 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTH27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P02689
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 46 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 46 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 46 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 46 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 46 TO SER

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 1.0332
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 22007 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 33.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 49.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WUT

2wut


解像度: 2.201→19.945 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1101 5 %
Rwork0.1943 --
obs0.1973 22001 88.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.099 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.5794 Å20 Å2-3.4755 Å2
2--15.4309 Å20 Å2
3----5.8515 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→19.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3135 0 63 205 3403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7664295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.521265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2014-2.30150.3522810.29711537X-RAY DIFFRACTION53
2.3015-2.42260.33741110.2732097X-RAY DIFFRACTION71
2.4226-2.57410.31981440.24412744X-RAY DIFFRACTION94
2.5741-2.77240.30711510.24332877X-RAY DIFFRACTION98
2.7724-3.05050.34411520.23532885X-RAY DIFFRACTION98
3.0505-3.48990.25791520.20442892X-RAY DIFFRACTION98
3.4899-4.38920.21451540.16072908X-RAY DIFFRACTION98
4.3892-19.94630.19551560.1532960X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4102-3.22276.78169.8794-1.40568.34830.49210.0537-1.2291-0.30550.31280.36960.2350.9508-0.71670.4276-0.0042-0.04720.4307-0.06970.3091-19.538311.269227.5169
25.4993.2259-3.63326.9079-3.83435.46570.2864-0.49140.36720.3484-0.8465-0.0326-0.5304-0.27350.49080.2119-0.0094-0.09650.3794-0.11810.3728-21.953927.248925.0367
37.2762-1.2274-1.53664.61122.53436.9104-0.18910.81680.9283-0.13960.4661-0.11-0.7304-0.363-0.18880.2981-0.1065-0.03930.49650.14120.2492-9.361834.461817.0247
43.9375-1.1567-0.34315.7692-1.20242.93230.11430.58990.54540.0906-0.5473-0.0771-0.3620.36340.29620.2961-0.106-0.16390.47970.05570.2841-19.275929.150615.3407
54.4993-2.32310.08944.18320.70062.25020.20560.2985-0.0701-0.2164-0.31040.47980.26820.3320.03430.25690.0719-0.07880.2896-0.16420.2985-20.406817.84613.6692
63.2791-1.72660.47844.5663-2.60812.67950.17740.57160.0238-0.205-0.4003-0.15660.10940.92310.17010.14560.064-0.05210.578-0.03550.1609-9.281616.761714.134
75.1651.5608-1.75248.22550.22691.27880.15510.3778-0.0083-1.0366-0.2733-0.58910.4410.80260.24760.23510.07680.02960.58560.03340.2279-5.449320.375914.3909
80.58380.4686-1.95053.2341-2.64617.95990.0959-0.31710.0311-0.0883-0.2841-0.2870.08681.35080.30910.249-0.0783-0.02410.5608-0.0110.1716-9.082322.01822.312
92.37741.912-2.3063.4587-3.36353.83470.2762-0.654-0.6140.1446-0.8342-0.4947-0.44521.07950.50030.2213-0.0055-0.03940.57010.02190.2186-13.080824.850626.7123
103.08090.06990.99543.0928-0.0552.7189-0.27160.0104-0.0903-0.1548-0.1743-0.0326-0.09130.22250.27480.1433-0.03640.00210.4954-0.04780.3157-15.592427.814824.6659
110.0988-0.581-0.21333.41591.25440.46070.01850.13940.13970.3126-0.4701-1.1564-0.37181.88940.52560.3783-0.1269-0.08750.94250.24640.39758.015927.685553.5927
123.6225-0.4063-0.57311.5892-0.40390.73370.2568-0.585-0.17720.4619-0.4244-0.16770.07660.0126-0.07620.3247-0.2767-0.04710.63690.09710.2408-7.666426.463350.8929
136.88432.11580.40014.1574-5.06277.6909-0.0355-0.70860.30070.745-0.04780.3736-0.8601-0.93550.12620.31390.0101-0.03350.7056-0.25290.4555-14.620738.726142.756
144.5093-0.7671.33092.34140.11572.16570.216-0.1329-0.42240.03-0.47090.232-0.0133-0.13740.15960.2093-0.0498-0.03410.5799-0.00490.2156-9.71629.385740.7839
157.6808-0.86881.74171.98180.97342.66870.20440.0647-0.715-0.0894-0.1695-0.59540.03570.0903-0.10540.2515-0.0984-0.11410.47990.15090.45095.550726.289441.8124
169.44737.70090.79028.70141.23114.0541-0.50.3405-0.078-0.49810.2810.02380.44590.07540.21750.2908-0.08740.03720.4746-0.04790.2066-2.358426.772637.2819
176.25031.24013.23584.14560.42994.1310.05930.4048-0.1574-0.0638-0.19750.22110.1070.14090.17910.2377-0.1204-0.00240.276-0.0390.19013.376636.182936.1651
185.8563-1.13855.96412.4401-2.2138.90840.1836-0.54260.02630.3852-0.3577-0.1318-0.4180.25420.21930.2423-0.2066-0.00280.4872-0.00180.24043.532640.047343.431
192.21170.09091.58946.324-4.69898.07140.056-0.49140.21350.2209-0.26490.3127-0.3739-0.17040.13180.2506-0.1525-0.0160.698-0.12120.3461-1.88239.97845.8074
203.13771.44530.06192.56290.20082.28960.2708-0.7996-0.01370.7316-0.62680.1536-0.2378-0.0203-0.110.3139-0.3030.04340.7442-0.07810.2843-6.666933.910951.1392
214.9489-2.22750.09844.73720.21035.3518-0.6796-1.51070.0860.16870.4268-0.1264-0.0864-0.50470.30260.3037-0.0173-0.13990.4210.11290.3574-24.1979.988467.5142
222.3423-1.2145-0.53723.5339-0.58011.0857-0.3631-0.1871-0.0572-0.1978-0.228-1.08250.50670.77190.41780.34410.24580.12760.83460.19810.4433-6.89726.02755.0557
231.6348-1.532-1.28393.4644-1.28284.05360.1021-0.09820.48240.1238-0.0496-0.1551-0.05070.0195-0.09160.259-0.1001-0.04510.25330.16680.2849-25.448611.987459.017
242.55730.1592-0.2724.66731.49835.72370.28040.40580.15730.3719-0.096-0.8828-0.13180.76410.03810.3253-0.0812-0.13150.40530.19240.3617-21.992712.962153.2266
257.22411.0944-2.8174.3997-3.7286.99910.12320.4148-0.5641-0.9575-0.07460.03131.8569-0.08510.21780.7772-0.0308-0.15120.30660.05950.3247-25.48730.25152.0433
265.2497-0.318-0.85843.94132.81937.13270.2050.0277-0.4764-0.5958-0.1473-0.18161.18320.2680.01170.65410.1229-0.10.23830.02630.3081-20.452-0.6761.6471
276.296-4.0556-0.95013.87381.40867.2825-0.2197-0.25410.19450.3157-0.0528-0.80590.54810.80160.19380.2488-0.0027-0.08240.35980.17450.3795-15.76296.516765.8585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ -1:5)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 6:14)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 15:23)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 24:45)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 46:65)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 66:90)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 91:99)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 100:109)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 110:119)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESSEQ 120:131)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESSEQ -1:5)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 6:14)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 15:22)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 23:45)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 46:54)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESSEQ 55:64)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESSEQ 65:78)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESSEQ 79:97)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN B AND (RESSEQ 98:109)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN B AND (RESSEQ 110:131)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND (RESSEQ -1:14)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN C AND (RESSEQ 15:33)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN C AND (RESSEQ 34:54)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN C AND (RESSEQ 55:64)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN C AND (RESSEQ 65:87)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN C AND (RESSEQ 88:119)
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN C AND (RESSEQ 120:131)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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