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- PDB-4a15: Crystal structure of an XPD DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a15
タイトルCrystal structure of an XPD DNA complex
要素
  • 5'-D(*DTP*AP*CP*GP)-3'
  • ATP-DEPENDENT DNA HELICASE TA0057
キーワードHYDROLASE / HELICASE / NUCLEOTIDE EXCISION REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA 5'-3' helicase / DNA helicase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fumarase C; Chain B, domain 1 - #40 / Bacterial XPD DNA helicase, FeS cluster domain / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / DNA Binding (I), subunit A / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 ...Fumarase C; Chain B, domain 1 - #40 / Bacterial XPD DNA helicase, FeS cluster domain / Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / DNA Binding (I), subunit A / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Helicase-like, DEXD box c2 type / DEAD2 / DEAD_2 / DEXDc2 / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / HELICc2 / ATP-dependent helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / ATP-dependent DNA helicase XPD
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOPLASMA ACIDOPHILUM (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kuper, J. / Wolski, S.C. / Michels, G. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Functional and Structural Studies of the Nucleotide Excision Repair Helicase Xpd Suggest a Polarity for DNA Translocation.
著者: Kuper, J. / Wolski, S.C. / Michels, G. / Kisker, C.
履歴
登録2011年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT DNA HELICASE TA0057
E: 5'-D(*DTP*AP*CP*GP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3467
ポリマ－72,6662
非ポリマー6805
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.060, 79.060, 175.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT DNA HELICASE TA0057 / XPD HELICASE


分子量: 71475.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMOPLASMA ACIDOPHILUM (好酸性) / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9HM14, DNA helicase
#2: DNA鎖 5'-D(*DTP*AP*CP*GP)-3'


分子量: 1190.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 139分子

#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE NATIVE SEQUENCE IS REFERENCED TO THE NCBI DATABASE. THE DATABASE ACCESSION NUMBER IS NP_393536

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50 MM MES (PH 6.5), 10 MM MGSO4, 5-30% 2-METHYL-2 4-PENTANEDIOL

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データ収集

回折平均測定温度: 92 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.972
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→52 Å / Num. obs: 30961 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VSF

2vsf


解像度: 2.2→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 13.859 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25049 1545 5 %RANDOM
Rwork0.1923 ---
obs0.19524 29635 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.218 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20.32 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4822 83 23 134 5062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7361.9726847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.34638602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6295595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07723.444241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.77115916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3511543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 101 -
Rwork0.259 2127 -
obs--97.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6273-0.6861-0.71892.40480.48311.82260.0695-0.03530.03580.22490.01460.0893-0.0964-0.0487-0.08410.07620.03040.03890.02820.00780.048-4.999334.627316.1094
21.3999-0.96370.05822.7666-0.45352.9475-0.05970.0090.01270.1010.08020.03060.2382-0.0005-0.02050.05430.00510.01950.01440.01340.06255.55839.564113.5137
31.05740.3256-0.39253.1293-0.30581.4987-0.01160.04950.0426-0.26550.0654-0.1241-0.01880.104-0.05380.0330.02410.0220.13260.03420.071814.872826.133-14.3937
42.98920.25810.08651.49950.38883.85770.027-0.32830.34960.1691-0.0348-0.26450.30070.51530.00780.2540.0510.05330.1127-0.03210.242518.451949.501419.6806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 79
2X-RAY DIFFRACTION1A176 - 224
3X-RAY DIFFRACTION1A363 - 406
4X-RAY DIFFRACTION2A87 - 175
5X-RAY DIFFRACTION2A1616
6X-RAY DIFFRACTION3A225 - 362
7X-RAY DIFFRACTION4A407 - 615

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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