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- PDB-5jbj: Crystal structure of chicken LGP2 with 5'p 12-mer dsRNA at 3.6 A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jbj
タイトルCrystal structure of chicken LGP2 with 5'p 12-mer dsRNA at 3.6 A resolution
要素
  • LGP2
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*GP*CP*GP*CP*UP*AP*CP*C)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immune pattern recognition receptor / RIG-I like helicase / dsRNA dependent ATPase / zinc-containing CTD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / innate immune response / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I ...phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 - #30 / phosphoenolpyruvate carboxylase, domain 3 / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Beta Complex / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Cusack, S. / Uchikawa, E. / Lethier, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council322586 フランス
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of dsRNA Binding to Anti-viral Pattern Recognition Receptors LGP2 and MDA5.
著者: Uchikawa, E. / Lethier, M. / Malet, H. / Brunel, J. / Gerlier, D. / Cusack, S.
履歴
登録2016年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LGP2
X: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*GP*CP*GP*CP*UP*AP*CP*C)-3')
Y: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*GP*CP*GP*CP*UP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1794
ポリマ－85,1143
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area33110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.090, 90.090, 196.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 LGP2


分子量: 77459.000 Da / 分子数: 1 / 変異: GAMGGGS from tag replaces the N-terminal methionine / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0YYQ5
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*GP*CP*GP*CP*UP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3827.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic RNA 5 prime mono phosphate / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: chLGP2, directly after size exclusion chromatography, was mixed with dsRNA in a 1:1 ratio and incubated for 30 minutes on ice. The complex was concentrated with an Amicon Ultra concentrator ...詳細: chLGP2, directly after size exclusion chromatography, was mixed with dsRNA in a 1:1 ratio and incubated for 30 minutes on ice. The complex was concentrated with an Amicon Ultra concentrator to around 10 mg/ml and then 2 mM ADP:AlF4 and 2 mM MgCl2 were added. chLGP2:12bp dsRNA:ADP:AlF4 complex was mixed with reservoir buffer (0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 0.05-0.1 M magnesium formate) in a 2:1 ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.58→78.02 Å / Num. obs: 10663 / % possible obs: 78.02 % / 冗長度: 11.51 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 20.74
反射 シェル解像度: 3.58→3.73 Å / 冗長度: 10.32 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JB2

5jb2


解像度: 3.58→78.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 59.059 / SU ML: 0.855 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.86 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31881 542 5.1 %RANDOM
Rwork0.25312 ---
obs0.25647 10121 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 202.316 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20.22 Å20 Å2
2--0.43 Å2-0 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.58→78.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5007 512 1 0 5520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0185694
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9541.8697799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8573.00111823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1595628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.07823.566258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87615916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.0381548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.58520.6662518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.58520.6652517
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.89730.9893144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.89630.993145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.61220.2343174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.60820.2353173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.34430.2134653
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.4426310
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.4416311
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.58→3.673 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 42 -
Rwork0.359 738 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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