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- PDB-480d: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SARCIN/RICIN DOMAIN FROM E. COLI 23 S RRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 480d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SARCIN/RICIN DOMAIN FROM E. COLI 23 S RRNA
要素SARCIN/RICIN DOMAIN FROM 23 S RRNA
キーワードRNA / SARCIN/RICIN LOOP OR DOMAIN / RNA RECOGNITION / RIBOSOMES / ELONGATION FACTORS
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Correll, C.C. / Wool, I.G. / Munishkin, A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The two faces of the Escherichia coli 23 S rRNA sarcin/ricin domain: the structure at 1.11 A resolution.
著者: Correll, C.C. / Wool, I.G. / Munishkin, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the ribosomal RNA domain essential for binding elongation factors
著者: Correll, C.C. / Munishkin, A. / Chan, Y.-L. / Ren, Z. / Wool, I.G.
#2: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1999
タイトル: Comparison of the crystal and solution structures of two RNA oligonucleotides
著者: Rife, J.P. / Stallings, S.G. / Correll, C.C. / Dallas, A. / Steitz, T.A. / Moore, P.B.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The sarcin/ricin loop, a modular RNA
著者: Szewczak, A.A. / Moore, P.B.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: The conformation of the sarcin/ricin loop from 28 S ribosomal RNA
著者: Szewczak, A.A. / Moore, P.B.
履歴
登録1999年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCIN/RICIN DOMAIN FROM 23 S RRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7441
ポリマ－8,7441
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.95, 29.95, 76.42
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number78
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43

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要素

#1: RNA鎖 SARCIN/RICIN DOMAIN FROM 23 S RRNA


分子量: 8744.255 Da / 分子数: 1 / 断片: SARCIN/RICIN DOMAIN / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.0 - 3.2 M (NH4)2SO4, BUFFER X (50 MM POTASIUM MOPS, PH 7.0; 10 MM MGCL2; AND 10 MM MNCL2), AND ~2.5 MG/ML RNA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2POTASIUM MOPS11
3MGCL211
4MNCL211
5(NH4)2SO412
6POTASIUM MOPS12
7MGCL212
8MNCL212
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 19 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.5 mg/mlprotein1drop
21.0 mMNa-EDTA1drop
310 mMTris1drop
43.0-3.2 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMpotassium MOPS1reservoir
610 mM1reservoirMgCl2
710 mM1reservoirMnCl2
81

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月12日
放射モノクロメーター: MSC MIRROR BOX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 10744 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 98.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE RELATED RAT SARCIN/RICIN STRUCTURE (430D)

430d


解像度: 1.5→20 Å / 交差検証法: R FREE / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON, J. VOJTECHOVSKY, L. CLOWNEY, A.T. BRUNGER, H.M. BERMAN: ACTA CRYST.D, 52, 57 (1996)
詳細: AFTER BULK SOLVENT CORRECTION AND ANISOTROPIC SCALING OF FOBS, CYCLES OF POWELL MINIMIZATION FOLLOWED BY B-FACTOR REFINEMENT WERE DONE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1075 9.9 %10% OF DATA THAT WAS RANDOMLY SELECTED. OVERALL R FOR ALL DATA WAS NEVER CALCULATED
Rwork0.1798 ---
all0.18 10535 --
obs0.18 10535 96.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 579 0 84 663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.832
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 39 7.5 %
Rwork0.336 420 -
obs--88 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 17.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.1
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.33 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor Rwork: 0.336 / Rfactor obs: 0.336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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