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- PDB-404d: CRYSTAL STRUCTURE OF THE RNA/DNA HYBRID R(GAAGAGAAGC). D(GCTTCTCTTC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 404d
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE RNA/DNA HYBRID R(GAAGAGAAGC). D(GCTTCTCTTC)
要素
  • 5'-D(*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
キーワードDNA-RNA HYBRID / RNA/DNA HYBRID R(GAAGAGAAGC).D(GCTTCTCTTC) / DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Conn, G. / Brown, T. / Leonard, G.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: The crystal structure of the RNA/DNA hybrid r(GAAGAGAAGC). d(GCTTCTCTTC) shows significant differences to that found in solution.
著者: Conn, G.L. / Brown, T. / Leonard, G.A.
履歴
登録1998年6月12日登録サイト: NDB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2492
ポリマ－6,2492
非ポリマー00
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.720, 45.550, 47.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*AP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*C)-3'


分子量: 3287.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*TP*C)-3'


分子量: 2961.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2PEG400011
3AMMONIUM ACETATE11
4MGCL211
5HEPES12
6PEG400012
7AMMONIUM ACETATE12
8MGCL212
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mM1reservoir
25 %1reservoir
3200 mMammonium acetate1reservoir
4150 mMmagnesium acetate1reservoir
51
61
71
81

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 1881 / Num. obs: 1881 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.06 % / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.184 --
all0.181 1867 -
obs0.181 1867 86.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 414 0 9 423
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.047

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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