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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2bj6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a decameric HNA-RNA hybrid | ||||||
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![]() | NUCLEIC ACID (HNA/RNA) / DNA / RNA / HNA / HEXITOL NUCLEIC ACID / HYBRID / DUPLEX / MODIFIED NUCLEIC ACID / ANTISENSE / BACKBONE MODIFICATION / NUCLEIC ACID (HNA-RNA) complex | ||||||
機能・相同性 | DNA / RNA![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Maier, T. / Przylas, I. / Straeter, N. / Herdewijn, P. / Saenger, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reinforced Hna Backbone Hydration in the Crystal Structure of a Decameric Hna/RNA Hybrid 著者: Maier, T. / Przylas, I. / Strater, N. / Herdewijn, P. / Saenger, W. #1: ![]() タイトル: Molecular Dynamics Simulation to Inverstigate Differences in Minor Groove Hydration of Hna-RNA Hybrids as Compared to Hna-DNA Complexes 著者: Dewinter, H. / Lescrinier, E. / Vanaerschot, A. / Herdewijn, P. #2: ![]() タイトル: Solution Structure of a Hna-RNA Hybrid 著者: Lescrinier, E. / Esnouf, R. / Schraml, J. / Busson, R. / Heus, H.A. / Hilbers, C.W. / Herdewijn, P. #3: ![]() タイトル: Crystal Structure of Double Helical Hexitol Nucleic Acids 著者: Declercq, R. / Vanaerschot, A. / Read, R.J. / Herdewijn, P. / Vanmeervelt, L. #4: ![]() タイトル: 1,5-Anhydro-2,3-Dideoxy-2-(Guanin-9-Yl)-D-Arabino-Hexitol 著者: Declerq, R. / Herdewijn, P. / Vanmeervelt, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 405.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3145.249 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICAL SYNTHESIS, PHOSPHOROTHIOATE / 由来: (合成) ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 3216.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICAL SYNTHESIS, PHOSPHOROTHIOATE / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.2 % |
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結晶化 | 詳細: 0.9M LISO4, 10MM MG(AC)2,0.1M TRIS/HCL, PH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92067 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.54→35 Å / Num. obs: 11676 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.64 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 28.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.54→2.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: DIFFERENT ATOM NUMBERING SCHEMES ARE USED IN THE LITERATURE. PLEASE SEE PRIMARY AND SECONDARY CITATIONS FOR A DETAILED DESCRIPTION. STEREOCHEMICAL PARAMETERS FOR HNA MONOMERS HAVE BEEN ...詳細: DIFFERENT ATOM NUMBERING SCHEMES ARE USED IN THE LITERATURE. PLEASE SEE PRIMARY AND SECONDARY CITATIONS FOR A DETAILED DESCRIPTION. STEREOCHEMICAL PARAMETERS FOR HNA MONOMERS HAVE BEEN DERIVED FROM SMALL MOLECULE X-RAY STRUCTURES, SEE SECONDARY REFERENCES
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原子変位パラメータ | Biso mean: 48.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / Total num. of bins used: 23 /
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