PDB-3zyv: Crystal structure of the mouse liver Aldehyde Oxidase 3 (mAOX3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zyv

タイトル

Crystal structure of the mouse liver Aldehyde Oxidase 3 (mAOX3)

要素

AOX3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / MOLYBDENUM COFACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

aldehyde oxidase activity => GO:0004031 / : / : / xenobiotic metabolic process => GO:0006805 / 酸化還元酵素; メチレン基、メチン基に作用する; 酸素を電子受容体とする / aldehyde oxidase / aldehyde oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding ...
類似検索 - 分子機能

Aldehyde oxidase / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.545 Å

データ登録者

Trincao, J. / Coelho, C. / Mahro, M. / Rodrigues, D. / Terao, M. / Garattini, E. / Leimkuehler, S. / Romao, M.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The First Mammalian Aldehyde Oxidase Crystal Structure: Insights Into Substrate Specificity.
著者: Coelho, C. / Mahro, M. / Trincao, J. / Carvalho, A.T.P. / Ramos, M.J. / Terao, M. / Garattini, E. / Leimkuhler, S. / Romao, M.J.

履歴

登録	2011年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.2	2013年4月24日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zyv.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zyv.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zyv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zyv_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zyv_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	3zyv_validation.xml.gz	197.1 KB	表示
CIF形式データ	3zyv_validation.cif.gz	262.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/3zyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/3zyv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bdjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6adj-d 6ac1-d 3nvv-d 6aju-d 2ckj-3 4ytz-d 2e3t-d 2e1q-1 3amz-d 6a7x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (29) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (29)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: AOX3

B: AOX3

C: AOX3

D: AOX3

ヘテロ分子

595 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AOX3

B: AOX3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
298 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: AOX3

D: AOX3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
298 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.880, 135.270, 147.370
Angle α, β, γ (deg.)	78.16, 77.72, 89.90
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:558)
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1:558)
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1:558)
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1:558)
1	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 559:1334)
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 559:1334)
3	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 559:1334)
4	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 559:1334)

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	AOX3 / ALDEHYDE OXIDASE / AOH1 分子量: 147091.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 器官: LIVER / 株: CD1 参照: UniProt: Q8VI15, UniProt: G3X982*PLUS, aldehyde oxidase

-
非ポリマー , 6種, 674分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂
#4: 化合物	ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン分子量: 395.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₆PS₂
#5: 化合物	ChemComp-MOS / DIOXOTHIOMOLYBDENUM(VI) ION 分子量: 161.012 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: HMoO₂S
#6: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.4 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→49.91 Å / Num. obs: 164929 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 44.8 Å²
反射シェル	解像度: 2.54→2.57 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BDJ

3bdj

解像度: 2.545→49.906 Å / SU ML: 0.87 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	8336	5.1 %
R_work	0.2555	-	-
obs	0.257	164929	75.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.667 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-10.9531 Å²	-1.2428 Å²	2.4169 Å²
2-	-	-7.6341 Å²	1.6178 Å²
3-	-	-	9.6575 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.545→49.906 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	37305	0	360	650	38315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	38443
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.093	52426
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.649	13683
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	6060
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	6698

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3599	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3599	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
1	3	C	3555	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
1	4	D	3550	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
2	1	A	5576	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	5576	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
2	3	C	5493	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.027
2	4	D	5521	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.545-2.5739	0.4524	136	0.4203	2501	X-RAY DIFFRACTION	36
2.5739-2.6042	0.4211	126	0.4152	2572	X-RAY DIFFRACTION	37
2.6042-2.636	0.4322	138	0.3831	2852	X-RAY DIFFRACTION	41
2.636-2.6693	0.4258	166	0.3661	3116	X-RAY DIFFRACTION	44
2.6693-2.7044	0.4411	179	0.3545	3368	X-RAY DIFFRACTION	49
2.7044-2.7415	0.3992	198	0.3516	3537	X-RAY DIFFRACTION	51
2.7415-2.7807	0.3628	182	0.3191	3743	X-RAY DIFFRACTION	54
2.7807-2.8222	0.3794	227	0.3151	4037	X-RAY DIFFRACTION	58
2.8222-2.8662	0.3879	196	0.3171	4242	X-RAY DIFFRACTION	61
2.8662-2.9132	0.3711	258	0.2983	4446	X-RAY DIFFRACTION	64
2.9132-2.9635	0.346	270	0.295	4662	X-RAY DIFFRACTION	67
2.9635-3.0173	0.3227	256	0.2928	4952	X-RAY DIFFRACTION	70
3.0173-3.0754	0.3208	273	0.2934	5085	X-RAY DIFFRACTION	74
3.0754-3.1381	0.2994	270	0.2849	5421	X-RAY DIFFRACTION	77
3.1381-3.2064	0.3023	320	0.2738	5460	X-RAY DIFFRACTION	80
3.2064-3.2809	0.3375	293	0.2756	5774	X-RAY DIFFRACTION	83
3.2809-3.363	0.3113	313	0.2633	6043	X-RAY DIFFRACTION	86
3.363-3.4539	0.2958	307	0.2598	6153	X-RAY DIFFRACTION	89
3.4539-3.5555	0.3109	332	0.2701	6328	X-RAY DIFFRACTION	91
3.5555-3.6702	0.2771	356	0.2503	6414	X-RAY DIFFRACTION	92
3.6702-3.8013	0.2691	365	0.2421	6506	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8013-3.9535	0.2742	331	0.2367	6601	X-RAY DIFFRACTION	94
3.9535-4.1333	0.2431	366	0.2353	6567	X-RAY DIFFRACTION	95
4.1333-4.3511	0.2587	360	0.2283	6578	X-RAY DIFFRACTION	95
4.3511-4.6236	0.2484	360	0.2168	6602	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6236-4.9802	0.2277	359	0.2065	6638	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9802-5.4809	0.2504	352	0.2213	6626	X-RAY DIFFRACTION	95
5.4809-6.2726	0.2698	326	0.2418	6668	X-RAY DIFFRACTION	95
6.2726-7.8978	0.244	362	0.2446	6592	X-RAY DIFFRACTION	95
7.8978-49.916	0.2607	359	0.2489	6509	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0858	0.0782	0.2003	1.0219	-0.0699	0.6601	0.0937	-0.0565	-0.1538	0.2971	-0.0807	0.5302	-0.0482	-0.1893	0.007	0.1967	-0.0648	0.0622	0.1645	-0.0272	0.3878	-13.9427	11.3284	-13.6669
2	0.9834	0.148	0.0883	0.8221	-0.2714	0.5066	0.0139	-0.3966	-0.0046	0.5831	-0.0113	0.4736	-0.0003	-0.2082	-0.0513	0.4464	-0.1425	0.1537	0.3275	0.0094	0.4274	-15.8596	1.5524	4.7372
3	0.1644	-0.01	0.0222	0.4391	0.1609	0.3574	0.2146	-0.1528	-0.3635	0.3427	-0.104	-0.3056	0.3525	-0.0084	-0.0258	0.294	-0.1497	-0.1183	0.1474	0.1142	0.3281	6.9632	-17.3826	-8.6336
4	0.4852	-0.0019	0.1213	0.8114	0.3321	0.2773	-0.0131	-0.3537	-0.1443	0.9869	0.0338	-0.0873	0.4972	0.1125	-0.0094	0.2453	-0.2024	-0.3569	0.2123	0.0635	0.1006	17.4353	-1.1898	4.489
5	0.7865	0.2522	0.2382	0.5826	0.227	0.6009	0.0054	0.0339	-0.0025	-0.1633	-0.0972	-0.0277	0.013	-0.088	0.0795	0.2203	0.0259	-0.0264	0.1164	-0.0595	0.1288	-3.0665	-19.3525	-62.5782
6	0.6176	0.0025	-0.1456	0.5881	-0.0672	0.7547	-0	0.1573	-0.03	-0.2947	0.0155	-0.2771	-0.0893	-0.0392	-0.0258	0.011	0.0425	0.1245	0.0394	-0.0255	0.1746	20.7807	-2.9067	-63.5417
7	0.2578	0.1905	0.0359	0.2536	0.0383	0.2855	0.0397	0.1556	0.0024	-0.1949	-0.0573	-0.2164	0.0034	0.1618	-0.0239	0.0933	0.0661	0.2401	0.1813	-0.0716	0.3768	29.4908	-8.197	-64.0182
8	1.3018	-0.1409	0.1066	1.0398	-0.2464	0.7354	0.1058	0.0239	-0.2833	-0.2749	-0.0035	0.0219	0.1121	-0.0976	-0.0591	0.259	0.0443	-0.0208	0.1343	0.0156	0.3554	-2.6925	79.5113	-56.3865
9	0.9063	0.1102	-0.1478	0.432	0.0278	0.4943	0.0518	0.2791	0.113	-0.4483	-0.0531	-0.1353	-0.2076	0.1696	-0.0298	0.5456	0.0577	0.0704	0.277	0.0863	0.5345	10.6508	74.8547	-74.1145
10	0.4575	0.0424	-0.0797	0.6956	-0.207	1.5457	0.105	0.0418	-0.2776	-0.3105	-0.1761	0.171	0.774	0.2026	-0.0009	0.3938	0.0813	-0.092	0.1459	-0.0064	0.5307	-7.6864	47.6032	-54.7717
11	0.359	0.1558	0.083	0.9914	-0.2853	0.9618	0.0658	0.2788	-0.1059	-0.7911	0.1125	0.3936	0.4008	-0.1624	-0.1058	0.5412	-0.0028	-0.2921	0.3311	0.0177	0.6565	-25.1028	58.3653	-74.0117
12	0.516	-0.1402	-0.3093	0.8232	-0.0342	0.3201	0.1647	0.188	0.0493	-0.4532	-0.0574	0.3243	0.1109	-0.1729	-0.0717	0.4748	-0.0194	-0.272	0.3297	-0.0017	0.6254	-27.3478	68.939	-69.7668
13	1.6833	0.139	0.0138	1.1464	0.0082	0.802	0.2193	-0.2429	0.1158	0.2897	-0.1997	0.3171	-0.0806	0.0778	0.018	0.2396	-0.0767	-0.0055	0.1741	0.0654	0.4044	-14.2899	46.3406	-15.4325
14	1.4249	0.221	0.2044	1.3362	-0.1903	0.9308	0.0308	-0.1563	0.181	0.5712	-0.163	0.1423	-0.2586	0.2697	0.1615	0.4394	-0.179	-0.0767	0.4772	0.1617	0.446	5.5361	53.403	-6.7067
15	0.9337	0.2745	-0.0741	0.8129	-0.0925	0.6576	0.0318	-0.6265	-0.1714	0.6631	-0.1047	0.1262	-0.3304	0.1877	0.0369	0.8303	-0.1955	0.0639	0.6388	0.126	0.6042	-12.3011	52.7781	14.8708
16	0.5835	0.1579	0.0482	0.6562	-0.219	0.5259	0.0967	-0.2723	0.1986	0.334	-0.0707	0.633	-0.1553	-0.031	-0.0801	0.3822	-0.0827	0.2064	0.2262	-0.0415	0.8924	-32.7222	74.1575	-13.1862
17	0.5335	0.1651	-0.1499	0.6152	-0.174	0.4399	0.0813	-0.0975	0.0267	0.1554	-0.0308	0.4969	0.0096	-0.0946	0.0655	0.186	-0.1157	0.1842	0.2196	0.0567	1.0275	-42.2543	56.7831	-18.0756
18	0.538	-0.1557	-0.0523	0.433	-0.0635	0.8048	0.1016	-0.2741	0.2242	0.4512	-0.2508	0.3981	-0.0656	0.0749	0.0943	0.5399	-0.1786	0.2572	0.5878	0.1326	0.879	-39.2559	59.7347	3.7946

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 7:324)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 325:651)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 652:846)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 847:1334)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 7:382)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 383:1117)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 1118:1334)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESSEQ 7:167)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 168:588)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 589:702)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 703:1036)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 1037:1334)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESSEQ 7:211)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 212:311)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 312:578)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 579:967)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 968:1236)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESSEQ 1237:1334)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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