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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zwz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium falciparum AMA1 in complex with a 39aa PfRON2 peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / MALARIA / MOVING JUNCTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rhoptry neck / apical complex / microneme / host cell surface binding / symbiont entry into host / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Vulliez-Le Normand, B. / Tonkin, M.L. / Lamarque, M.H. / Langer, S. / Hoos, S. / Roques, M. / Saul, F.A. / Faber, B.W. / Bentley, G.A. / Boulanger, M.J. / Lebrun, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012 タイトル: Structural and Functional Insight Into the Malaria Parasite Moving Junction Complex 著者: Vulliez-Le Normand, B. / Tonkin, M.L. / Lamarque, M.H. / Langer, S. / Hoos, S. / Roques, M. / Saul, F.A. / Faber, B.W. / Bentley, G.A. / Boulanger, M.J. / Lebrun, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zwz.cif.gz | 87.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zwz.ent.gz | 63.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zwz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zwz_validation.pdf.gz | 454.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zwz_full_validation.pdf.gz | 459.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3zwz_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zwz_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39443.336 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAINS I/II, RESIDUES 103-441 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7KQK5 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4065.607 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2021-2059 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 参照: UniProt: Q8IKV6 | ||
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 30% PEG400, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 200 MM TRI-SODIUM CITRATE. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→45.41 Å / Num. obs: 22041 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2Z8V 解像度: 2.1→34.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.112 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.651 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.87 Å
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拘束条件 |
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