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万見
- PDB-3zvv: Fragment Bound to PI3Kinase gamma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zvv
タイトルFragment Bound to PI3Kinase gamma
要素PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT GAMMA ISOFORM
キーワードTRANSFERASE / PI3 KINASE GAMMA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process ...negative regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / regulation of calcium ion transmembrane transport / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Co-stimulation by ICOS / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / dendritic cell chemotaxis / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / regulation of cell adhesion mediated by integrin / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of Rac protein signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of angiogenesis / T cell proliferation / GPVI-mediated activation cascade / ephrin receptor binding / neutrophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell migration / T cell activation / cellular response to cAMP / positive regulation of cytokine production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / platelet aggregation / endocytosis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / angiogenesis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,7-dimethylpyrazolo[1,5-a]pyrimidin-2-amine / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hughes, S.J. / Milan, D.S. / Kilty, I.C. / Lewthwaite, R.A. / Mathias, J.P. / O'Reilly, M.A. / Phelan, A. / Baldock, D.A. / Brown, D.G.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2011
タイトル: Fragment based discovery of a novel and selective PI3 kinase inhibitor.
著者: Hughes, S.J. / Millan, D.S. / Kilty, I.C. / Lewthwaite, R.A. / Mathias, J.P. / O'Reilly, M.A. / Pannifer, A. / Phelan, A. / Stuhmeier, F. / Baldock, D.A. / Brown, D.G.
履歴
登録2011年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Database references / Other
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity_src_gen / struct
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _struct.title
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT GAMMA ISOFORM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8892
ポリマ－110,7271
非ポリマー1621
水5,170287
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.488, 68.031, 106.251
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.16, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHATIDYLINOSITOL-4,5-BISPHOSPHATE 3-KINASE CATALYTIC SUBUNIT GAMMA ISOFORM / PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE / PI3-KINASE SUBUNIT GAMMA / PI3K-GAMMA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT ...PHOSPHOTIDYLINOSITOL 3 KINASE / PI3-KINASE SUBUNIT GAMMA / PI3K-GAMMA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT GAMMA / PHOSPHATIDYLINOSITOL-4 / 5-BISPHOSPHATE 3-KINASE 110 KDA CATALYTIC SUBUNIT GAMMA / PTDINS-3-KINASE SUBUNIT P110-GAMMA / P120-PI3K


分子量: 110727.102 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 144-1102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol 3-kinase, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-XAZ / 5,7-dimethylpyrazolo[1,5-a]pyrimidin-2-amine


分子量: 162.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GLN-ARG AT 459 IS ANNOTATED AS A CONFLICT IN UNIPROT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→30 Å / Num. obs: 35189 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 66.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→16.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8978 / SU R Cruickshank DPI: 0.479 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.473 / SU Rfree Blow DPI: 0.267 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.271
詳細: TARGETED TO A HIGHER RESOLUTION STRUCTURE AS RESTRAINTS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 1751 4.98 %RANDOM
Rwork0.1915 ---
obs0.1941 35132 99.14 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1166 Å20 Å2-6.9684 Å2
2---9.687 Å20 Å2
3---7.5705 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.455 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→16.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 12 287 7023
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016881HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.089307HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2438SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes183HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes967HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6881HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.43
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion893SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7999SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 126 4.36 %
Rwork0.2177 2762 -
all0.2197 2888 -
obs--99.14 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.4164 Å / Origin y: -0.0306 Å / Origin z: 25.562 Å
111213212223313233
T-0.1617 Å2-0.0085 Å20.0646 Å2--0.3179 Å2-0.0226 Å2---0.2992 Å2
L4.1044 °21.0123 °20.6551 °2-1.1971 °20.3269 °2--2.4638 °2
S-0.0113 Å °-0.3356 Å °-0.2763 Å °-0.181 Å °0.1245 Å °-0.2586 Å °-0.4313 Å °-0.017 Å °-0.1132 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (CHAIN A AND RESID 144:1092)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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