PDB-3zvi: Methylaspartate ammonia lyase from Clostridium tetanomorphum muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zvi

タイトル

Methylaspartate ammonia lyase from Clostridium tetanomorphum mutant L384A

要素

METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE

キーワード

LYASE / ENOLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

methylaspartate ammonia-lyase / methylaspartate ammonia-lyase activity / glutamate catabolic process via L-citramalate / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Raj, H. / Szymanski, W. / de Villiers, J. / Rozeboom, H.J. / Veetil, V.P. / Reis, C.R. / de Villiers, M. / de Wildeman, S. / Dekker, F.J. / Quax, W.J. ...

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2012
タイトル: Engineering Methylaspartate Ammonia Lyase for the Asymmetric Synthesis of Unnatural Amino Acids.
著者: Raj, H. / Szymanski, W. / De Villiers, J. / Rozeboom, H.J. / Veetil, V.P. / Reis, C.R. / De Villiers, M. / Dekker, F.J. / De Wildeman, S. / Quax, W.J. / Thunnissen, A.M.W.H. / Feringa, B.L. / ...

履歴

登録	2011年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zvi.cif.gz	336.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zvi.ent.gz	274 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zvi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zvi_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zvi_full_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示
XML形式データ	3zvi_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	3zvi_validation.cif.gz	57.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/3zvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/3zvi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3zvhC 1kczS 1kd0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ckr-1 1kcz-d 4ydo-d 3zvh-d 1o1r-d 6oyh-2 1r42-d 4lng-d 6dgi-d 2xei-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE

B: METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE

ヘテロ分子

97.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.621, 109.863, 110.853
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.005002, -0.003176), (0.005336, 0.9933, -0.1157), (0.002576, -0.1157, -0.9933)
ベクター: -52.9077, -2.21999, -40.1586)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE / 3-METHYLASPARTATE AMMONIA LYASE / BETA-METHYLASPARTASE 分子量: 48448.238 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM (バクテリア) 株: H1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q05514, methylaspartate ammonia-lyase

#1: タンパク質

METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE / 3-METHYLASPARTATE AMMONIA LYASE / BETA-METHYLASPARTASE

分子量: 48448.238 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM (バクテリア)
株: H1 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q05514, methylaspartate ammonia-lyase

-
非ポリマー , 5種, 806分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ROP / PROPIONAMIDE / プロピオンアミド分子量: 73.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 796 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 384 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 384 TO ALA
非ポリマーの詳細	PROPIONAMIDE (ROP): COVALENTLY ATTACHED TO CYS361

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 14-17 % PEG6000, MES PH 6.0, 100 MM MGCL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月8日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39 Å / Num. obs: 61377 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KCZ

1kcz

解像度: 1.9→35.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 5.47 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20995	3103	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15999	-	-	-
obs	0.16252	58217	93.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.596 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6402	0	43	796	7241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	6571
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.968	8849
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.94	4.972	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.573	24.6	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.294	15	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.829	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.526	1.5	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.912	2	6618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.785	3	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.841	4.5	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.896→1.945 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	212	-
R_work	0.224	3698	-
obs	-	-	82.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3791	-0.014	0.081	0.9854	0.215	0.0708	0.01	-0.0009	-0.0704	-0.0219	-0.001	0.0741	-0.0142	-0.006	-0.009	0.0481	-0	0.0001	0.0309	-0.0009	0.0789	-38.905	0.712	-29.376
2	0.2478	-0.0361	0.0305	1.5927	0.2579	0.0518	-0.001	0.0202	-0.017	-0.063	-0.0216	0.0831	-0.0096	-0.0099	0.0226	0.045	0.0038	-0.0087	0.0363	-0.0026	0.0688	-40.986	7.941	-30.26
3	0.5938	0.0958	0.1674	0.7202	0.0378	0.6027	-0.0721	-0.0339	0.0514	0.0124	0.0492	0.0714	-0.0711	-0.0488	0.0229	0.0501	0.023	-0.008	0.0289	-0.0024	0.0528	-42.354	18.847	-17.153
4	1.6687	-0.0845	-0.4284	0.7568	-0.2499	0.9312	-0.0204	-0.025	-0.1515	-0.0212	0.0157	0.0305	0.0741	0.0008	0.0047	0.0383	-0.0069	-0.0071	0.0176	0.0105	0.0352	-36.787	-11.655	-2.922
5	2.1836	0.0237	-0.0204	1.95	-0.7775	1.6835	-0.0505	-0.0278	0.031	0.0324	0.0783	0.2151	0.0007	-0.0355	-0.0279	0.0062	0.011	0.0156	0.0653	0.0301	0.0606	-54.043	-2.316	-4.291
6	0.6762	0.0439	-0.1056	0.4253	-0.1418	0.3005	-0.0212	-0.0681	0.0078	0.0502	0.0339	0.0365	-0.011	-0.0285	-0.0127	0.0562	0.0179	-0.0038	0.0402	0.0029	0.0461	-35.699	10.066	-11.024
7	0.6	0.162	-0.1205	1.4855	-0.4684	0.1974	-0.0284	-0.1069	-0.096	0.1182	-0.0205	-0.0728	-0.0373	0.0141	0.0489	0.0398	0.0149	-0.016	0.0436	0.0145	0.0621	-13.393	-0.146	-9.582
8	0.9322	-1.1938	-0.0169	2.8693	-0.2486	0.4585	-0.0568	-0.0172	0.0927	0.0861	-0.0054	-0.1564	-0.0472	0.0765	0.0622	0.03	-0.023	-0.0215	0.0332	0.013	0.0684	-10.748	13.712	-11.681
9	1.5162	0.9815	0.6692	2.0211	-0.378	2.2064	0.0287	-0.1424	0.0658	0.0658	-0.0467	-0.1917	-0.1233	0.1229	0.018	0.0177	-0.0144	0.007	0.057	-0.0135	0.1047	-3.69	17.325	-18.058
10	0.1871	0.3297	0.089	0.877	0.0645	0.8296	-0.0268	0.0158	0.0468	-0.05	-0.0185	-0.02	-0.0847	0.0665	0.0453	0.0285	-0.0007	-0.0013	0.0276	0.0113	0.0862	-16.318	16.495	-31.375
11	1.3485	0.1305	0.0982	0.6977	-0.0866	0.4788	0.0332	0.0962	-0.0767	0.003	-0.0271	-0.0228	0.0529	0.0395	-0.0061	0.0359	0.02	-0.001	0.0251	-0.0135	0.0268	-9.499	-10.898	-36.018
12	0.3881	-0.0405	-0.2042	0.0722	0.1339	0.3348	0.0092	0.042	0.0323	-0.0135	0.0051	-0.0284	-0.0101	0.0118	-0.0142	0.0468	-0.0013	0.0012	0.0429	0.0112	0.0768	-16.515	8.754	-30.568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	167 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	274 - 330
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	331 - 415
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	59 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	107 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	134 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	173 - 330
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	331 - 415

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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