PDB-3zvh: Methylaspartate ammonia lyase from Clostridium tetanomorphum muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zvh

タイトル

Methylaspartate ammonia lyase from Clostridium tetanomorphum mutant Q73A

要素

(METHYLASPARTATE AMMONIA- ...) x 2

キーワード

LYASE / ENOLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

methylaspartate ammonia-lyase / methylaspartate ammonia-lyase activity / glutamate catabolic process via L-citramalate / cobalamin binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Raj, H. / Szymanski, W. / de Villiers, J. / Rozeboom, H.J. / Veetil, V.P. / Reis, C.R. / de Villiers, M. / de Wildeman, S. / Dekker, F.J. / Quax, W.J. ...

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2012
タイトル: Engineering Methylaspartate Ammonia Lyase for the Asymmetric Synthesis of Unnatural Amino Acids.
著者: Raj, H. / Szymanski, W. / De Villiers, J. / Rozeboom, H.J. / Veetil, V.P. / Reis, C.R. / De Villiers, M. / Dekker, F.J. / De Wildeman, S. / Quax, W.J. / Thunnissen, A.M.W.H. / Feringa, B.L. / ...

履歴

登録	2011年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zvh.cif.gz	328.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zvh.ent.gz	266 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zvh_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zvh_full_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示
XML形式データ	3zvh_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	3zvh_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/3zvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/3zvh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3zviC 1kczS 1kd0 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fym-2 6kz8-2 1kkr-d 4csc-1 1kko-d 5tij-d 5cts-1 1ogp-1 1pdy-1 5j04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE

B: METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE

ヘテロ分子

97.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.788, 109.705, 110.096
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.004411, -0.006059), (0.004989, 0.9951, -0.09895), (0.005592, -0.09898, -0.9951)
ベクター: -53.2173, -1.92835, -40.2901)

-
METHYLASPARTATE AMMONIA- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE / 3-METHYLASPARTATE AMMONIA LYASE / BETA-METHYLASPARTASE 分子量: 48449.262 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM (バクテリア) 株: H1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q05514, methylaspartate ammonia-lyase
#2: タンパク質	METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE / 3-METHYLASPARTATE AMMONIA LYASE / BETA-METHYLASPARTASE 分子量: 48481.262 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM (バクテリア) 株: H1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q05514, methylaspartate ammonia-lyase

#1: タンパク質

METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE / 3-METHYLASPARTATE AMMONIA LYASE / BETA-METHYLASPARTASE

分子量: 48449.262 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM (バクテリア)
株: H1 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q05514, methylaspartate ammonia-lyase

#2: タンパク質

METHYLASPARTATE AMMONIA-LYASE / 3-METHYLASPARTATE AMMONIA LYASE / BETA-METHYLASPARTASE

分子量: 48481.262 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CLOSTRIDIUM TETANOMORPHUM (バクテリア)
株: H1 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q05514, methylaspartate ammonia-lyase

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非ポリマー , 4種, 540分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 532 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 73 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLN 73 TO ALA

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 14-17 % PEG6000, MES PH 6.0, 100 MM MGCL2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月10日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.9 Å / Num. obs: 54091 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 13.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KCZ

1kcz

解像度: 1.99→77.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 7.887 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24889	2785	5 %	RANDOM
R_work	0.19495	-	-	-
obs	0.19768	52449	98.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.506 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→77.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6404	0	33	532	6969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6563
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.324	1.968	8846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.722	4.996	843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.154	24.564	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.864	15	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.06	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	986
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.471	1.5	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.808	2	6616
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.45	3	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.188	4.5	2230
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.993→2.045 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	190	-
R_work	0.151	3389	-
obs	-	-	87.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2352	-0.1718	-0.068	0.1265	0.0489	0.0355	-0.0149	0.0092	-0.0413	0.0126	0.0056	0.0295	-0.018	-0.0117	0.0094	0.0669	0.0043	-0.0099	0.0878	-0.0094	0.0254	-38.959	0.803	-29.173
2	0.1278	0.0603	-0.0173	0.7335	0.1626	0.0854	-0.0063	0.0108	-0.0206	-0.0292	-0.0008	0.0081	-0.0114	0.0017	0.0071	0.0628	-0.0009	-0.0038	0.0707	-0.0045	0.01	-41.232	8.271	-30.286
3	0.5666	0.1144	0.2134	0.2608	-0.0034	0.4561	-0.0698	-0.0293	0.0207	-0.0036	0.0471	0.0476	-0.0503	-0.0163	0.0226	0.0665	0.0036	-0.0012	0.0719	-0.0017	0.0121	-42.72	19.041	-17.654
4	1.1564	0.0152	-0.1382	0.3683	-0.2514	0.4284	-0.0034	-0.0916	-0.1758	0.0056	0.0232	0.0381	0.0018	0.0188	-0.0198	0.0501	0.0043	0.0063	0.0743	0.034	0.0379	-37.251	-11.645	-3.547
5	1.1936	0.3398	0.1345	1.3456	-0.4882	0.4059	-0.0028	-0.084	-0.0141	0.0232	0.018	0.0642	-0.0271	-0.0547	-0.0152	0.0352	0.0142	0.014	0.1094	0.0307	0.0182	-54.203	-2.119	-4.509
6	0.4508	-0.0008	-0.0183	0.0558	-0.0278	0.1105	-0.0415	-0.0501	0.0112	0.0222	0.0327	0.0159	-0.013	0.0058	0.0088	0.0789	0.014	0.0054	0.0812	0.0049	0.0088	-36.067	9.961	-11.179
7	0.4792	0.033	-0.0981	0.0039	-0.0083	0.0224	-0.0195	-0.0592	-0.0865	0.0086	-0.0036	-0.0075	-0.0031	0.0164	0.023	0.0714	0.0072	0.0009	0.0912	0.0108	0.0266	-13.461	0.133	-9.684
8	0.3957	-0.5805	0.0638	1.3182	-0.02	0.1459	-0.0269	-0.0619	0.0264	0.0207	0.0322	-0.102	-0.0046	0.0256	-0.0053	0.06	0.0003	-0.0009	0.0818	0.0082	0.0107	-11.059	14.427	-11.572
9	0.6477	0.481	-0.1747	0.4125	-0.1048	1.5236	0.0144	-0.0259	-0.0152	0.0564	0.0005	-0.0635	-0.1143	0.0467	-0.0149	0.0759	0.0012	-0.0264	0.0898	-0.0098	0.0629	-3.789	17.67	-17.812
10	0.2915	0.1252	0.0877	0.2384	0.1417	0.2043	-0.0061	0.0429	0.0331	-0.0035	-0.0108	-0.021	-0.0235	0.0322	0.017	0.0783	-0.0098	-0.001	0.0968	0.0064	0.0185	-16.21	16.92	-31.249
11	0.488	-0.0169	-0.0713	0.2289	0.0129	0.1369	0.0043	0.0481	-0.0386	0.0173	-0.0047	-0.0189	0.014	0.0158	0.0004	0.0676	0.0074	-0.0044	0.0806	-0.0205	0.0087	-9.563	-10.441	-35.898
12	0.3474	-0.0854	-0.0169	0.2181	-0.0379	0.1224	0.0036	0.0671	-0.0004	0.0069	0.0012	0.0133	-0.0186	0.0084	-0.0048	0.0734	-0.0092	0.0008	0.0779	-0.0106	0.0054	-16.548	8.953	-30.32

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	110 - 166
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	167 - 273
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	274 - 330
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	331 - 415
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	59 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	107 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	134 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	173 - 330
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	331 - 415

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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