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- PDB-1kd0: Crystal Structure of beta-methylaspartase from Clostridium tetano... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1kd0 | ||||||
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Title | Crystal Structure of beta-methylaspartase from Clostridium tetanomorphum. Apo-structure. | ||||||
![]() | beta-methylaspartase | ||||||
![]() | LYASE / beta zigzag / alpha/beta-barrel | ||||||
Function / homology | ![]() methylaspartate ammonia-lyase / methylaspartate ammonia-lyase activity / glutamate catabolic process via L-citramalate / cobalamin binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Asuncion, M. / Blankenfeldt, W. / Barlow, J.N. / Gani, D. / Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() Title: The structure of 3-methylaspartase from Clostridium tetanomorphum functions via the common enolase chemical step. Authors: Asuncion, M. / Blankenfeldt, W. / Barlow, J.N. / Gani, D. / Naismith, J.H. #1: ![]() Title: Overexpression, purification, crystallization and data collection of 3-methylaspartase from Clostridium tetanomorphum Authors: Asuncion, M. / Barlow, J.N. / Pollard, J. / Staines, A.G. / McMahon, S.A. / Blankenfeldt, W. / Gani, D. / Naismith, J.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 182.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 154.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 466.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 504.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 40.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 59.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a homodimer. |
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Components
#1: Protein | Mass: 46389.391 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.01 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Tris-HCl, NaCl, PEG6000, ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Jun 12, 2001 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.946439 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→30.86 Å / Num. all: 64042 / Num. obs: 63750 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.9 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Mean I/σ(I) obs: 0.019 / % possible all: 99.9 |
Reflection | *PLUS Redundancy: 3.9 % / Num. measured all: 249409 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Details: TLS-option in REFMAC5 with 3 TLS groups for protein chains and water molecules. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å Solvent model: BABINET model with mask parameters for mask calculation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 33.12 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→57.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.223 / Rfactor Rwork: 0.176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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LS refinement shell | *PLUS Rfactor Rfree: 0.29 / Rfactor obs: 0.251 |