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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zv6 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF CIS-BIPHENYL-2,3-DIHYDRODIOL-2,3-DEHYDROGENASE (BPHB) FROM PANDORAEA PNOMENUSA STRAIN B-356 COMPLEX WITH CO-ENZYME NAD AND PRODUCT ANALOG 4,4'-DIHYDROXYBIPHENYL | ||||||
要素 | CIS-2,3-DIHYDROBIPHENYL-2,3-DIOL DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/OXIDOREDUCTASE / SDR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase / cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase activity / carbonyl reductase (NADPH) activity / : 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | COMAMONAS TESTOSTERONI (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Dhindwal, S. / Patil, D.N. / Kumar, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Biochemical Studies and Ligand-Bound Structures of Biphenyl Dehydrogenase from Pandoraea Pnomenusa Strain B-356 Reveal a Basis for Broad Specificity of the Enzyme. 著者: Dhindwal, S. / Patil, D.N. / Mohammadi, M. / Sylvestre, M. / Tomar, S. / Kumar, P. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010 タイトル: Expression, Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of Cis-Biphenyl-2,3-Dihydrodiol-2,3-Dehydrogenase from Pandoraea Pnomenusa B-356. 著者: Patil, D.N. / Tomar, S. / Sylvestre, M. / Kumar, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zv6.cif.gz | 216 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zv6.ent.gz | 174.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zv6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zv6_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zv6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3zv6_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zv6_validation.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/3zv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/3zv6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29381.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) COMAMONAS TESTOSTERONI (バクテリア) 株: B-356 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q46381, cis-2,3-dihydrobiphenyl-2,3-diol dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-4HB / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: SODIUM MALONATE, PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97841 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月22日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→100 Å / Num. obs: 30090 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 38.421 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 19.34 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→70.19 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.51 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BDB 解像度: 2.14→70.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 11.885 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.406 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→70.19 Å
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拘束条件 |
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