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万見
- PDB-3zuv: Crystal structure of a designed selected Ankyrin Repeat protein i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zuv
タイトルCrystal structure of a designed selected Ankyrin Repeat protein in complex with the phosphorylated MAP kinase ERK2
要素
  • DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN
  • MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
キーワードDE NOVO PROTEIN/TRANSFERASE / DE NOVO PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX / ANKYRIN REPEAT PROTEIN / SELECTED BINDER / PROTEIN DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / IFNG signaling activates MAPKs ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / IFNG signaling activates MAPKs / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Signaling by Activin / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signal transduction by L1 / Negative regulation of FGFR2 signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / MAP2K and MAPK activation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Recycling pathway of L1 / neural crest cell development / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / positive regulation of macrophage proliferation / outer ear morphogenesis / regulation of cellular pH / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / regulation of Golgi inheritance / RAF/MAP kinase cascade / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Neutrophil degranulation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / : / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / face development / progesterone receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / pseudopodium / positive regulation of telomere capping / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / negative regulation of cell differentiation / decidualization / steroid hormone receptor signaling pathway / MAP kinase activity / regulation of ossification / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / Schwann cell development / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / sensory perception of pain / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / cellular response to cadmium ion / ERK1 and ERK2 cascade / myelination / dendrite cytoplasm / phosphotyrosine residue binding / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / caveola / positive regulation of translation / long-term synaptic potentiation
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Ankyrin repeat-containing domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Ankyrin repeat-containing domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Kummer, L. / Mittl, P.R. / Pluckthun, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Analysis of Phosphorylation-Specific Binders of the Kinase Erk from Designed Ankyrin Repeat Protein Libraries.
著者: Kummer, L. / Parizek, P. / Rube, P. / Millgramm, B. / Prinz, A. / Mittl, P.R. / Kaufholz, M. / Zimmermann, B. / Herberg, F.W. / Pluckthun, A.
履歴
登録2011年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月5日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
B: DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN
C: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
D: DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,3306
ポリマ－114,1384
非ポリマー1922
水3,657203
1
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
B: DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1653
ポリマ－57,0692
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1670 Å2
ΔGint-21.1 kcal/mol
Surface area23110 Å2
手法PISA
2
C: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1
D: DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1653
ポリマ－57,0692
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-19.3 kcal/mol
Surface area23130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.670, 150.449, 104.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.03643, 0.9983, 0.04652), (-0.9982, 0.03413, 0.04936), (0.04769, -0.004824, 0.9977)25.6918, 28.6722, -27.848
2given(0.05812, 0.9969, 0.05266), (-0.997, 0.05521, 0.0551), (0.05203, -0.0557, 0.9971)23.9008, 28.5893, -28.45

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1 / MAP KINASE 1 / MAPK 1 / ERT1 / EXTRACELLULAR SIGNAL-REGULATED KINASE 2 / ERK-2 / MAP KINASE ISOFORM ...MAP KINASE 1 / MAPK 1 / ERT1 / EXTRACELLULAR SIGNAL-REGULATED KINASE 2 / ERK-2 / MAP KINASE ISOFORM P42 / P42-MAPK / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 2 / MAP KINASE 2 / MAPK 2


分子量: 42319.391 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 3-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PETHIS6/MEK1R4F_ERK2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63086, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質 DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN


分子量: 14749.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / プラスミド: PDST67_PE59 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): XL1-BLUE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.07 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 100 MM TRIS-HOAC (PH 7.5), 2 M SODIUM FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0015
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→8.12 Å / Num. obs: 84304 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.43
反射 シェル解像度: 2.72→2.73 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 74.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2ERK, 1MJ0

2erk

1mj0


解像度: 2.72→77.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 21.148 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.369 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22975 2413 5 %RANDOM
Rwork0.17572 ---
obs0.17837 45852 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.145 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→77.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7689 0 10 203 7902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0227969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9391.97310822
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6245980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.36824.629391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.1151393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2841546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7961.54862
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59227844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.70533107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4584.52978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.717→2.788 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 157 -
Rwork0.263 2979 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13610.24580.12621.4441-0.39461.60350.0392-0.2197-0.0679-0.0743-0.05490.21510.0489-0.11070.01570.0071-0.008-0.01590.04810.00560.050417.075-20.3303-9.2115
27.5998-0.34360.8261.53180.98144.3771-0.18490.2049-0.13320.04680.1513-0.25530.40860.35230.03360.07410.02240.00990.07010.07250.299135.2429-42.3081-8.1964
31.9036-0.40350.11631.05470.00961.8838-0.11820.0776-0.31070.18960.0781-0.13650.09480.12440.040.1077-0.01350.02620.0333-0.04530.116349.4225-11.16815.6214
43.5943-0.7347-0.89556.28880.10194.86080.10210.31120.9895-0.08370.2028-0.6572-0.6910.4437-0.30480.2037-0.16980.08230.2269-0.08440.647872.32746.419317.094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 358
2X-RAY DIFFRACTION2B13 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 358
4X-RAY DIFFRACTION4D12 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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