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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zus | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an engineered botulinum neurotoxin type A- SNARE23 derivative, LC-A-SNAP23-Hn-A | ||||||
要素 | BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A, SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 23 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/SIGNALING PROTEIN / HYDROLASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX / BOTULINUM NEUROTOXIN / SNARE / PROTEIN ENGINEERING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle targeting / trans-Golgi Network Vesicle Budding / host cell junction / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / post-Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of neurotransmitter secretion / SNARE complex / SNAP receptor activity / bontoxilysin ...vesicle targeting / trans-Golgi Network Vesicle Budding / host cell junction / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / synaptobrevin 2-SNAP-25-syntaxin-1a-complexin I complex / post-Golgi vesicle-mediated transport / negative regulation of neurotransmitter secretion / SNARE complex / SNAP receptor activity / bontoxilysin / specific granule / histamine secretion by mast cell / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / RHOF GTPase cycle / syntaxin binding / syntaxin-1 binding / azurophil granule / host cell cytosol / RHOB GTPase cycle / synaptic vesicle priming / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / protein transmembrane transporter activity / RHOA GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / specific granule membrane / RAC1 GTPase cycle / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / adherens junction / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / phagocytic vesicle membrane / protein transport / presynapse / ER-Phagosome pathway / toxin activity / membrane fusion / neuron projection / focal adhesion / Neutrophil degranulation / host cell plasma membrane / mitochondrion / proteolysis / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌) HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Masuyer, G. / Stancombe, P. / Chaddock, J.A. / Acharya, K.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011 タイトル: Structures of Engineered Clostridium Botulinum Neurotoxin Derivatives 著者: Masuyer, G. / Stancombe, P. / Chaddock, J.A. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zus.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zus.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zus.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3zus_validation.pdf.gz | 481.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3zus_full_validation.pdf.gz | 521.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3zus_validation.xml.gz | 108.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3zus_validation.cif.gz | 145.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zus | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 106299.859 Da / 分子数: 4 断片: LC-A-SNAP23-HN-A, LC-A, RESIDUES 3-431,SNAP23,RESIDUES 150-211,8-RESIDUE LINKER, HN-A, RESIDUES 454-865 由来タイプ: 組換発現 詳細: CHIMERA, DERIVATIVE OF BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE A WITH ADDED SNAP23 DOMAIN BETWEEN LC AND HN, CONFLICT AT ASN 7 B CHAIN 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌), (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) 解説: ENGINEERED HUMAN SNAP23 PEPTIDE INSERTED WITHIN LC AND HN OF BOTULINUM NEUROTOXIN 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P10845, UniProt: O00161, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | HUMAN SNAP23 ENGINEERED BETWEEN LC AND HN OF BOTULINUM NEUROTOXIN A. PRO-ARG VARIANT IN O00161 NOT ...HUMAN SNAP23 ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: 0.1 M IMIDAZOLE MALATE PH 6.0, 15% PEG 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→50.4 Å / Num. obs: 97807 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2W2D 解像度: 2.95→130.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 49.172 / SU ML: 0.413 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.481 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. UNOBSERVED SNAP23 PEPTIDE - RESIDUES 435-498.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.509 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→130.81 Å
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拘束条件 |
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