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- PDB-2vu9: CRYSTAL STRUCTURE OF BOTULINUM NEUROTOXIN SEROTYPE A BINDING DOMA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vu9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BOTULINUM NEUROTOXIN SEROTYPE A BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH GT1B
要素BOTULINUM NEUROTOXIN A HEAVY CHAIN
キーワードHYDROLASE / METALLOPROTEASE / NEUROTOXIN / GANGLIOSIDE / METAL-BINDING / TOXIN / PROTEASE / MEMBRANE / RECEPTOR / SECRETED
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity ...host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Botulinum neurotoxin type A / Botulinum neurotoxin type A
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Stenmark, P. / Dupuy, J. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Botulinum Neurotoxin Type a in Complex with the Cell Surface Co-Receptor Gt1B- Insight Into the Toxin-Neuron Interaction.
著者: Stenmark, P. / Dupuy, J. / Imamura, A. / Kiso, M. / Stevens, R.C.
履歴
登録2008年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BOTULINUM NEUROTOXIN A HEAVY CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0283
ポリマ－51,7131
非ポリマー1,3142
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.700, 116.110, 105.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 BOTULINUM NEUROTOXIN A HEAVY CHAIN / BOTULINUM NEUROTOXIN SEROTYPE A BINDING DOMAIN / BONT/A / BONTOXILYSIN-A / BOTOX


分子量: 51713.398 Da / 分子数: 1 / 断片: BINDING DOMAIN, RESIDUES 876-1296 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM BOTULINUM (ボツリヌス菌)
株: A / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1290.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-4-2-3/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1_e3-f2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細GT1B (COMPOSED OF BGC, GAL, SIA, NGA): SIX OUT OF THE SEVEN MONOSACCARIDES IN THE GANGLIOSIDE GT1B.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 21% PEG3350, 0.2 M MGCL2, 0.1 M BISTRIS PH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 58845 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2NYY

2nyy


解像度: 1.6→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.744 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 2968 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.162 55875 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3501 0 89 397 3987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223693
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022489
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.9745013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8523.0035997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3015432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.51925.026191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86915654
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0031519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.22657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0970.22069
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2050.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.081.52775
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29823459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30331875
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.214.51551
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.222 207
Rwork0.177 4049
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.194-0.69120.75391.73570.05181.83610.0990.2499-0.2613-0.2343-0.0395-0.29030.04210.2934-0.0595-0.0844-0.0140.03470.10260.02460.130832.63232.148-8.717
20.69580.11920.1861.5144-1.17082.3553-0.00190.09330.060.2219-0.1636-0.2502-0.36550.25550.16550.0306-0.0436-0.02480.03520.02940.050724.33540.334-0.525
30.27680.04190.01391.3124-1.48423.5281-0.01790.06640.06930.25840.08460.0208-0.5297-0.23-0.06660.0750.0320.00320.04620.02630.038414.20840.488-0.468
40.9917-0.12420.34561.7235-1.40993.2292-0.00410.14210.03990.1233-0.0166-0.0886-0.25550.0310.0206-0.0026-0.01310.0030.01070.01950.02419.02139.232-4.052
50.2226-0.2697-0.0840.927-0.12891.1047-0.0163-0.0139-0.0237-0.0630.02570.07360.00940.0012-0.00930.055-0.0087-0.02990.04630.00450.072919.514.52511.457
60.19790.43660.00981.1047-0.43611.4854-0.0417-0.0084-0.08570.11970.00210.0979-0.11030.08060.03960.0733-0.0139-0.02050.07160.00070.057319.68416.87319.235
71.59580.325-0.04881.04820.2671.6901-0.0602-0.0731-0.11730.05750.038-0.00920.23850.11830.02210.06420.03030.0030.0184-0.00320.033923.240.36416.243
80.32030.15160.14073.8087-0.64791.5592-0.01190.10290.0768-0.1956-0.05450.19480.0048-0.04450.06640.02690.0078-0.01570.0608-0.00760.021517.1295.7454.63
91.32570.74970.48992.58350.34081.1755-0.08810.09420.054-0.1703-0.01050.44430.0321-0.15830.09860.01830.0055-0.02570.0473-0.0050.08789.3735.89912.391
100.4931-0.2783-1.03553.9234-4.12298.0576-0.0034-0.26580.0640.4752-0.1971-0.2582-0.52720.60250.20050.0796-0.0453-0.06870.0710.01490.012423.59725.81622.45
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A873 - 910
2X-RAY DIFFRACTION2A911 - 966
3X-RAY DIFFRACTION3A967 - 1033
4X-RAY DIFFRACTION4A1034 - 1085
5X-RAY DIFFRACTION5A1086 - 1131
6X-RAY DIFFRACTION6A1132 - 1171
7X-RAY DIFFRACTION7A1172 - 1223
8X-RAY DIFFRACTION8A1224 - 1246
9X-RAY DIFFRACTION9A1247 - 1287
10X-RAY DIFFRACTION10A1288 - 1297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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