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- PDB-2nyy: Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with m... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2nyy | ||||||
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Title | Crystal structure of botulinum neurotoxin type A complexed with monoclonal antibody CR1 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TOXIN/IMMUNE SYSTEM / BOTULINUM / NEUROTOXIN / FAB / PROTEIN ANTIBODY COMPLEX / TOXIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / membrane => GO:0016020 ...host cell junction / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / proteolysis / zinc ion binding / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stevens, R.C. / Arndt, J.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Molecular evolution of antibody cross-reactivity for two subtypes of type A botulinum neurotoxin. Authors: Garcia-Rodriguez, C. / Levy, R. / Arndt, J.W. / Forsyth, C.M. / Razai, A. / Lou, J. / Geren, I. / Stevens, R.C. / Marks, J.D. | ||||||
History |
| ||||||
Remark 999 | SEQUENCE There is no aminoacid sequence database reference available for the CR1 monoclonal ...SEQUENCE There is no aminoacid sequence database reference available for the CR1 monoclonal antibody light and heavy chains |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 501 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 59.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 81.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2nz9C ![]() 3btaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 149479.812 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin |
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#2: Antibody | Mass: 23896.471 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: light chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#3: Antibody | Mass: 24053.721 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: heavy chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
#4: Chemical | ChemComp-ZN / |
#5: Chemical | ChemComp-CA / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.61 Å3/Da / Density % sol: 65.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 8% PEG 20000, 8% PEG 550 MME, 200 mM calcium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 1, 2005 |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL, PARALELL (SI 111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→50 Å / Num. obs: 87498 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
Reflection shell | Resolution: 2.61→2.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.388 / % possible all: 44.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3BTA Resolution: 2.61→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 28.209 / SU ML: 0.256 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.461 / ESU R Free: 0.289 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 11.41 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.61→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.61→2.68 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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