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- PDB-3zty: The 3-dimensional structure of the gadolinium derivative of MpgP,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zty
タイトルThe 3-dimensional structure of the gadolinium derivative of MpgP, the mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase from Thermus thermophilus HB27
要素MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / HALOALKANOID ACID DEHALOGENASE-LIKE PHOSPHATASE / HAD-LIKE PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase / mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase activity / mannosylglycerate biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase, thermophiles / Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, superfamily IIB, MPGP / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold ...Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase, thermophiles / Putative mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, superfamily IIB, MPGP / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / Mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Santos, H. / Borges, N. / Matias, P.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Mannosyl-3-Phosphoglycerate Phosphatase from Thermus Thermophilus Hb27: A New Member of the Haloalkanoic Acid Dehalogenase Superfamily.
著者: Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Santos, H. / Borges, N. / Matias, P.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Mannosyl-3-Phosphoglycerate Phosphatase from Thermus Thermophilus Hb27.
著者: Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Borges, N. / Santos, H. / Matias, P.M.
履歴
登録2011年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE PHOSPHATASE
B: MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,45310
ポリマ－56,4392
非ポリマー1,0148
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-98.9 kcal/mol
Surface area21740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.692, 70.835, 92.735
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE PHOSPHATASE / MPGP


分子量: 28219.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB27 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q72K29, mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウムヒドリド


分子量: 157.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細GADOLINIUM (III) (GD): FROM GDCL3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: SEE REMARK 1 REFERENCE ABOVE., pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月21日
放射モノクロメーター: MONTEL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.5 Å / Num. obs: 17882 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
autoSHARP位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→37.561 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 908 5.1 %
Rwork0.1953 --
obs0.1983 17834 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.197 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2694 Å20 Å20.4107 Å2
2---2.1267 Å20 Å2
3----2.1426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.561 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3880 0 8 146 4034
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.125420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6861514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.65670.28281400.22852817X-RAY DIFFRACTION100
2.6567-2.86180.30661540.22362798X-RAY DIFFRACTION100
2.8618-3.14960.27711400.21752823X-RAY DIFFRACTION100
3.1496-3.60510.26061470.19532830X-RAY DIFFRACTION100
3.6051-4.54070.24771670.17322807X-RAY DIFFRACTION100
4.5407-37.56570.21271600.18322851X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0265-0.1040.65730.71520.39740.5679-0.0684-0.3256-0.7378-0.4930.2262-0.20171.51320.4460.00060.71980.1355-0.07670.36610.01990.557535.897949.7695-16.4032
21.54290.5593-1.3432.184-1.22463.69720.0259-0.15460.0167-0.0073-0.1395-0.19040.05520.1172-0.00020.07740.0074-0.03360.23670.01460.220635.492561.5956-0.2611
32.2082-1.7750.21271.4877-0.35142.59850.18880.3159-0.3766-0.21940.06760.5640.0166-0.68820.00040.15820.0453-0.03160.39310.03250.367621.528762.5762.5746
42.5903-1.58691.78513.4921-1.0192.78260.10340.1917-0.6806-0.81810.15340.47590.6261-0.3295-0.00010.3928-0.1016-0.08510.29090.00750.425329.447459.0043-20.7725
51.3903-0.58860.17160.79040.44420.4224-0.11860.13330.48950.7139-0.0646-0.2135-1.40230.254-0.00040.7691-0.11220.00880.3617-0.0210.423716.721259.848545.572
61.03541.35840.19451.89140.17521.48630.149-0.3866-0.17330.7884-0.0349-0.65630.15940.57740.00010.54870.0251-0.0850.37710.03910.288426.396146.904443.0672
71.74131.89280.18763.78390.57773.73590.03220.00890.1292-0.01990.01180.2104-0.15270.0402-0.00010.14340.02250.01260.2191-0.01940.214920.36848.205721.6996
83.13030.6980.01912.3905-0.35552.2848-0.1169-0.05680.16360.55620.1040.62920.1207-0.61610.00020.5707-0.0430.08710.4045-0.06620.28938.875150.99945.6367
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 1:29)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 30:132)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 133:175)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 176:251)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 1:29)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 30:83)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 84:176)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 177:251)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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