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- PDB-1dab: The Structure of Bordetella Pertussis Virulence Factor P.69 Pertactin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dab
タイトルThe Structure of Bordetella Pertussis Virulence Factor P.69 Pertactin
要素P.69 PERTACTIN
キーワードCELL ADHESION / PERTUSSIS BETA HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / periplasmic space / cell adhesion / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pertactin autotransporter / Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / : / Pectate Lyase C-like - #20 / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. ...Pertactin autotransporter / Pertactin virulence factor family / Pertactin, central region / Pertactin / : / Pectate Lyase C-like - #20 / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pertactin autotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Emsley, P. / Charles, I.G. / Fairweather, N.F. / Isaacs, N.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structure of Bordetella pertussis virulence factor P.69 pertactin.
著者: Emsley, P. / Charles, I.G. / Fairweather, N.F. / Isaacs, N.W.
履歴
登録1999年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P.69 PERTACTIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6281
ポリマ－54,6281
非ポリマー00
水4,990277
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: P.69 PERTACTIN
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)327,7676
ポリマ－327,7676
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+3/21
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+3/21
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+3/21
Buried area29430 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area99930 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)176.199, 176.199, 104.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 P.69 PERTACTIN


分子量: 54627.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella pertussis (百日咳菌) / プラスミド: M13MP18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14283
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: AMMONIUM SULPHATE TRIS.HCL, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Emsley, P., (1994) J. Mol. Biol., 235, 772.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
3150 mM1dropNaCl
428 %satammonium sulfate1reservoir
5100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.877
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.877 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 40028 / Num. obs: 40028 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 60.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.382 / % possible all: 99.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
直接法モデル構築
REFMAC精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法位相決定
精密化解像度: 2.5→20 Å / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: CGMAT MINIMIZATION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27562 822 -RANDOM
Rwork0.25001 ---
all0.25101 40028 --
obs0.25001 40028 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3847 0 0 277 4124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.07
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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