PDB-3zsf: Crystal structure of the L-cystine solute receptor of Neisseria g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zsf

タイトル

Crystal structure of the L-cystine solute receptor of Neisseria gonorrhoeae in the unliganded open conformation

要素

ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Solute-binding protein family 3, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 signature. / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Bulut, H. / Moniot, S. / Scheffel, F. / Gathmann, S. / Licht, A. / Saenger, W. / Schneider, E.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Two Solute Receptors for L-Cystine and L-Cysteine, Respectively, of the Human Pathogen Neisseria Gonorrhoeae.
著者: Bulut, H. / Moniot, S. / Licht, A. / Scheffel, F. / Gathmann, S. / Saenger, W. / Schneider, E.

履歴

登録	2011年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zsf.cif.gz	710.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zsf.ent.gz	590.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zsf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zsf_validation.pdf.gz	498.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zsf_full_validation.pdf.gz	519.5 KB	表示
XML形式データ	3zsf_validation.xml.gz	70.1 KB	表示
CIF形式データ	3zsf_validation.cif.gz	99.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/3zsf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/3zsf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yjpC 2ylnC 2ieeS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dv8-d 4led-2 4cw7-4 4bpu-3 3cvg-4 2k5x-d 5doi-2 4xpm-d 4y18-3 4wtz-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

B: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

C: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

D: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

E: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

F: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

G: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

H: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

241 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

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2

B: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

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3

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4

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5

E: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

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6

F: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

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7

G: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

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H: ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID

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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.090, 99.830, 128.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 39 - 275 / Label seq-ID: 47 - 283

Dom-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	2	A	A
2	1	2	C	C
3	1	2	E	E
4	1	2	G	G
1	2	1	B	B
2	2	1	D	D
3	2	1	F	F
4	2	1	H	H

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	ABC TRANSPORTER, PERIPLASMIC BINDING PROTEIN, AMINO ACID / SOLUTE RECEPTOR FOR L-CYSTINE 分子量: 30067.436 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEISSERIA GONORRHOEAE (淋菌) / 株: FA1090 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q5F9M1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 19 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 19 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 19 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 19 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 19 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 19 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 19 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 19 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, CYS 19 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, CYS 19 TO ALA
配列の詳細	N-TERMINAL HIS-TAG CONSTRUCT WITH ENTEROKINASE CLEAVAGE SITE AND C19A MUTATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 3.5 / 詳細: 20-30% PEG 3350, 100 MM NA-CITRATE, PH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→48 Å / Num. obs: 81031 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.86
反射シェル	解像度: 2.32→2.38 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IEE

2iee

解像度: 2.32→48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 16.592 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.46 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26671	4052	5 %	RANDOM
R_work	0.21737	-	-	-
obs	0.21981	76978	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.238 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.24 Å²	0 Å²	0.31 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14043	0	0	579	14622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	14318
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	9315
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.958	19410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.068	3	23002
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.121	5	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.689	26.187	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.558	15	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.839	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2623
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.659	1.5	9377
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.161	1.5	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.241	2	14950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.1	3	4941
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.499	4.5	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1351	tight positional	0.16	0.05
1	2	C	1351	tight positional	0.16	0.05
1	3	E	1351	tight positional	0.15	0.05
1	4	G	1351	tight positional	0.17	0.05
2	1	B	2760	tight positional	0.04	0.05
2	2	D	2760	tight positional	0.04	0.05
2	3	F	2760	tight positional	0.04	0.05
2	4	H	2760	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	1455	medium positional	0.28	0.5
1	2	C	1455	medium positional	0.28	0.5
1	3	E	1455	medium positional	0.28	0.5
1	4	G	1455	medium positional	0.3	0.5
1	1	A	1351	tight thermal	0.58	0.5
1	2	C	1351	tight thermal	0.52	0.5
1	3	E	1351	tight thermal	0.58	0.5
1	4	G	1351	tight thermal	0.56	0.5
2	1	B	2760	tight thermal	0.11	0.5
2	2	D	2760	tight thermal	0.11	0.5
2	3	F	2760	tight thermal	0.11	0.5
2	4	H	2760	tight thermal	0.11	0.5
1	1	A	1455	medium thermal	0.67	2
1	2	C	1455	medium thermal	0.66	2
1	3	E	1455	medium thermal	0.7	2
1	4	G	1455	medium thermal	0.64	2

LS精密化シェル

解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	296	-
R_work	0.288	5617	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8231	-0.4228	-0.5622	0.9566	0.4996	0.6476	-0.0092	0.2363	-0.2288	0.0635	0.0781	-0.05	0.0176	0.0929	-0.0689	0.0878	-0.0032	0.0229	0.0982	-0.0481	0.197	26.167	-13.165	47.129
2	6.0034	-1.0655	0.5033	3.364	0.0285	3.952	0.1271	-0.0676	0.7612	-0.1151	-0.0419	-0.171	-0.1887	-0.1637	-0.0853	0.0634	0.03	0.0095	0.02	0.0103	0.2898	4.796	7.388	53.028
3	2.7978	-0.9655	-0.222	1.2209	0.5514	0.7975	0.0116	0.4421	-0.189	-0.1435	-0.0415	0.109	-0.1277	0.0452	0.0299	0.0926	-0.0359	-0.0078	0.1523	-0.0145	0.1394	20.484	-6.339	40.279
4	0.8051	-0.1112	-0.0443	0.6682	-0.0029	0.273	-0.0347	-0.123	0.0601	-0.0301	0.0176	-0.1184	0.0071	-0.0291	0.0171	0.0877	0.0031	-0.0097	0.0806	-0.0252	0.2675	26.884	3.127	69.599
5	12.6771	0.7117	-3.6597	4.8779	-5.0837	21.7946	0.026	1.6174	0.0512	-2.235	-1.1037	-1.6006	4.4899	2.3405	1.0776	1.3949	0.7675	0.6977	0.6685	0.3383	0.5706	42.749	8.768	42.34
6	1.8675	0.4682	-0.4641	1.68	-0.2274	2.0471	-0.0902	-0.056	0.1937	-0.1527	0.002	-0.122	-0.1594	0.0203	0.0883	0.0762	0.0051	-0.0213	0.0028	-0.0194	0.3166	28.958	13.614	61.053
7	1.2175	0.3042	-0.0013	1.1286	0.423	0.6646	-0.0704	0.1	-0.2279	0.0579	0.0787	-0.0566	0.041	0.054	-0.0084	0.1145	-0.0017	0.0229	0.1669	-0.0379	0.1797	26.993	-12.989	111.977
8	4.2627	0.7591	-0.7121	3.513	1.0485	2.8973	-0.0453	-0.1454	0.2793	-0.2648	-0.0592	0.1768	-0.1309	-0.1054	0.1046	0.0909	0.0283	-0.076	0.1096	-0.0209	0.1399	3.674	9.846	115.057
9	2.3229	-1.1022	-0.9793	1.1364	0.6012	0.6897	-0.0885	0.3109	-0.1567	-0.0918	-0.0256	0.0794	-0.0909	-0.0204	0.1142	0.1054	-0.0486	-0.0201	0.2257	-0.0175	0.0868	19.737	-4.043	104.014
10	1.0776	-0.4052	0.0809	0.7151	-0.1547	0.6952	-0.0669	-0.1672	0.0944	-0.0289	0.0288	-0.1066	0.0306	0.0619	0.038	0.0889	0.011	-0.0227	0.2082	-0.0305	0.1658	26.002	6.41	132.802
11	4.2223	-0.3995	-1.2291	1.5631	-0.0757	5.1643	0.0091	0.1584	0.2378	-0.383	-0.123	-0.284	0.1252	0.4276	0.1138	0.1355	-0.0221	0.0648	0.144	0.0584	0.1676	38.466	13.377	110.187
12	1.5268	0.2339	-0.2708	2.1769	-0.4255	0.9671	-0.0779	-0.039	0.267	-0.0597	0.0904	-0.1016	-0.0657	-0.1432	-0.0124	0.1011	0.0301	-0.0658	0.1791	-0.0258	0.163	21.879	15.496	130.754
13	1.8292	0.873	-0.3517	1.9988	-0.5909	0.648	-0.0104	0.0953	0.1729	0.08	0.0562	0.1073	-0.0806	-0.0577	-0.0458	0.111	0.0281	-0.0354	0.0622	0.0177	0.1607	4.759	58.058	47.858
14	4.5653	-0.0514	1.3495	1.6641	-0.7005	1.9061	0.0277	0.1114	-0.2942	-0.22	-0.0108	-0.3278	0.1366	0.0524	-0.017	0.0934	0.0154	0.0464	0.0109	-0.0354	0.266	26.945	37.659	47.576
15	3.2962	0.1756	-1.1561	1.7556	-0.1737	2.508	-0.0874	0.2085	-0.0525	-0.069	0.0709	-0.0893	0.2017	-0.1532	0.0164	0.0615	-0.0241	-0.0167	0.0821	0.0008	0.0996	6.027	52.505	38.268
16	0.6808	-0.3224	-0.2095	0.8061	0.0292	0.4079	-0.0896	-0.0971	-0.1428	-0.0242	0.0415	0.0388	-0.048	-0.0148	0.048	0.0916	0.001	0.0144	0.1034	0.0385	0.2206	6.366	38.559	68.47
17	9.4601	-2.1527	-0.3859	11.2931	-1.6706	7.6212	0.1313	1.1171	0.2196	-1.049	-0.2748	0.7325	-0.6878	-0.8853	0.1435	0.2629	0.032	-0.1062	0.4167	-0.0718	0.1273	-8.856	34.643	41.342
18	1.1483	-0.1553	0.3421	1.1529	0.3663	2.4618	-0.0989	-0.0383	-0.3371	-0.1217	0.0066	0.1186	0.1319	-0.0449	0.0922	0.0872	0.0073	0.0552	0.0155	0.0132	0.3259	4.351	28.792	60.319
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20	4.7676	1.02	0.3288	4.7965	-0.2139	4.3714	-0.0256	0.1594	-0.7032	-0.2945	0.0031	-0.3437	0.1926	0.1007	0.0226	0.0835	0.0145	0.0392	0.1308	-0.0606	0.2866	26.979	37.508	114.685
21	2.5363	-1.161	0.8278	1.3564	-0.4681	0.8264	-0.0126	0.2837	-0.0806	-0.0789	-0.0142	-0.0885	0.0969	-0.0102	0.0268	0.1243	-0.0562	0.0054	0.2542	-0.0133	0.0898	10.486	51.586	104.348
22	0.5718	-0.3196	-0.0065	1.1396	0.1702	1.0634	0.011	-0.1019	-0.1025	-0.1077	0.0263	0.142	-0.0418	-0.0296	-0.0373	0.0728	0.0025	-0.0018	0.1992	0.0408	0.211	4.473	41.201	133.141
23	3.4813	1.7416	2.3058	5.9039	4.5788	5.9093	-0.3697	0.1759	-0.0835	-1.1914	-0.3657	1.2686	-0.852	-0.5063	0.7355	0.2685	0.0421	-0.2675	0.1659	-0.0673	0.4315	-6.978	34.722	112.371
24	3.8904	1.4324	0.6255	3.6847	0.9609	0.8901	-0.1788	0.0476	-0.3084	-0.0074	0.1594	0.0924	0.0341	0.1795	0.0195	0.09	0.0087	0.0493	0.1502	0.0338	0.1914	8.277	30.563	131.013

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	39 - 150
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	151 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	200 - 275
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	38 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	142 - 201
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	202 - 275
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	39 - 137
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	138 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	204 - 275
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	38 - 146
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	147 - 231
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	232 - 275
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	39 - 136
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	137 - 229
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	230 - 275
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	38 - 145
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	146 - 198
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	199 - 275
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	39 - 137
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	138 - 200
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	201 - 275
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	38 - 145
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	146 - 237
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	238 - 275

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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