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万見
- PDB-3zp5: Crystal structure of the DNA binding ETS domain of the human prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zp5
タイトルCrystal structure of the DNA binding ETS domain of the human protein FEV in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'
  • 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'
  • PROTEIN FEV
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron fate specification / maternal behavior / neuron maturation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / chromatin ...neuron fate specification / maternal behavior / neuron maturation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Ets-domain signature 1. / ETS family / Ets-domain signature 2. / Ets domain / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Krojer, T. / Shrestha, L. / Allerston, C.K. / Vollmar, M. / Arrowsmith, C.H. / Burgess-Brown, N. / Edwards, A. / von Delft, F. / Gileadi, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structures of the Ets Domains of Transcription Factors Etv1, Etv4, Etv5 and Fev: Determinants of DNA Binding and Redox Regulation by Disulfide Bond Formation.
著者: Cooper, C.D.O. / Newman, J.A. / Aitkenhead, H. / Allerston, C.K. / Gileadi, O.
履歴
登録2013年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN FEV
C: 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'
G: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9033
ポリマ－17,9033
非ポリマー00
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-17.5 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.224, 64.554, 110.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN FEV / FIFTH EWING VARIANT PROTEIN / PC12 ETS DOMAIN-CONTAINING TRANSCRIPTION FACTOR 1 / PC12 ETS FACTOR 1 / PET-1


分子量: 11813.431 Da / 分子数: 1 / 断片: ETS DOMAIN, RESIDUES 42-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99581
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*TP)-3'


分子量: 2995.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*GP*TP*GP)-3'


分子量: 3094.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST TWO RESIDUES ARE FROM PURIFICATION TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% PEG 3350, 0.1M BIS TRIS PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→110 Å / Num. obs: 12431 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 38.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YPR

2ypr


解像度: 2→30.976 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 598 4.8 %
Rwork0.2097 --
obs0.2118 12387 99.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数745 404 0 36 1185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6961748
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.76482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.20140.33341530.29272895X-RAY DIFFRACTION100
2.2014-2.51980.28691490.26182927X-RAY DIFFRACTION100
2.5198-3.17420.29351440.24482957X-RAY DIFFRACTION100
3.1742-30.97970.22071520.17593010X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.1284 Å / Origin y: -7.6218 Å / Origin z: -15.7403 Å
111213212223313233
T0.5068 Å20.0268 Å2-0.0308 Å2-0.374 Å2-0.1032 Å2--0.3625 Å2
L3.7419 °2-0.7152 °2-3.8808 °2-2.3349 °21.9128 °2--9.2899 °2
S0.2216 Å °0.47 Å °-0.2159 Å °0.112 Å °-0.6011 Å °0.2148 Å °-0.5889 Å °-1.0711 Å °0.2112 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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