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Yorodumi- PDB-3zp4: Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with a... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3zp4 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with a transition state analog | |||||||||
Components | CHORISMATE MUTASE AROH | |||||||||
Keywords | ISOMERASE / PSEUDO-ALPHA BETA-BARREL / NON-PROTEINOGENIC AMINO ACID / SEMI-SYNTHETIC / TRANSITION STATE ANALOG | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationchorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.798 Å | |||||||||
Authors | Burschowsky, D. / vanEerde, A. / Okvist, M. / Kienhofer, A. / Kast, P. / Hilvert, D. / Krengel, U. | |||||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014Title: Electrostatic Transition State Stabilization Rather Than Reactant Destabilization Provides the Chemical Basis for Efficient Chorismate Mutase Catalysis. Authors: Burschowsky, D. / Van Eerde, A. / Okvist, M. / Kienhofer, A. / Kast, P. / Hilvert, D. / Krengel, U. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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| PDBx/mmCIF format | 3zp4.cif.gz | 304.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3zp4.ent.gz | 254.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3zp4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3zp4_validation.pdf.gz | 493.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3zp4_full_validation.pdf.gz | 498.2 KB | Display | |
| Data in XML | 3zp4_validation.xml.gz | 31.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 3zp4_validation.cif.gz | 42.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/3zp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/3zp4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3zo8C ![]() 3zopC ![]() 3zp7C ![]() 1dbfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 14521.919 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-TSA / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.38 % / Description: NONE |
|---|---|
| Crystal grow | pH: 6 Details: 100 MM MMT BUFFER - MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY - PH 6.0, 125 MM CALCIUM CHLORIDE, 24% W/V PEG 1000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 |
| Detector | Detector: CCD / Date: Oct 2, 2011 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→49.12 Å / Num. obs: 53585 / % possible obs: 86.1 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 23.3 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.9 Å / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 61.8 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 1DBF Resolution: 1.798→43.167 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.97 / Phase error: 26.62 / Stereochemistry target values: ML Details: INITIAL REFINEMENTS WERE PERFORMED WITH REFMAC. FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED WITH PHENIX.REFINE.
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.786 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 28.423 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.798→43.167 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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