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- PDB-3zp7: Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with c... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zp7 | |||||||||
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Title | Arg90Cit chorismate mutase of Bacillus subtilis in complex with chorismate and prephenate | |||||||||
![]() | CHORISMATE MUTASE AROH | |||||||||
![]() | ISOMERASE / PSEUDO-ALPHA BETA-BARREL / NON-PROTEINOGENIC AMINO ACID / SEMI-SYNTHETIC / REACTION MECHANISM | |||||||||
Function / homology | ![]() chorismate metabolic process / chorismate mutase / chorismate mutase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Burschowsky, D. / vanEerde, A. / Okvist, M. / Kienhofer, A. / Kast, P. / Hilvert, D. / Krengel, U. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Electrostatic Transition State Stabilization Rather Than Reactant Destabilization Provides the Chemical Basis for Efficient Chorismate Mutase Catalysis. Authors: Burschowsky, D. / Van Eerde, A. / Okvist, M. / Kienhofer, A. / Kast, P. / Hilvert, D. / Krengel, U. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 530.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 37.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 51 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3zo8C ![]() 3zopC ![]() 3zp4C ![]() 1dbfS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 14521.919 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PRE / #3: Chemical | ChemComp-ISJ / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | CHORISMATE (ISJ): CHEBI ENTRY 29748 --- CHORISMATE IS MOSTLY DEPROTONATED AT THE PH THAT WAS USED, ...CHORISMATE | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.13 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6 Details: 100 MM MMT BUFFER ---MALIC ACID, MES, TRIS, IN MOLAR RATIOS OF 1:2:2, RESPECTIVELY--- PH 6.0, 125 MM CALCIUM CHLORIDE, 25% W/V PEG 1000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 1, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→49.15 Å / Num. obs: 70311 / % possible obs: 93.7 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 15.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.79 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 92.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1DBF Resolution: 1.698→37.964 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.98 / Phase error: 20.14 / Stereochemistry target values: ML Details: INITIAL REFINEMENTS WERE PERFORMED WITH REFMAC. FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED WITH PHENIX.REFINE.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.171 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.072 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.698→37.964 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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