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- PDB-3zoj: High-resolution structure of Pichia Pastoris aquaporin Aqy1 at 0.88 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zoj
タイトルHigh-resolution structure of Pichia Pastoris aquaporin Aqy1 at 0.88 A
要素AQUAPORIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CHANNEL
機能・相同性
機能・相同性情報


water channel activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.88 Å
データ登録者Kosinska-Eriksson, U. / Fischer, G. / Friemann, R. / Enkavi, G. / Tajkhorshid, E. / Neutze, R.
引用
ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Subangstrom Resolution X-Ray Structure Details Aquaporin-Water Interactions
著者: Kosinska-Eriksson, U. / Fischer, G. / Friemann, R. / Enkavi, G. / Tajkhorshid, E. / Neutze, R.
#1: ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of a Yeast Aquaporin at 1.15 Angstrom Reveals a Novel Gating Mechanism.
著者: Fischer, G. / Kosinska-Eriksson, U. / Aponte-Santamaria, C. / Palmgren, M. / Geijer, C. / Hedfalk, K. / Hohmann, S. / De Groot, B.L. / Neutze, R. / Lindkvist-Petersson, K.
履歴
登録2013年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Derived calculations
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AQUAPORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9167
ポリマ－29,9321
非ポリマー9836
水3,819212
1
A: AQUAPORIN
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,66428
ポリマ－119,7304
非ポリマー3,93424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area26590 Å2
ΔGint-205.6 kcal/mol
Surface area32990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.763, 90.763, 80.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1277-

CL

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要素

#1: タンパク質 AQUAPORIN / AQUAPORIN PIP2-7 7


分子量: 29932.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株: X33 / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: F2QVG4
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CHLORIDE ION (CL): ASSIGNED BASED ON DIFFERENCE DENSITY AND CHEMICAL SANITY B-OCTYLGLUCOSIDE (BOG): ...CHLORIDE ION (CL): ASSIGNED BASED ON DIFFERENCE DENSITY AND CHEMICAL SANITY B-OCTYLGLUCOSIDE (BOG): ONLY ASSIGNED WHEN HEADGROUP WAS UNAMBIGUOUSLY VISIBLE IN THE DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
解説: 2 LOW-, 2 MEDIUM- AND 3 HIGH-RESOLUTION DATASETS WERE COLLECTED FROM A SINGLE CRYSTAL.
結晶化pH: 8 / 詳細: 26% PEG600, 100 MM TRIS (PH=8.0), 200 MM CACL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.65
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.65 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.88→64 Å / Num. obs: 252057 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 0.88→0.93 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W2E

2w2e


解像度: 0.88→60.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.985 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.98 / SU B: 0.206 / SU ML: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.009 / ESU R Free: 0.009 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. POLAR HYDROGENS WERE SET TO OCCUPANCY 0 UNLESS THEY WERE OBSERVED IN THE DIFFERENCE DENSITY. HYDROGEN ATOMS FOR WATERS IN THE CHANNEL CAN BE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. POLAR HYDROGENS WERE SET TO OCCUPANCY 0 UNLESS THEY WERE OBSERVED IN THE DIFFERENCE DENSITY. HYDROGEN ATOMS FOR WATERS IN THE CHANNEL CAN BE OBSERVED THROUGH THE DIFFERENCE DENSITY BUT HAVE NOT BEEN MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.10739 2381 0.9 %RANDOM
Rwork0.10325 ---
obs0.10329 249442 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.806 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.88→60.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 63 212 2276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022150
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.9533073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8723.0014902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9215286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.0821.88285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.48515305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0841512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9010.8661105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8730.8641104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0551.3031398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6921.1211138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.42334393
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.2650.552
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.0060.54475
LS精密化 シェル解像度: 0.8846→0.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 53 -
Rwork0.248 18437 -
obs--99.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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