PDB-3zoi: ISOPENICILLIN N SYNTHASE WITH AC-O-METHYL-D-THREONINE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zoi

タイトル

ISOPENICILLIN N SYNTHASE WITH AC-O-METHYL-D-THREONINE

要素

ISOPENICILLIN N SYNTHASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / B-LACTAM ANTIBIOTIC / OXYGENASE / PENICILLIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Rutledge, P.J. / Clifton, I.J. / Ge, W.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2013
タイトル: The Crystal Structure of an Isopenicillin N Synthase Complex with an Ethereal Substrate Analogue Reveals Water in the Oxygen Binding Site.
著者: Clifton, I.J. / Ge, W. / Adlington, R.M. / Baldwin, J.E. / Rutledge, P.J.

履歴

登録	2013年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2013年6月26日	ID: 2Y86
改定 1.0	2013年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zoi.cif.gz	150.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zoi.ent.gz	120.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zoi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/3zoi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zo/3zoi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bk0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1odn-d 1w04-d 2vbb-d 2bu9-d 1hb1-d 2jb4-d 1odm-d 1w06-d 2vbd-d 2bjs-d 1w3v-d 1hb3-d 2ivj-d 1blz-d 5e2h-3 2ve1-d 1hb2-d 1w3x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ISOPENICILLIN N SYNTHASE

ヘテロ分子

38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.480, 70.790, 100.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ISOPENICILLIN N SYNTHASE 分子量: 37563.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) プラスミド: PJB703 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase

-
非ポリマー , 5種, 240分子

#2: 化合物	ChemComp-M2W / DELTA-(L-ALPHA-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-O-METHYL-D-THREONINE / N-[(S)-5-アミノ-5-カルボキシペンタノイル]-L-Cys-O-メチル-D-Thr-OH 分子量: 379.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₅N₃O₇S
#3: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 1.0M LITHIUM SULPHATE, 76MM TRIS/HCL, PH 8.5, 2.0MM FERROUS SULPHATE, 2.6MG/ML TRIPEPTIDE, 25MG/ML IPNS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→21 Å / Num. obs: 30904 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 21.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.81→1.91 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BK0

1bk0

解像度: 1.82→11.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.802 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20181	1181	3.9 %	RANDOM
R_work	0.16041	-	-	-
obs	0.16211	28870	98.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.05 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→11.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2640	0	52	233	2925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.818	1.95	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.924	3	5839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.456	5	341
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.186	24.898	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.862	15	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.298	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.243	0.2	403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	3252
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.901	1.137	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.9	1.137	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.315	1.702	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.662	1.319	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.817→1.864 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	86	-
R_work	0.316	1960	-
obs	-	-	91.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	37.1978	-15.4897	-33.7788	21.8598	13.7411	33.1313	0.2603	0.7728	0.185	-0.2486	-0.5219	0.8509	0.1337	-1.2353	0.2616	0.1382	-0.0438	-0.0158	0.1983	-0.0848	0.2303	-8.573	42.8091	-6.9513
2	5.184	-3.3866	-1.4077	4.75	0.6252	2.3571	-0.2147	-0.0978	-0.1384	-0.0537	0.1633	0.065	0.1341	-0.0046	0.0514	0.0728	-0.0162	-0.0076	0.0827	-0.0146	0.0435	5.432	27.8385	-15.6845
3	1.8863	-1.1424	-1.0402	5.0661	2.0944	3.5391	-0.0538	0.1183	-0.0599	-0.0843	-0.0285	0.0539	0.0633	-0.0359	0.0823	0.0621	-0.0125	-0.0103	0.0926	0.0152	0.0409	7.6177	34.2151	-20.8103
4	0.295	0.0053	0.2053	0.989	-0.679	0.777	-0.0125	-0.0252	-0.0175	-0.0235	0.0048	0.0151	0.0594	-0.088	0.0077	0.0674	-0.0107	0.0014	0.0631	0.0014	0.0705	4.2614	24.0366	-3.2854
5	2.4174	1.745	2.3945	2.9091	2.3456	5.5889	0.0133	-0.0375	-0.1646	0.0302	0.0126	0.0293	0.1321	-0.2153	-0.0259	0.0635	0.0133	0.0024	0.0557	-0.0024	0.0409	8.9166	24.3007	18.4498
6	6.813	-1.6284	1.1257	4.8382	-0.1865	5.7042	-0.0149	-0.0582	0.3367	0.0747	0.0497	-0.3248	-0.2616	0.2437	-0.0348	0.0533	0.0055	0.0046	0.0888	-0.0105	0.0448	19.3363	34.487	20.3146
7	1.0561	-0.221	-0.8962	0.4976	0.3557	1.345	0.0036	-0.1416	0.0692	0.0353	0.0281	-0.0452	-0.0265	0.0609	-0.0317	0.0589	0.0012	-0.0129	0.0585	-0.006	0.0452	17.5433	31.7837	12.2601
8	3.1689	2.0037	-0.797	2.8851	-0.6982	1.187	0.0278	-0.1429	-0.003	0.1573	-0.0344	-0.1042	-0.0417	0.0172	0.0067	0.0857	0.0098	-0.014	0.1009	-0.0068	0.067	25.4636	27.5153	9.9859
9	0.4158	0.0439	-0.0374	1.3034	-1.3336	2.5718	0.0092	-0.0063	-0.0175	-0.003	0.0132	0.0304	0.0729	0.0414	-0.0223	0.0538	0.0001	-0.0021	0.0513	-0.0093	0.0655	15.0663	25.3096	-4.2577
10	0.3967	-0.3187	1.8133	0.3414	-1.8411	10.0801	-0.0605	0.1666	-0.0372	0.0038	-0.127	-0.0627	-0.0848	0.6195	0.1875	0.0325	-0.0079	0.0585	0.1381	0.015	0.1423	22.558	33.3386	-15.1919
11	5.1055	-5.6386	-3.1997	12.0423	6.104	5.0694	0.0547	0.0773	0.2657	-0.2014	0.0413	-0.4831	0.0955	0.1132	-0.096	0.0596	-0.0033	0.0114	0.0597	0.0234	0.0535	25.1403	29.6393	-2.5971
12	2.3581	-1.0068	-1.0748	1.1449	0.6159	1.2962	-0.0079	-0.0578	-0.0504	0.1331	-0.0263	0.1379	-0.0885	-0.1217	0.0342	0.0615	0.0087	0.0041	0.0617	-0.0074	0.0414	1.3699	32.7409	12.8977
13	1.8391	-0.8648	3.3354	6.3712	-7.3153	13.6598	0.0569	-0.1325	-0.0225	0.3336	0.0492	-0.1313	-0.0989	-0.0922	-0.1061	0.0776	0.0172	0.0114	0.0334	-0.0247	0.0991	-3.6842	47.0959	12.02
14	2.0668	-0.1446	-0.7413	1.367	0.6247	0.7257	0.0841	0.0304	0.1438	-0.06	-0.0811	0.1421	-0.0935	-0.1019	-0.0031	0.0592	0.0083	-0.0125	0.0722	0.0025	0.0537	3.2355	40.8593	-0.3975
15	3.0177	-5.6291	0.4218	20.7276	0.7021	0.5979	0.1524	0.175	-0.1366	-0.5938	-0.2379	0.7087	0.0541	-0.1338	0.0855	0.0552	-0.012	-0.0077	0.1294	-0.0223	0.0727	-4.2991	35.5189	-4.259
16	1.7986	0.9236	-0.4984	1.6346	-0.1699	1.0497	0.0412	0.0769	0.1597	-0.1131	-0.0099	0.0344	-0.1494	-0.0345	-0.0313	0.0656	0.0133	-0.0081	0.0645	0.0158	0.054	11.7732	41.4031	-10.1629
17	0.6283	-0.2303	-0.1809	0.4412	-0.0672	0.6547	0.018	0.0363	0.061	0.0027	-0.0245	0.0078	-0.0445	-0.0359	0.0065	0.064	-0.0036	-0.0086	0.0572	-0.0063	0.0624	8.5142	37.0787	1.8121
18	4.4512	0.9491	5.4259	2.8548	-2.5444	11.8338	-0.1873	0.3053	0.0356	0.0046	0.1031	0.0165	-0.3807	0.3134	0.0842	0.1501	0.0163	0.0031	0.0598	-0.0098	0.0804	19.647	48.4223	-20.1181
19	0.9732	0.1346	1.5375	3.1855	-1.0445	3.3748	-0.0127	0.0932	0.0766	-0.05	-0.1343	-0.2675	-0.1946	0.2367	0.147	0.0915	-0.0075	0.0229	0.0401	0.0034	0.0785	23.8081	46.6058	-5.2589
20	2.7184	0.5293	-0.2846	3.5527	-1.4771	1.4626	-0.0145	0.0513	0.2269	0.0277	0.1125	0.024	-0.3016	0.0468	-0.098	0.1166	-0.0328	0.0015	0.0327	-0.0027	0.0646	13.8722	45.4938	8.8055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	9 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	59 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	72 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	82 - 114
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	115 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	135 - 165
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	166 - 176
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	177 - 182
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	183 - 195
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	196 - 208
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	209 - 239
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	240 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 266
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	267 - 293
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	294 - 305
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	306 - 319
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	320 - 331

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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