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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zn5 | ||||||
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タイトル | VP16, a capsid protein of bacteriophage P23-77 (VP16-virus-derived) | ||||||
![]() | VP16 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Jelly Rolls - #1180 / : / Major capsid protein VP16-like / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / identical protein binding / VP16![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rissanen, I. / Grimes, J.M. / Pawlowski, A. / Mantynen, S. / Harlos, K. / Bamford, J.K.H. / Stuart, D.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Bacteriophage P23-77 Capsid Protein Structures Reveal the Archetype of an Ancient Branch from a Major Virus Lineage. 著者: Rissanen, I. / Grimes, J.M. / Pawlowski, A. / Mantynen, S. / Harlos, K. / Bamford, J.K.H. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 522.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 434.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19127.773 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION SYSTEM, MICROLITER DROPS OF PURIFIED P23-77 VIRION (PROTEIN CONCENTRATION 2.4 MG/ML, SAMPLE BUFFER 20 MM TRIS-HCL PH 7.5, 5 MM MGCL2 AND 150 MM NACL) MIXED 1:1 ...詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION SYSTEM, MICROLITER DROPS OF PURIFIED P23-77 VIRION (PROTEIN CONCENTRATION 2.4 MG/ML, SAMPLE BUFFER 20 MM TRIS-HCL PH 7.5, 5 MM MGCL2 AND 150 MM NACL) MIXED 1:1 WITH SOLUTION CONSISTING OF 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5, 20 MM TRIS-HCL PH 7.5, 5 MM MGCL2, 150 MM NACL AND 25%(W/V) PEG 3350. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.969 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.36→42.16 Å / Num. obs: 54151 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 52.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.36→2.42 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB CODE 3ZMO 解像度: 2.36→42.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9101 / SU R Cruickshank DPI: 0.449 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.472 / SU Rfree Blow DPI: 0.246 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.248 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. RESIDUES 1 AND 171- 173 ARE DISORDERED IN CHAIN A, RESIDUES 1 AND 170-173 ARE DISORDERED IN CHAIN B, ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. RESIDUES 1 AND 171- 173 ARE DISORDERED IN CHAIN A, RESIDUES 1 AND 170-173 ARE DISORDERED IN CHAIN B, RESIDUES 1 AND 169-173 ARE DISORDERED IN CHAINS C AND F, RESIDUES 1, 124- -129 AND 169-173 ARE DISORDERED IN CHAIN D, RESIDUES 1 AND 168-173 ARE DISORDERED IN CHAIN E, RESIDUES 1-3 AND 169- -173 ARE DISORDERED IN CHAIN G, RESIDUES 1, 123-127 AND 169-173 ARE DISORDERED IN CHAIN H.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 52.25 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.308 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.36→42.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.36→2.42 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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