PDB-3zm3: Catalytic domain of human SHP2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zm3

タイトル

Catalytic domain of human SHP2

要素

TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 11

キーワード

HYDROLASE / PTP1B

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / multicellular organismal reproductive process / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals ...negative regulation of cortisol secretion / intestinal epithelial cell migration / microvillus organization / negative regulation of growth hormone secretion / genitalia development / multicellular organismal reproductive process / atrioventricular canal development / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / STAT5 Activation / Netrin mediated repulsion signals / positive regulation of hormone secretion / cerebellar cortex formation / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of ossification / hormone metabolic process / Interleukin-37 signaling / negative regulation of chondrocyte differentiation / Signaling by Leptin / MET activates PTPN11 / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / face morphogenesis / ERBB signaling pathway / Costimulation by the CD28 family / Signal regulatory protein family interactions / peptide hormone receptor binding / platelet formation / megakaryocyte development / negative regulation of type I interferon production / organ growth / triglyceride metabolic process / CTLA4 inhibitory signaling / Platelet sensitization by LDL / Interleukin-20 family signaling / PI-3K cascade:FGFR3 / Interleukin-6 signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / PI-3K cascade:FGFR2 / Prolactin receptor signaling / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / MAPK3 (ERK1) activation / PECAM1 interactions / MAPK1 (ERK2) activation / regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / Bergmann glial cell differentiation / phosphoprotein phosphatase activity / inner ear development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / RET signaling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / PI3K Cascade / PD-1 signaling / regulation of protein-containing complex assembly / ephrin receptor signaling pathway / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / GAB1 signalosome / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / negative regulation of insulin secretion / Regulation of IFNG signaling / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / homeostasis of number of cells within a tissue / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / cellular response to epidermal growth factor stimulus / GPVI-mediated activation cascade / cell adhesion molecule binding / T cell costimulation / FLT3 Signaling / positive regulation of interferon-beta production / hormone-mediated signaling pathway / phosphotyrosine residue binding / protein dephosphorylation / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic cell cycle / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine kinase binding / axonogenesis / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / DNA damage checkpoint signaling / protein tyrosine phosphatase activity / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of glucose import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / insulin receptor binding / Spry regulation of FGF signaling / brain development / epidermal growth factor receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bohm, K. / Schuetz, A. / Roske, Y. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2015
タイトル: Selective Inhibitors of the Protein Tyrosine Phosphatase Shp2 Block Cellular Motility and Growth of Cancer Cells in Vitro and in Vivo.
著者: Grosskopf, S. / Eckert, C. / Arkona, C. / Radetzki, S. / Bohm, K. / Heinemann, U. / Wolber, G. / Von Kries, J. / Birchmeier, W. / Rademann, J.

履歴

登録	2013年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Database references
改定 1.2	2015年5月13日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zm3.cif.gz	127.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zm3.ent.gz	100.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/3zm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zm/3zm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 11

33.2 kDa, 1 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.190, 42.091, 49.386
Angle α, β, γ (deg.)	71.99, 81.09, 75.36
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 11 / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 1D / PTP-1D / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP- ...PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 1D / PTP-1D / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP-2 / SHP2 / SH-PTP3 分子量: 33163.660 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 248-527 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PT7HT (MODIFIED PET) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): SCS1 ROSETTA T1R / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

TYROSINE-PROTEIN PHOSPHATASE NON-RECEPTOR TYPE 11 / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 1D / PTP-1D / PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 2C / PTP-2C / SH-PTP2 / SHP- ...

分子量: 33163.660 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 248-527 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PT7HT (MODIFIED PET) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): SCS1 ROSETTA T1R / 参照: UniProt: Q06124, protein-tyrosine-phosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 16-22% (W/V) PEG3350, 0.1-0.2 M SODIUM CITRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 39749 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / R_merge(I) obs: 0.04 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 50.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B7O

3b7o

解像度: 1.5→19.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 2.755 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 255-262 AND 314-321 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22747	2126	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19056	-	-	-
obs	0.19249	39569	87.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.745 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.14 Å²	-0.14 Å²	-0.22 Å²
2-	-	-0.52 Å²	0.45 Å²
3-	-	-	-0.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2185	0	0	221	2406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.012	1.935	3081
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.133	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.987	23.782	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.248	15	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.027	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.152	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.092	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.549	2	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.126	3	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.65	4.5	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.058	6	879
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	94	-
R_work	0.233	1699	-
obs	-	-	51.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0807	-2.7416	-4.3656	4.371	1.895	8.167	-0.0441	-0.0424	-0.0731	-0.1295	-0.0272	-0.1402	0.0322	0.168	0.0713	0.0632	-0.0125	0.002	0.013	0.0314	0.0289	22.0798	24.9049	48.9359
2	2.8788	0.5279	-0.5188	2.0654	0.1956	3.3565	0.1262	-0.0625	-0.1596	0.0042	-0.0737	-0.2064	0.5343	0.2935	-0.0525	0.1012	0.0569	-0.0271	-0.0003	-0.0113	0.0183	27.5353	18.5125	20.9283
3	0.3033	0.1178	-0.337	0.0514	-0.3319	7.4985	0.0006	0.0174	-0.005	0.0405	-0.0323	-0.0399	0.3478	0.2205	0.0317	0.0882	0.0104	-0.0157	0.0196	-0.0141	0.0103	20.3803	22.5587	7.9809
4	3.0329	-1.944	-1.2257	1.9455	0.4617	3.3715	-0.0381	-0.0639	-0.223	0.1807	0.0726	0.3804	0.1831	-0.4939	-0.0345	0.0434	-0.0288	0.0159	0.0445	0.0078	0.0561	13.6337	26.3646	25.8946
5	6.6016	0.4508	-3.1782	0.8328	0.407	4.8907	-0.0053	0.0191	-0.1097	-0.0179	0.0253	0.0362	0.0936	-0.0106	-0.02	0.0218	0.0075	0.0073	0.0066	0.0132	0.0311	19.5878	29.9379	24.5635
6	7.0883	-0.931	5.9422	7.372	4.5132	8.847	0.0714	0.3163	-0.0659	-0.4124	0.0748	-0.4457	-0.0891	0.6422	-0.1461	0.03	0.0203	0.0488	0.0556	0.0126	0.0463	30.3	32.0171	13.8399
7	1.5783	0.0801	-0.3679	1.7057	0.9636	1.8028	-0.0238	0.0713	-0.0625	-0.1025	-0.0257	0.0623	0.147	-0.0568	0.0495	0.039	-0.0034	-0.0039	0.0217	0.0052	0.0237	16.6412	33.6912	15.0871
8	9.3813	-1.159	-1.2321	0.3405	0.4293	1.3685	-0.0622	-0.3327	-0.0632	-0.0441	0.0276	-0.1806	-0.0045	0.2749	0.0347	-0.0075	-0.0016	0.0034	0.0535	0.0185	0.0541	33.0009	38.7144	26.4561
9	1.6981	-1.8926	0.5534	5.2163	-1.5899	1.7795	0.0285	0.0235	0.0958	-0.0604	-0.0808	-0.2021	-0.157	0.2153	0.0523	0.0159	-0.029	0.0116	0.066	0.0109	0.0398	27.6573	42.6197	17.2808
10	1.9005	-2.3498	-1.3243	24.6867	10.5429	12.2734	0.1367	0.0781	-0.0998	-0.138	-0.3148	-0.3682	-0.0848	0.0675	0.1781	0.0153	-0.0181	0.0369	0.0389	0.0331	0.0398	22.7433	47.6007	8.5652
11	0.5624	-0.1205	0.1295	3.2449	0.3212	2.838	-0.0081	0.0203	0.0261	-0.0347	-0.0212	-0.0345	-0.2875	-0.0021	0.0292	0.0413	-0.0166	0.0074	0.0326	0.0123	0.0619	20.4766	46.6415	18.0167
12	4.9532	-0.3446	-0.6532	7.9554	-0.4915	7.1956	0.1049	0.6077	-0.1081	-0.8423	-0.2717	0.4179	0.4363	-0.5114	0.1668	0.0692	0.0006	-0.0219	0.0687	-0.0076	-0.0061	14.4273	40.1634	7.4443
13	1.9164	-0.2473	1.0088	2.93	-0.3693	4.09	-0.0654	0.2258	0.0446	-0.0689	0.0101	0.0519	-0.18	0.0667	0.0554	0.008	0.0077	0.0211	0.0281	0.0088	0.0457	18.4978	42.942	21.6466
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15	4.9588	-0.359	4.1606	1.6232	-0.0224	5.825	-0.1233	-0.1826	0.1338	0.0311	0.0534	0.0801	-0.1632	-0.3359	0.0699	0.0314	0.0151	0.0066	0.0217	0.0125	0.0157	15.1494	43.1515	34.737
16	0.8713	-0.3778	0.2172	0.7139	-0.2175	1.459	-0.0039	0.0009	0.0032	0.0182	0.0386	0.0892	-0.0021	-0.1116	-0.0347	0.0175	-0.0118	0.0037	0.0218	0.0069	0.0359	15.7597	34.4529	29.8977
17	5.5605	4.0664	-3.4953	9.9287	-5.819	10.8024	-0.0509	-0.2936	-0.0557	0.1587	0.1053	0.1697	0.3427	-0.3773	-0.0544	-0.0268	0.0567	0.0608	0.1264	0.0439	0.0371	5.2136	33.7002	43.6713
18	1.6298	-0.1893	-0.6613	1.3328	0.4354	6.6778	-0.0353	-0.1883	-0.0118	0.0777	0.0673	0.1753	0.1901	-0.3742	-0.032	0.0467	-0.0075	-0.0059	0.0101	0.0167	0.0283	17.0852	22.8647	37.7215
19	9.5292	3.9157	2.7116	6.9992	3.5999	6.4581	-0.0784	0.2201	-0.1816	0.1088	0.2065	-0.1796	0.2127	0.3776	-0.1281	0.0474	0.0055	0.0005	0.0054	0.0109	0.0118	27.6574	27.8739	38.3167
20	4.8354	-1.4795	-0.2418	3.8547	-0.6197	2.4676	-0.0893	-0.2648	0.2466	0.2959	0.1215	0.1714	-0.1692	-0.2774	-0.0322	0.0512	0.0197	0.0121	0.046	-0.0058	0.0051	17.6012	37.0427	45.6963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	244 - 254
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	255 - 288
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	289 - 303
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	304 - 325
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	326 - 332
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	333 - 338
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	339 - 353
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	354 - 365
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	366 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	375 - 379
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	380 - 400
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	401 - 408
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	409 - 423
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	424 - 431
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	432 - 444
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	445 - 478
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	479 - 486
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	487 - 502
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	503 - 510
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	511 - 525

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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