PDB-3zlf: Structure of group A Streptococcal enolase K312A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zlf

タイトル

Structure of group A Streptococcal enolase K312A mutant

要素

ENOLASE

キーワード

LYASE / PLASMINOGEN-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / magnesium ion binding / cell surface / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PYOGENES MGAS10394 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Cork, A.J. / Ericsson, D.J. / Law, R.H.P. / Casey, L.W. / Valkov, E. / Bertozzi, C. / Stamp, A. / Aquilina, J.A. / Whisstock, J.C. / Walker, M.J. / Kobe, B.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Stability of the Octameric Structure Affects Plasminogen-Binding Capacity of Streptococcal Enolase.
著者: Cork, A.J. / Ericsson, D.J. / Law, R.H.P. / Casey, L.W. / Valkov, E. / Bertozzi, C. / Stamp, A. / Jovcevski, B. / Aquilina, J.A. / Whisstock, J.C. / Walker, M.J. / Kobe, B.

履歴

登録	2013年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月8日	Group: Database references
改定 2.0	2023年12月20日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zlf.cif.gz	934.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zlf.ent.gz	796.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zlf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3zlf_validation.pdf.gz	476.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zlf_full_validation.pdf.gz	492.5 KB	表示
XML形式データ	3zlf_validation.xml.gz	64.3 KB	表示
CIF形式データ	3zlf_validation.cif.gz	89.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zlf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zlf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3zlgC 3zlhC 1w6tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2pu1-d 7enl-d 3zlh-4 3n4l-2 6nxg-3 5v0x-2 6c1w-2 6eqm-d 1oep-d 3hfy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: ENOLASE

B: ENOLASE

C: ENOLASE

D: ENOLASE

ヘテロ分子

199 kDa, 4 ポリマー
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1

A: ENOLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: ENOLASE

ヘテロ分子

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3

C: ENOLASE

ヘテロ分子

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4

D: ENOLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	181.620, 181.620, 56.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:433 ) AND (NOT ELEMENT H) AND (NOT ELEMENT D)
2	1	1	CHAIN C AND NOT (RESSEQ 39:46 OR RESSEQ 154:155 OR...
3	1	1	CHAIN D AND NOT (RESSEQ 39:66 OR RESSEQ 154:156 OR...

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.02659, 0.9993, -0.02579), (0.9992, -0.02737, -0.03059), (-0.03128, -0.02496, -0.9992)	-2.196, 2.184, 3.992
2	given	(-0.4979, -0.8669, 0.02228), (-0.8671, 0.4982, 0.005963), (-0.01627, -0.01635, -0.9997)	91.22, 90.87, -23.57
3	given	(-0.8757, 0.4822, 0.02406), (-0.4822, -0.876, 0.006425), (0.02418, -0.005978, 0.9997)	91.35, 90.95, 23.41

#1: タンパク質	ENOLASE / 2-PHOSPHO-D-GLYCERATE HYDRO-LYASE / 2-PHOSPHOGLYCERATE DEHYDRATASE 分子量: 49518.465 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES MGAS10394 (化膿レンサ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5XD01, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 1-3.5 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 5-7.5), 2% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979459
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979459 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.14
反射	解像度: 2.15→90.81 Å / Num. obs: 100879 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.24 / Net I/σ(I): 10.64
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W6T

1w6t

解像度: 2.15→90.81 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1991	5064	5 %
R_work	0.1725	-	-
obs	0.1763	100879	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→90.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13302	0	40	577	13919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	13549
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.866	18325
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.371	4949
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2047
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2402

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2891	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	2891	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
1	3	D	2672	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.1871	0.2574	260	0.2466	4753	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1871-2.2269	0.2721	247	0.238	4778	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2269-2.2697	0.2729	268	0.2336	4730	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2697-2.316	0.2725	242	0.2283	4744	X-RAY DIFFRACTION	95
2.316-2.3664	0.257	258	0.2182	4745	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3664-2.4214	0.2408	245	0.2147	4752	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4214-2.482	0.26	254	0.2069	4788	X-RAY DIFFRACTION	95
2.482-2.5491	0.2285	257	0.2078	4747	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5491-2.6241	0.2253	241	0.1998	4752	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6241-2.7088	0.231	260	0.1985	4791	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7088-2.8057	0.2089	257	0.1929	4756	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8057-2.918	0.2218	231	0.1895	4778	X-RAY DIFFRACTION	95
2.918-3.0508	0.2353	237	0.1886	4789	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0508-3.2117	0.2289	256	0.1892	4774	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2117-3.4129	0.2303	230	0.1765	4834	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4129-3.6764	0.1826	269	0.1604	4782	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6764-4.0464	0.1636	251	0.1429	4847	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0464-4.6319	0.1509	238	0.1298	4830	X-RAY DIFFRACTION	95
4.6319-5.8355	0.1506	271	0.1352	4848	X-RAY DIFFRACTION	95
5.8355-90.8911	0.1552	292	0.1519	4995	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2233	-0.0047	-0.1937	0.5751	-0.0044	0.2	-0.004	0.0606	0.0475	0.2629	0.0061	-0.0967	-0.073	0.0058	0.0143	0.2379	-0.0039	-0.0166	0.1268	0.0053	0.1113	60.4598	83.9754	16.4511
2	0.0666	-0.0122	-0.0228	0.4745	-0.0129	0.291	0.0012	0.0763	-0.0943	-0.1231	0.0057	0.1251	-0.043	0.0419	-0.0012	0.1944	0.0106	-0.0509	0.1519	0.0062	0.2627	47.1456	78.9782	-6.0081
3	0.32	0.0787	0.1244	0.3583	0.0291	0.0446	0.0395	0.0294	-0.0332	-0.0554	0.0231	0.4874	-0.0753	0.0119	-0.001	0.2028	0.0041	-0.0129	0.2139	0.0042	0.4626	31.094	72.5329	0.6135
4	0.1037	-0.1689	-0.0192	0.3998	-0.1063	0.0867	0.0024	0.0364	-0.0903	-0.0651	-0.0003	0.1468	-0.066	0.0801	-0.0118	0.1617	-0.002	-0.0097	0.1563	-0.0082	0.2395	48.9188	68.9273	1.454
5	0.5961	-0.0317	-0.0407	0.0674	0.0826	0.0731	0.0451	0.3289	0.0831	-0.0208	-0.0155	-0.0446	-0.0006	-0.03	-0.0015	0.2076	0.0156	-0.0141	0.3149	-0.0039	0.1526	83.3154	60.5501	-16.5939
6	0.5272	0.0678	0.029	0.0644	-0.0317	0.0104	0.016	-0.0386	-0.0762	0.0763	-0.0333	-0.0241	-0.0437	0.0692	-0.0005	0.2086	0.0086	0.0083	0.2263	-0.0027	0.2038	78.2953	47.4659	6.2612
7	0.273	0.0942	0.059	0.2352	-0.1269	0.1097	0.0114	-0.0236	-0.2775	0.0275	-0.1047	0.022	0.0707	0.0474	-0.005	0.2617	-0.0013	-0.0016	0.2007	-0.0394	0.4267	70.8424	30.9305	0.661
8	0.4223	0.0381	0.057	0.1801	0.1168	0.0489	0.0065	0.0519	-0.0443	0.0182	-0.0085	0.021	-0.1231	0.0143	0.0009	0.1723	0.0133	-0.0132	0.2214	-0.0181	0.1864	68.2941	49.1947	-1.0703
9	0.377	-0.1986	0.0157	0.227	-0.125	0.094	0.0317	0.0735	-0.0714	0.0466	0.0041	0.046	-0.0518	0.0529	0.0266	0.1761	-0.0111	-0.0082	0.2015	-0.0061	0.0483	20.6614	22.586	-40.7455
10	0.0838	-0.0107	-0.0076	0.0195	-0.0257	0.0935	0.1136	-0.0879	-0.0152	0.077	-0.0992	0.0815	0.0146	-0.0049	0.0062	0.2222	-0.0142	0.0069	0.2348	-0.0055	0.1517	28.6849	23.344	-22.8689
11	0.2472	-0.1062	-0.1186	0.1779	0.0328	0.1668	-0.0609	-0.1972	0.0003	-0.0129	-0.0047	0.0532	0.0008	0.0488	-0.0683	0.2253	-0.0262	-0.0288	0.2289	-0.0168	0.1293	34.9754	39.8716	-14.3679
12	0.1273	0.0641	-0.0197	0.1478	0.083	0.077	-0.0719	0.0423	0.0753	-0.0269	0.0848	-0.0364	-0.0563	0.0684	-0	0.2843	-0.0617	0.0018	0.2932	0.006	0.1972	45.4294	42.565	-25.6315
13	0.1649	-0.1083	-0.0602	0.0848	0.0153	0.0525	-0.019	-0.0201	0.0327	0.0444	0.0117	-0.0543	0.0037	-0.046	-0.0402	0.1697	-0.0339	-0.0069	0.1937	-0.0069	0.1072	39.6191	25.3623	-26.1835
14	0.0862	0.2113	-0.0491	0.4777	-0.1087	0.1052	0.0393	-0.0228	0.0669	0.1414	-0.0438	0.0333	0.0177	0.042	0.0029	0.2633	-0.0022	-0.0075	0.2463	-0.0039	0.1394	30.1986	-8.7729	-7.7662
15	0.0668	0.0852	-0.062	0.1066	-0.0948	0.0896	-0.0003	-0.0102	-0.0012	0.0549	-0.0222	-0.128	0.0322	0.0223	-0	0.2165	0.015	-0.0003	0.2278	0.0132	0.2163	36.9072	-5.1891	-25.7523
16	0.0576	0.0495	-0.0833	1.2216	0.166	0.1199	-0.005	-0.0195	0.0493	0.1046	0.01	-0.3394	0.0168	0.0599	0.0005	0.1749	0.0137	-0.0262	0.2616	0.0173	0.2197	51.6142	-6.677	-25.1531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 0 THROUGH 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 120 THROUGH 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 200 THROUGH 279 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 280 THROUGH 435 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 0 THROUGH 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 120 THROUGH 199 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 200 THROUGH 279 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 280 THROUGH 433 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESID 0 THROUGH 119 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESID 120 THROUGH 159 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESID 160 THROUGH 199 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 200 THROUGH 279 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 280 THROUGH 434 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESID 0 THROUGH 119 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESID 120 THROUGH 159 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESID 160 THROUGH 433 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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