PDB-3zl9: Crystal structure of the nucleocapsid protein from Schmallenberg virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zl9

タイトル

Crystal structure of the nucleocapsid protein from Schmallenberg virus

要素

NUCLEOCAPSID PROTEIN

キーワード

VIRAL PROTEIN / ORTHOBUNYAVIRUS / NUCLEOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SCHMALLENBERG VIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Ariza, A. / Tanner, S.J. / Walter, C.T. / Dent, K.C. / Shepherd, D.A. / Wu, W. / Matthews, S.V. / Hiscox, J.A. / Green, T.J. / Luo, M. ...

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Nucleocapsid Protein Structures from Orthobunyaviruses Reveal Insight Into Ribonucleoprotein Architecture and RNA Polymerization.
著者: Ariza, A. / Tanner, S.J. / Walter, C.T. / Dent, K.C. / Shepherd, D.A. / Wu, W. / Matthews, S.V. / Hiscox, J.A. / Green, T.J. / Luo, M. / Elliott, R.M. / Fooks, A.R. / Ashcroft, A.E. / ...

履歴

登録	2013年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zl9.cif.gz	362.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zl9.ent.gz	302.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zl9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zl9_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zl9_full_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示
XML形式データ	3zl9_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	3zl9_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zl9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zl9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zlaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ca9-d 4llw-d 10337 1130 1bk4-1 1nbh-d 5fra-d 7jms-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NUCLEOCAPSID PROTEIN

B: NUCLEOCAPSID PROTEIN

C: NUCLEOCAPSID PROTEIN

D: NUCLEOCAPSID PROTEIN

105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.030, 81.030, 128.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 233 / Label seq-ID: 4 - 234

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	NUCLEOCAPSID PROTEIN 分子量: 26295.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SCHMALLENBERG VIRUS (ウイルス) 解説: CODON-OPTIMISED CDNA ENCODING THE SBV NUCLEOCAPSID PROTEIN WAS CHEMICALLY SYNTHESISED (DUNDEE CELL PRODUCTS). Variant: BH80/11-1 ISOLATE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: H2AM13
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE INITIAL AMINO ACID (S)IS THE REMNANT OF CUTTING AN N- TERMINAL 6-HIS-SUMO TAG OFF BY USING U1P ...THE INITIAL AMINO ACID (S)IS THE REMNANT OF CUTTING AN N- TERMINAL 6-HIS-SUMO TAG OFF BY USING U1P SUMO PROTEASE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.88 % 解説: THE MOLECULAR REPLACEMENT MODEL CAME FROM A LOWER RESOLUTION STRUCTURE SOLVED VIA SAD FROM A CRYSTAL OF SELENOMETHIONINE-SUBSTITUTED SBV NUCLEOCAPSID PROTEIN.
結晶化	pH: 8 詳細: CRYSTALLISATION CONDITION: 17% PEG10000, 100 MM BIS-TRIS PH 5.5, 100 MM AMMONIUM ACETATE. CRYO CONDITION: 20% GLYCEROL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9464

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月28日 / 詳細: MIRORS

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9464 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.652
1	1	-h,-k,l	2	0.348

反射

解像度: 3.2→61.59 Å / Num. obs: 24459 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.7

反射シェル

解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SBV NUCLEOCAPSID PROTEIN

解像度: 2.75→61.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 18.302 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20129	1219	5 %	RANDOM
R_work	0.16411	-	-	-
obs	0.16601	23228	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.448 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.9 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.9 Å²	0 Å²
3-	-	-	17.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→61.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7158	0	0	24	7182

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	7344
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	7006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.291	1.933	9937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	16053
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.994	5	895
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.374	24.096	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.083	15	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.431	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13049	0.06
1	2	B	13049	0.06
2	1	A	13243	0.07
2	2	C	13243	0.07
3	1	A	13083	0.06
3	2	D	13083	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.822 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	96	-
R_work	0.213	1686	-
obs	-	-	99.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	29.018	-12.4021	13.9984	14.3917	-7.8162	8.5185	-1.3077	-1.4328	0.7959	0.4898	0.8012	-0.0154	-0.714	-1.5548	0.5065	0.5482	0.1977	0.063	0.5755	-0.139	0.3052	-9.828	-3.98	117.583
2	2.4514	-0.3605	0.2975	2.5293	0.6076	0.6453	0.0848	-0.1413	0.2087	-0.0446	-0.0803	-0.2154	0.0667	0.0276	-0.0045	0.1565	0.0167	-0.0147	0.1801	0.0482	0.1515	-11.882	24.284	101.328
3	5.9165	5.308	-8.4679	21.6951	-1.827	14.6612	0.3272	0.2604	0.7181	0.1415	0.4823	1.401	-0.1131	-0.6119	-0.8095	0.413	-0.0195	-0.0968	0.5904	-0.0163	0.1992	15.45	26.903	85.589
4	9.2736	-0.9482	-0.4114	0.099	-0.1043	23.9408	-0.3449	0.7539	-0.4443	0.0131	-0.1344	0.0425	0.9425	-1.9115	0.4793	0.4639	0.0599	-0.0341	0.6701	0.13	0.3955	36.223	-17.069	119.218
5	2.1025	-0.1881	-0.1665	1.8996	-0.1859	1.8864	0.1002	0.0425	0.2249	-0.0638	0.0196	-0.1105	-0.126	0.0607	-0.1198	0.2289	0.0968	-0.0455	0.1527	-0.0145	0.1291	0.863	-16.303	103.719
6	14.0351	4.904	8.5162	2.6555	3.6262	5.6178	0.2406	0.6557	-1.3985	-0.4197	0.3009	-0.0715	-0.1878	0.4296	-0.5415	0.7484	0.0012	0.0445	0.3737	0.0197	0.5042	-9.413	7.566	85.605
7	2.7097	-5.4205	-2.9723	12.2687	10.125	15.5326	-0.3865	-0.2805	0.3283	0.4054	0.8138	-0.6499	-0.2548	1.3065	-0.4273	0.9974	0.2288	-0.0218	0.7557	0.1951	0.5375	38.499	13.769	117.674
8	1.5206	-0.0189	-0.3234	3.1081	-0.9514	1.8229	-0.2248	-0.1789	-0.3922	0.1348	0.0448	-0.5072	-0.042	-0.0751	0.18	0.2437	0.0007	-0.0292	0.2141	0.0534	0.2118	43.665	-11.633	99.05
9	15.3533	-1.7554	-1.3846	6.7153	1.7189	0.499	0.2595	1.4758	1.1371	-0.0429	0.1471	-1.3247	-0.0393	-0.0534	-0.4066	0.5227	0.1678	0.1489	0.3811	0.1487	0.3577	16.336	-14.434	86.841
10	9.103	9.5061	-0.2113	38.3549	1.4782	10.4895	0.6012	0.3651	0.3263	0.6694	0.2569	-0.4303	-1.6638	0.5674	-0.8581	0.5588	0.1278	-0.1529	0.7342	-0.0073	0.5689	-2.86	31.295	119.914
11	1.0743	-0.3807	-0.4276	2.3235	0.2078	1.3683	0.001	0.0455	0.0073	-0.1652	0.0294	0.1055	0.0005	-0.2079	-0.0304	0.2293	0.0259	-0.024	0.251	-0.0166	0.0759	31.315	26.67	102.239
12	7.5576	-3.9199	-1.1116	3.4922	-1.7325	3.8218	-0.1652	-0.1911	0.1314	0.1499	0.1753	-0.0586	-0.0207	-0.0483	-0.0101	0.4156	-0.0861	0.0144	0.2187	-0.0209	0.1027	40.284	3.687	82.354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 12
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	17 - 213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	214 - 233
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	5 - 16
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	17 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	214 - 233
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	5 - 11
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	17 - 213
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	214 - 233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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