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- PDB-3ziz: Crystal structure of Podospora anserina GH5 beta-(1,4)-mannanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ziz
タイトルCrystal structure of Podospora anserina GH5 beta-(1,4)-mannanase
要素GH5 ENDO-BETA-1,4-MANNANASE
キーワードHYDROLASE / MANNANASE / GLYCOSYL HYDROLASE / CAZY
機能・相同性
機能・相同性情報


mannan catabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mannan endo-1,4-beta-mannosidase-like / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannan endo-1,4-beta-mannosidase A / Mannan endo-1,4-beta-mannosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種PODOSPORA ANSERINA (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Couturier, M. / Roussel, A. / Rosengren, A. / Leone, P. / Stalbrand, H. / Berrin, J.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structural and Biochemical Analyses of Glycoside Hydrolase Families 5 and 26 Beta-(1,4)-Mannanases from Podospora Anserina Reveal Differences Upon Manno-Oligosaccharides Catalysis.
著者: Couturier, M. / Roussel, A. / Rosengren, A. / Leone, P. / Stalbrand, H. / Berrin, J.G.
履歴
登録2013年1月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH5 ENDO-BETA-1,4-MANNANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7113
ポリマ－42,4971
非ポリマー2142
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.870, 57.900, 97.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GH5 ENDO-BETA-1,4-MANNANASE / BETA-1 / 4-MANNANASE


分子量: 42496.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PODOSPORA ANSERINA (菌類) / 株: S MAT / プラスミド: PPICZAA / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33
参照: UniProt: E2GHW1, UniProt: B2B3C0*PLUS, mannan endo-1,4-beta-mannosidase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: TRIS 0.1M PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97914
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. obs: 62519 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 10.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QNO

1qno


解像度: 1.4→28.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9657 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9576 / SU R Cruickshank DPI: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Blow DPI: 0.057 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.055
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=3118. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=3118. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=75.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1718 3167 5.07 %RANDOM
Rwork0.1499 ---
obs0.151 62421 97.01 %-
原子変位パラメータBiso mean: 13.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.3471 Å20 Å20 Å2
2--0.864 Å20 Å2
3----0.5169 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.126 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→28.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2725 0 14 434 3173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012840HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.023869HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d949SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes72HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes424HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2840HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd7SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion355SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3686SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2526 228 5.13 %
Rwork0.1993 4214 -
all0.2019 4442 -
obs--97.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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