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- PDB-3zin: Gu_alpha_helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zin
タイトルGu_alpha_helicase
要素
  • IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-2
  • NUCLEOLAR RNA HELICASE 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 7SK snRNA binding / R-loop processing / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / B-WICH complex / NLS-dependent protein nuclear import complex ...B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 7SK snRNA binding / R-loop processing / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / B-WICH complex / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / miRNA binding / nuclear import signal receptor activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / snoRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / response to exogenous dsRNA / response to virus / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / double-stranded RNA binding / host cell / DNA-binding transcription factor binding / defense response to virus / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA helicase activity / postsynaptic density / rRNA binding / RNA helicase / chromatin remodeling / innate immune response / nucleolus / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
GUCT / GUCT (NUC152) domain / : / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. ...GUCT / GUCT (NUC152) domain / : / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA-binding domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit alpha-1 / Nucleolar RNA helicase 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chang, C.-W. / Counago, R.M. / Williams, S.J. / Kobe, B.
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2013
タイトル: Distinctive Conformation of Minor Site-Specific Nuclear Localization Signals Bound to Importin-Alpha
著者: Chang, C.-W. / Counago, R.M. / Williams, S.J. / Boden, M. / Kobe, B.
履歴
登録2013年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-2
B: NUCLEOLAR RNA HELICASE 2
C: NUCLEOLAR RNA HELICASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0483
ポリマ－53,0483
非ポリマー00
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-0.3 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.094, 90.262, 100.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 IMPORTIN SUBUNIT ALPHA-2 / IMPORTIN ALPHA P1 / KARYOPHERIN SUBUNIT ALPHA-2 / PENDULIN / PORE TARGETING COMPLEX 58 KDA SUBUNIT ...IMPORTIN ALPHA P1 / KARYOPHERIN SUBUNIT ALPHA-2 / PENDULIN / PORE TARGETING COMPLEX 58 KDA SUBUNIT / PTAC58 / RAG COHORT PROTEIN 1 / SRP1-ALPHA / IMPORTIN ALPHA_IBB


分子量: 49872.836 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 72-496 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET30A_MIMPALPHA_DIBB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド NUCLEOLAR RNA HELICASE 2 / DEAD BOX PROTEIN 21 / GU-ALPHA / NUCLEOLAR RNA HELICASE GU / NUCLEOLAR RNA HELICASE II / RH II/GU


分子量: 1587.782 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 839-851 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET30A_MIMPALPHA_DIBB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JIK5, RNA helicase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.8 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES BUFFER (PH 6.5) AND 10 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536
検出器日付: 2012年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.83 Å / Num. obs: 49123 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 33.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 14.55 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IAL

1ial


解像度: 2→19.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9521 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9417 / SU R Cruickshank DPI: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.107
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1985 2488 5.07 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.1799 49062 99.46 %-
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3573 Å20 Å20 Å2
2--4.0398 Å20 Å2
3----4.3971 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3398 0 0 188 3586
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013457HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.944698HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1614SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes90HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes490HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3457HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion478SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4282SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2392 171 5.12 %
Rwork0.1834 3168 -
all0.1862 3339 -
obs--99.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9127-0.19720.63225.9587-1.93413.63410.160.0473-0.1458-0.4605-0.0493-0.17590.17490.2758-0.1107-0.02750.0254-0.0523-0.0903-0.0082-0.103-5.4991-8.246315.5457
21.40970.28490.33891.8487-0.53560.6470.0968-0.03960.05560.1659-0.0295-0.01220.02290.0225-0.0673-0.0074-0.0133-0.0066-0.0368-0.0098-0.0506-4.737814.843616.6464
31.11820.5823-0.69012.7324-1.47382.45630.16560.05930.19650.1272-0.0690.0954-0.11670.0667-0.0966-0.0766-0.01110.0505-0.08210.0158-0.01413.615128.83976.1203
41.78950.4137-0.95382.3963-0.731.97220.0310.61770.252-0.42910.17750.3727-0.0082-0.4488-0.2085-0.13780.0052-0.0370.00420.1336-0.11298.681637.5397-19.0085
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|72 - 156}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|157 - 262}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|263 - 329}
4X-RAY DIFFRACTION4{A|330 - 497}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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