PDB-3zh5: The structure of Haemophilus influenzae protein E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zh5

タイトル

The structure of Haemophilus influenzae protein E

要素

PROTEIN E

キーワード

CELL ADHESION

機能・相同性

Surface-adhesin protein E / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Singh, B. / Al-Jubair, T. / Riesbeck, K. / Thunnissen, M.M.G.M.

引用

ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2013
タイトル: The Unique Structure of Haemophilus Influenzae Protein E Reveals Multiple Binding Sites for Host Factors.
著者: Singh, B. / Al-Jubair, T. / Morgelin, M. / Thunnissen, M.M. / Riesbeck, K.

履歴

登録	2012年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2013年5月15日	Group: Other
改定 2.0	2018年1月17日	Group: Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / diffrn_source Item: _atom_site_anisotrop.id / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zh5.cif.gz	168 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zh5.ent.gz	144.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zh5_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zh5_full_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示
XML形式データ	3zh5_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	3zh5_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zh5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zh6C 3zh7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g5d-1 6cyr-d 2xh3-1 1zv9-d 6cyo-d 3bt5-d 3zh6-1 6unt-d 1z3d-d 6v4b-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN E

B: PROTEIN E

ヘテロ分子

31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROTEIN E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PROTEIN E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.187, 57.258, 61.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9995, 0.0064, 0.0293), (-0.0069, -0.9998, -0.0169), (0.0292, -0.0171, 0.9994)
ベクター: 21.9732, 0.381, -0.3057)

#1: タンパク質	PROTEIN E 分子量: 15543.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4F5U7
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: STRUCTURE WAS SOLVED WITH SE_MET FORM
結晶化	詳細: 100 MM SPG BUFFER PH 6.0, 25% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 1500.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→29 Å / Num. obs: 115628 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.34
反射シェル	最高解像度: 1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.801→26.93 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	1426	5.1 %
R_work	0.2007	-	-
obs	0.2023	28179	99.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.935 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.7973 Å²	0 Å²	-0.716 Å²
2-	-	-14.2482 Å²	0 Å²
3-	-	-	19.0455 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→26.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2158	0	26	127	2311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2236
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.419	3026
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.803	825
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8007-1.8651	0.3891	155	0.3582	2552	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8651-1.9397	0.2829	152	0.2689	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9397-2.028	0.2439	123	0.2343	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.028-2.1349	0.2356	137	0.1989	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1349-2.2685	0.2463	132	0.194	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2685-2.4436	0.2243	136	0.1968	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4436-2.6893	0.2379	134	0.2103	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6893-3.078	0.2294	144	0.2024	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.078-3.8761	0.2257	157	0.1929	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8761-26.9332	0.2048	156	0.1781	2733	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1201	-0.2273	2.8554	6.485	-0.5289	2.9147	0.7387	-0.9678	0.0023	1.4506	-0.3904	0.4879	0.4308	0.1205	-0.2119	0.6368	-0.1399	0.0594	0.4123	-0.0027	0.5552	5.5479	-21.5958	14.959
2	3.6251	-2.0837	2.6814	7.8743	-6.4735	8.1694	0.1032	0.025	0.1671	0.0525	0.0086	0.7577	0.0967	-0.068	-0.0668	0.1637	-0.0277	-0.0077	0.1823	-0.0524	0.3156	3.7345	-8.4538	3.947
3	1.0265	0.6163	-0.0697	1.1951	-0.0048	0.6792	0.4485	-0.5855	0.1718	1.4369	-0.0314	-0.5637	0.316	0.3861	-0.452	1.4849	-0.1606	-0.3899	0.4325	-0.1454	0.4809	15.9281	-15.2418	24.7365
4	4.0323	0.7578	-0.259	4.6354	-1.5182	5.2393	0.1562	-0.1586	0.2023	0.6472	-0.1458	0.3909	0.2756	0.018	-0.0256	0.2515	-0.028	0.0136	0.1383	-0.0386	0.2004	9.8076	-9.2292	7.8014
5	1.6445	-1.8965	0.7635	2.3276	-1.8929	7.82	0.2115	-0.7662	0.4252	1.2302	-0.6026	-0.1868	-0.4396	1.1972	0.161	0.6036	-0.1537	-0.011	0.4237	-0.1102	0.2923	16.2105	-5.0228	15.8783
6	5.3569	1.3828	-0.4014	1.6604	0.5342	0.7907	0.0202	0.5602	-1.0832	0.0067	-0.0471	0.5299	0.2952	-0.0893	0.074	0.2728	-0.0086	-0.0637	0.246	-0.043	0.574	8.5641	-15.365	-3.1757
7	3.9491	-4.1868	-1.5044	9.6312	-2.7943	4.3419	0.2449	1.7154	-0.886	-2.257	-0.4177	0.8298	1.1117	-2.0853	-0.0346	0.8066	-0.1262	-0.3786	0.8477	-0.163	1.0794	-1.9381	-10.5974	-9.0034
8	2.3824	-0.674	-3.4516	3.8748	2.4984	5.9653	0.2876	-0.5123	0.2124	1.5293	-0.1622	0.0955	-0.6236	-0.2584	-0.2276	0.7369	-0.039	0.0203	0.3706	0.0051	0.4625	16.3512	22.112	14.949
9	3.2049	-2.3206	-1.282	8.3277	6.2166	6.8437	0.0007	0.0739	-0.187	0.0395	0.1305	-0.8393	-0.0662	0.2287	-0.1341	0.1788	-0.0354	0.0055	0.2035	0.0415	0.4007	20.2398	5.8412	1.7442
10	3.7036	0.2921	-0.0364	2.7302	0.0893	2.7026	0.1718	-0.4906	-0.1113	0.9158	-0.0667	0.0908	-0.6407	-0.0905	0.0333	0.5271	-0.0232	0.0924	0.2225	0.0461	0.1928	11.1675	11.6255	12.9308
11	4.5286	1.3768	1.3744	2.8713	1.1063	8.6453	0.2147	-0.5238	-0.5212	1.0294	-0.3198	-0.0727	-0.1583	-0.3835	0.0531	0.479	-0.05	0.0151	0.1863	0.0784	0.3033	9.6551	8.0724	13.9928
12	4.3134	2.4467	-0.1404	5.5182	-1.7119	1.4769	-0.0546	0.5494	1.2556	0.1509	0.1332	0.0632	-0.4794	-0.1563	-0.0734	0.2895	0.0154	0.0481	0.2499	0.0556	0.5363	13.4639	15.599	-3.1098
13	7.4518	-4.2415	-3.3546	1.9948	-6.0409	7.5851	1.0048	1.2977	0.8044	-3.1606	-1.345	-1.1114	-1.0976	-0.487	0.1999	0.9718	0.1683	0.3953	0.6898	0.0944	0.8456	24.7592	10.9764	-8.6388

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 26:45)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 46:73)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 74:89)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 90:117)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 118:129)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 130:150)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 151:158)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 25:48)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 49:64)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 65:102)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 103:129)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 130:150)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 151:156)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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