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万見
- PDB-6cyr: Crystal structure of the UBE2A variant Q93E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cyr
タイトルCrystal structure of the UBE2A variant Q93E
要素Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A
キーワードLIGASE / TRANSFERASE / Ubiquitin-Conjungating enzyme E2 A / Q93E variant
機能・相同性
機能・相同性情報


HULC complex / positive regulation of mitophagy / protein K11-linked ubiquitination / DNA damage tolerance / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / response to UV / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ubiquitin binding ...HULC complex / positive regulation of mitophagy / protein K11-linked ubiquitination / DNA damage tolerance / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / response to UV / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ubiquitin binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / late endosome / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / lysosome / chromatin remodeling / DNA repair / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like ...: / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ranzani, A.T. / de Oliveira, J.F.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Mechanistic insights revealed by a UBE2A mutation linked to intellectual disability.
著者: de Oliveira, J.F. / do Prado, P.F.V. / da Costa, S.S. / Sforca, M.L. / Canateli, C. / Ranzani, A.T. / Maschietto, M. / de Oliveira, P.S.L. / Otto, P.A. / Klevit, R.E. / Krepischi, A.C.V. / ...著者: de Oliveira, J.F. / do Prado, P.F.V. / da Costa, S.S. / Sforca, M.L. / Canateli, C. / Ranzani, A.T. / Maschietto, M. / de Oliveira, P.S.L. / Otto, P.A. / Klevit, R.E. / Krepischi, A.C.V. / Rosenberg, C. / Franchini, K.G.
履歴
登録2018年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6161
ポリマ－17,6161
非ポリマー00
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.511, 52.419, 88.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A / E2 ubiquitin-conjugating enzyme A / RAD6 homolog A / hHR6A / Ubiquitin carrier protein A / ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme A / RAD6 homolog A / hHR6A / Ubiquitin carrier protein A / Ubiquitin-protein ligase A


分子量: 17615.627 Da / 分子数: 1 / 変異: Q93E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2A, RAD6A / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta II(DE3) / 参照: UniProt: P49459, E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM di-Sodium succinate pH 7.0 and 12-14% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45868 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45868 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.113 Å / Num. obs: 9371 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 44.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.2-2.274.41.2897700.5240.6831.46699.7
9.07-45.115.10.031700.9990.0140.03399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CYO

6cyo


解像度: 2.2→45.113 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 484 5.19 %
Rwork0.2038 --
obs0.2061 9326 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.11 Å2 / Biso mean: 55.5488 Å2 / Biso min: 25.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→45.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1229 0 0 26 1255
Biso mean---51.9 -
残基数----153
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2-2.51840.36521610.281528603021
2.5184-3.17270.30781640.254629203084
3.1727-45.12270.20921590.173830623221
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.5589 Å / Origin y: -3.7203 Å / Origin z: 19.957 Å
111213212223313233
T0.3247 Å20.0254 Å2-0.0235 Å2-0.3215 Å2-0.0163 Å2--0.3134 Å2
L4.6188 °2-1.0215 °2-2.6425 °2-1.7317 °20.9007 °2--4.5916 °2
S0.0625 Å °-0.0292 Å °0.2582 Å °-0.0276 Å °-0.0405 Å °-0.0435 Å °-0.2634 Å °0.0548 Å °-0.0245 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 152
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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