PDB-3zh4: crystal structure of S. pneumoniae Hungary 19A MurA1 in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zh4

タイトル

crystal structure of S. pneumoniae Hungary 19A MurA1 in complex with citrate

要素

UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / MURA

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gutierrez-Fernandez, J. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2013
タイトル: Heteroresistance to Fosfomycin is Predominant in Streptococcus Pneumoniae and Depends on Mura1 Gene.
著者: Engel, H. / Gutierrez-Fernandez, J. / Fluckiger, C. / Martinez-Ripoll, M. / Muhlemann, K. / Hermoso, J.A. / Hilty, M. / Hathaway, L.J.

履歴

登録	2012年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zh4.cif.gz	174.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zh4.ent.gz	138.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zh3C 1nawS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sg1-1 3sg1-4 4e7d-1 3v3n-1 4gfp-d 4j33-2 1dlg-1 3sg1-3 4j2w-2 4hyp-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (4) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (4)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

45.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.584, 70.360, 45.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE / ENOYLPYRUVATE TRANSFERASE / UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE ENOLPYRUVYL TRANSFERASE 分子量: 45102.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 株: HUNGARY 19A-6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: B1IBM3, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.6 詳細: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE, PH 5.6, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.2 Å / Num. obs: 32208 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NAW

1naw

解像度: 1.8→45.241 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.94 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE NOT INCLUDED IN THE MODEL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	1634	5.1 %
R_work	0.1603	-	-
obs	0.1626	32208	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.241 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3106	0	20	347	3473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3199
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	4337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.849	1203
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	518
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	564

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8004-1.8534	0.3074	134	0.2342	2420	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8534-1.9132	0.2634	135	0.2096	2500	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9132-1.9816	0.2619	134	0.1929	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9816-2.061	0.2177	123	0.1723	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.061-2.1547	0.2308	136	0.1678	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1547-2.2683	0.2138	148	0.1566	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2683-2.4105	0.2185	121	0.155	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4105-2.5966	0.2023	117	0.1637	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5966-2.8578	0.2152	149	0.1653	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8578-3.2712	0.1833	147	0.1623	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2712-4.121	0.1921	142	0.1357	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.121-45.2553	0.1727	148	0.1502	2724	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.085	0.3067	0.9818	0.6618	0.3087	1.3148	0.0945	-0.3103	-0.1012	0.1004	-0.0516	0.0637	0.0947	-0.1473	-0.0229	0.1056	-0.0127	0.0225	0.0994	0.0282	0.072	-11.5711	19.4173	-2.9951
2	4.476	-0.3719	1.5014	1.1624	-0.3198	2.7334	0.0963	-0.2546	-0.4238	0.2064	-0.0611	0.0189	0.2802	0.0023	-0.0024	0.2159	0.0046	0.0068	0.1806	0.0773	0.1464	-1.5132	18.8436	7.3332
3	1.8814	-0.5503	-1.3127	2.1705	0.4941	1.8145	0.1115	0.0081	-0.9628	0.0546	-0.1667	-0.0766	0.6494	0.0948	-0.0077	0.2363	0.0288	-0.0368	0.1742	0.0316	0.3194	7.5428	10.1255	-2.9327
4	2.6784	-0.5112	-0.2341	2.1224	0.0701	1.7834	-0.0848	-0.0683	-0.2836	0.0209	0.0585	-0.074	0.1841	0.2358	0.0227	0.0832	-0.0013	0.0131	0.1389	0.0089	0.0988	11.8108	18.5774	-9.7576
5	1.0804	0.1371	0.7701	0.897	0.4077	1.0614	-0.0509	0.0425	0.0503	-0.1268	0.0032	0.0793	-0.1296	0.065	0.0602	0.0882	-0.015	0.0113	0.0578	0.0121	0.078	-13.4326	25.7603	-19.4512
6	1.7332	0.4043	0.3802	1.0827	-0.0719	2.0733	0.1269	-0.0589	-0.2018	0.0214	-0.0369	0.0022	0.2073	-0.0042	-0.0228	0.107	-0.0045	-0.0093	0.0392	0.0103	0.1184	-20.2436	9.052	-18.4234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1 THROUGH 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 60 THROUGH 91 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 92 THROUGH 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 122 THROUGH 218 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESID 219 THROUGH 304 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 305 THROUGH 419 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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