[日本語] English
万見
- PDB-3zgo: Re-refined structure of the human Sirt2 apoform -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zgo
タイトルRe-refined structure of the human Sirt2 apoform
要素NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
キーワードHYDROLASE / NAD+-DEPENDENT DEACETYLASE / SIRTUIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / peptidyl-lysine deacetylation / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / paranode region of axon / regulation of exit from mitosis / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / Schmidt-Lanterman incisure / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / regulation of phosphorylation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein deacetylation / positive regulation of oocyte maturation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / juxtaparanode region of axon / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / chromatin silencing complex / meiotic spindle / protein lysine deacetylase activity / regulation of myelination / response to redox state / positive regulation of DNA binding / histone deacetylase activity / histone acetyltransferase binding / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of cell division / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin / lipid catabolic process / cellular response to epinephrine stimulus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / centriole / substantia nigra development / negative regulation of autophagy / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin binding / meiotic cell cycle / negative regulation of protein catabolic process / autophagy / spindle / histone deacetylase binding / mitotic spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / heterochromatin formation / myelin sheath / chromosome / growth cone / cellular response to oxidative stress / midbody / perikaryon / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / innate immune response / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / TRIETHYLENE GLYCOL / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Moniot, S. / Steegborn, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of the Histone Deacetylase Sirt2.
著者: Finnin, M.S. / Donigian, J.R. / Pavletich, N.P.
履歴
登録2012年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22017年10月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.32017年10月25日Group: Data collection
カテゴリ: diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength
Item: _diffrn_radiation.wavelength_id
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 3ZGO REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1J8FSF) ...THIS ENTRY 3ZGO REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1J8FSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 1J8F: N.P.PAVLETICH,M.S.FINNIN,J.R.DONIGIAN

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
B: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
C: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,61816
ポリマ－109,9803
非ポリマー1,63813
水19,4921082
1
A: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2205
ポリマ－36,6601
非ポリマー5604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9224
ポリマ－36,6601
非ポリマー2623
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4767
ポリマ－36,6601
非ポリマー8166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.940, 119.070, 218.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACETYLASE SIRTUIN-2 / SIRTUIN 2 / ISOFORM 1 / REGULATORY PROTEIN SIR2 HOMOLOG 2 / SIR2-LIKE PROTEIN 2


分子量: 36660.125 Da / 分子数: 3 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-4T3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 6種, 1095分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1082 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.24 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1J8F.

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
回転陽極11.54
シンクロトロンCHESS F120.98
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.981
反射Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.63→19.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.113 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19503 2441 2 %RANDOM
Rwork0.16785 ---
obs0.16839 120106 95.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.055 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7451 0 87 1082 8620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0198336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.98711298
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8193.00218287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.81551063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23523.801371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.849151485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0361554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0219558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5250.8854091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5220.8844090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3231.3165204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5313.5274245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded26.57853
LS精密化 シェル解像度: 1.63→1.672 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 106 -
Rwork0.258 5113 -
obs--56.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4068-0.2790.20281.6047-0.39120.53480.0045-0.019-0.01450.13210.034-0.04410.0013-0.0525-0.03850.09180.0137-0.01480.0527-0.00880.039422.65726.6632.639
20.25010.2180.08272.6787-1.05451.1450.01560.0168-0.02190.0594-0.0341-0.4619-0.03620.05030.01850.0860.0055-0.0640.06660.02610.227238.832.27430.235
30.6975-0.6208-0.33930.73520.10430.52740.0020.01940.12150.00070.0024-0.0998-0.06090.0165-0.00440.10160.0061-0.02980.0684-0.01420.080383.59357.5238.199
40.3023-0.3147-0.43820.71270.55791.1192-0.07240.0157-0.11590.0943-0.04530.1270.0774-0.13670.11770.1079-0.01110.00960.1012-0.01690.084172.38744.40141.533
50.29090.16420.00041.16350.02720.171-0.0093-0.0219-0.02490.01690.01930.0361-0.0121-0.004-0.01010.08110.0025-0.01640.0169-0.01120.061969.15423.3540.808
60.8866-0.06230.67810.2889-0.04961.2774-0.00580.0628-0.0049-0.00050.03640.0285-0.0898-0.0424-0.03060.0945-0.0098-0.00960.0358-0.00190.062273.12339.261-3.519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 261
2X-RAY DIFFRACTION2A262 - 356
3X-RAY DIFFRACTION3B32 - 265
4X-RAY DIFFRACTION4B266 - 356
5X-RAY DIFFRACTION5C54 - 241
6X-RAY DIFFRACTION6C242 - 356

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る