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- PDB-3zgh: Crystal structure of the KRT10-binding region domain of the pneum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zgh
タイトルCrystal structure of the KRT10-binding region domain of the pneumococcal serine rich repeat protein PsrP
要素CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MSCRAMM / KERATIN-10
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-positive-bacterium-type cell wall / symbiont-mediated perturbation of host defense response / single-species biofilm formation / cell adhesion / cell surface / DNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3400 / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Pneumococcal serine-rich repeat protein / Pneumococcal serine-rich repeat protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schulte, T. / Loefling, J. / Mikaelsson, C. / Kikhney, A. / Hentrich, K. / Diamante, A. / Ebel, C. / Normark, S. / Svergun, D. / Henriques-Normark, B. / Achour, A.
引用ジャーナル: Open Biol / 年: 2014
タイトル: The basic keratin 10-binding domain of the virulence-associated pneumococcal serine-rich protein PsrP adopts a novel MSCRAMM fold.
著者: Tim Schulte / Jonas Löfling / Cecilia Mikaelsson / Alexey Kikhney / Karina Hentrich / Aurora Diamante / Christine Ebel / Staffan Normark / Dmitri Svergun / Birgitta Henriques-Normark / Adnane Achour /
要旨: Streptococcus pneumoniae is a major human pathogen, and a leading cause of disease and death worldwide. Pneumococcal invasive disease is triggered by initial asymptomatic colonization of the human ...Streptococcus pneumoniae is a major human pathogen, and a leading cause of disease and death worldwide. Pneumococcal invasive disease is triggered by initial asymptomatic colonization of the human upper respiratory tract. The pneumococcal serine-rich repeat protein (PsrP) is a lung-specific virulence factor whose functional binding region (BR) binds to keratin-10 (KRT10) and promotes pneumococcal biofilm formation through self-oligomerization. We present the crystal structure of the KRT10-binding domain of PsrP (BR187-385) determined to 2.0 Å resolution. BR187-385 adopts a novel variant of the DEv-IgG fold, typical for microbial surface components recognizing adhesive matrix molecules adhesins, despite very low sequence identity. An extended β-sheet on one side of the compressed, two-sided barrel presents a basic groove that possibly binds to the acidic helical rod domain of KRT10. Our study also demonstrates the importance of the other side of the barrel, formed by extensive well-ordered loops and stabilized by short β-strands, for interaction with KRT10.
履歴
登録2012年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年5月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5637
ポリマ－22,1391
非ポリマー4236
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.510, 74.510, 121.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2048-

HOH

21A-2096-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN / PNEUMOCOCCAL SERINE RICH REPEAT PROTEIN / SRRP


分子量: 22139.418 Da / 分子数: 1 / 断片: KRT10-BINDING REGION DOMAIN, RESIDUES 187-385 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97P71, UniProt: A0A0H2URK1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.35 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: WELL-DIFFRACTING CRYSTALS OF WILD-TYPE AND SE-MET-BR187-385 WERE OBTAINED IN 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 25% PEG4000 (W/V) USING THE SITTING DROP VAPOR- ...詳細: WELL-DIFFRACTING CRYSTALS OF WILD-TYPE AND SE-MET-BR187-385 WERE OBTAINED IN 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 25% PEG4000 (W/V) USING THE SITTING DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD FOLLOWED BY MICRO-SEEDING.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.977
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.3 Å / Num. obs: 44053 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 35.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL OBTAINED FROM SAD EXPERIMENT

解像度: 2→48.318 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 16.43 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: A SINGLE RAMACHANDRAN PLOT OUTLIER WAS FOUND IN THE FINAL MODEL CORRESPONDING TO RESIDUE T271, LOCATED IN A LOOP REGION WITH WEAK ELECTRON DENSITY. RESIDUES T311, Q312 AND G313 ARE LOCALIZED ...詳細: A SINGLE RAMACHANDRAN PLOT OUTLIER WAS FOUND IN THE FINAL MODEL CORRESPONDING TO RESIDUE T271, LOCATED IN A LOOP REGION WITH WEAK ELECTRON DENSITY. RESIDUES T311, Q312 AND G313 ARE LOCALIZED AT THE BEGINNING OF A TURN MOTIF WHICH WAS DIFFICULT TO MODEL. RESIDUES S376 AND S377 ARE LOCALIZED AT THE C-TERMINUS OF THE PROTEIN WITH WEAK ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2176 4.9 %
Rwork0.1769 --
obs0.1781 44052 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.984 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.318 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1352 0 28 114 1494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4171896
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.242494
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006239
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9999-2.04340.28961330.26042593X-RAY DIFFRACTION100
2.0434-2.09090.21421340.24082642X-RAY DIFFRACTION100
2.0909-2.14320.19211390.20742611X-RAY DIFFRACTION100
2.1432-2.20120.20911360.18322639X-RAY DIFFRACTION100
2.2012-2.26590.20041310.17412619X-RAY DIFFRACTION100
2.2659-2.33910.19631410.16752625X-RAY DIFFRACTION100
2.3391-2.42270.22241380.17492581X-RAY DIFFRACTION100
2.4227-2.51970.19481370.16732613X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-2.63430.1961400.17772630X-RAY DIFFRACTION100
2.6343-2.77320.18711360.15752621X-RAY DIFFRACTION100
2.7732-2.94690.18981370.16492608X-RAY DIFFRACTION100
2.9469-3.17440.20261420.17462608X-RAY DIFFRACTION100
3.1744-3.49380.1891350.17592628X-RAY DIFFRACTION100
3.4938-3.99920.17171320.1672605X-RAY DIFFRACTION100
3.9992-5.03770.17961330.14422622X-RAY DIFFRACTION100
5.0377-48.3320.26031320.21742631X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.895 Å / Origin y: -34.4247 Å / Origin z: -4.5657 Å
111213212223313233
T0.1409 Å20.0471 Å2-0.0278 Å2-0.2274 Å20.0212 Å2--0.2305 Å2
L2.6323 °20.4247 °21.354 °2-1.7884 °21.0174 °2--4.1183 °2
S0.105 Å °-0.1908 Å °-0.1624 Å °0.0519 Å °0.0793 Å °-0.0784 Å °0.3283 Å °0.4245 Å °-0.1281 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (CHAIN A AND RESID 203:379)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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