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- PDB-3zco: Crystal structure of S. cerevisiae Sir3 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zco
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae Sir3 C-terminal domain
要素REGULATORY PROTEIN SIR3
キーワードTRANSCRIPTION / WINGED-HELIX LIKE DOMAIN / DIMERIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein-containing complex localization to telomere / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear origin of replication recognition complex / chromatin silencing complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA replication origin binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation ...establishment of protein-containing complex localization to telomere / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear origin of replication recognition complex / chromatin silencing complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA replication origin binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / heterochromatin / nucleosome binding / heterochromatin formation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / chromatin binding / nucleolus / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2450 / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2450 / AAA lid domain / AAA lid domain / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain / BAH domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein SIR3
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Oppikofer, M. / Kueng, S. / Keusch, J.J. / Hassler, M. / Ladurner, A.G. / Gut, H. / Gasser, S.M.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Dimerization of Sir3 Via its C-Terminal Winged Helix Domain is Essential for Yeast Heterochromatin Formation.
著者: Oppikofer, M. / Kueng, S. / Keusch, J.J. / Hassler, M. / Ladurner, A.G. / Gut, H. / Gasser, S.M.
履歴
登録2012年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATORY PROTEIN SIR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9171
ポリマ－15,9171
非ポリマー00
水00
1
A: REGULATORY PROTEIN SIR3

A: REGULATORY PROTEIN SIR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8332
ポリマ－31,8332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555-y,-x,-z+1/31
Buried area1710 Å2
ΔGint-8.3 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.320, 75.320, 55.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 REGULATORY PROTEIN SIR3 / SILENT INFORMATION REGULATOR 3


分子量: 15916.698 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 840-978 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06701

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 5076 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 88.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→28.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9553 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9172 / SU R Cruickshank DPI: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.525 / SU Rfree Blow DPI: 0.307 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.315
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2626 728 14.34 %RANDOM
Rwork0.2109 ---
obs0.2181 5076 99.98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 101.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.006 Å20 Å20 Å2
2---1.006 Å20 Å2
3---2.0119 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.707 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→28.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1010 0 0 0 1010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011025HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.341381HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d378SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes24HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes139HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1025HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.6
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion141SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1213SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→3.02 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3225 199 13.85 %
Rwork0.2529 1238 -
all0.2622 1437 -
obs--99.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.8891 Å / Origin y: 16.2468 Å / Origin z: -1.862 Å
111213212223313233
T0.173 Å20.3173 Å20.2816 Å2--0.0948 Å20.1202 Å2---0.194 Å2
L8.2091 °2-1.409 °20.2747 °2-7.0048 °20.882 °2--3.6815 °2
S-0.4793 Å °-0.1451 Å °-0.4713 Å °-0.6907 Å °0.2499 Å °-0.4801 Å °-0.2575 Å °0.1704 Å °0.2294 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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