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- PDB-3gpm: Structure of the trimeric form of the E113G PCNA mutant protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3gpm
タイトルStructure of the trimeric form of the E113G PCNA mutant protein
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / Isopeptide bond / Nucleus / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA metabolic process / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 ...positive regulation of DNA metabolic process / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / PCNA complex / lagging strand elongation / DNA damage tolerance / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / translesion synthesis / mismatch repair / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / replication fork / nucleotide-excision repair / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Freudenthal, B.D. / Gakhar, L. / Ramaswamy, S. / Washington, M.T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: A charged residue at the subunit interface of PCNA promotes trimer formation by destabilizing alternate subunit interactions.
著者: Freudenthal, B.D. / Gakhar, L. / Ramaswamy, S. / Washington, M.T.
履歴
登録2009年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8721
ポリマ－28,8721
非ポリマー00
水00
1
A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen

A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6163
ポリマ－86,6163
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area3480 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area36390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.093, 122.093, 122.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 28871.988 Da / 分子数: 1 / 変異: E113G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL30, YBR0811, YBR088C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P15873

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月8日 / 詳細: saggital focusing mirrors
放射モノクロメーター: Sagitally focused Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→29.62 Å / Num. all: 6194 / Num. obs: 6146 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 10.56 % / Biso Wilson estimate: 92.254 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 3.8→3.903 Å / 冗長度: 9.84 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 439 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 99.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PLQ

1plq


解像度: 3.8→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 46.347 / SU ML: 0.669 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / ESU R Free: 0.699 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31215 282 4.6 %RANDOM
Rwork0.27331 ---
obs0.27531 5860 99.22 %-
all-6187 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.254 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1990 0 0 0 1990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.9892687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2255253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.9925.24482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.06915363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.184158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21362
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5551.51288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0122038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7643766
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.324.5649
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.903 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 19 -
Rwork0.308 439 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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