PDB-3x3t: Recombinant thaumatin in the presence of 1.5M PST at 293K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3x3t

タイトル

Recombinant thaumatin in the presence of 1.5M PST at 293K

要素

thaumatin I

ソーマチン

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) /

thaumatin (ソーマチン) / sweet-tasting protein / sweet receptor / mainly beta /

taste protein (味覚) / sweet taste receptor /

aril (仮種皮)

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.501 Å

データ登録者

Masuda, T. / Okubo, K. / Mikami, B.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the recombinant thaumatin in the presence of PST at room temperature
著者: Masuda, T. / Okubo, K. / Mikami, B.

履歴

登録	2015年1月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3x3t.cif.gz	100.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3x3t.ent.gz	83.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3x3t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/3x3t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/3x3t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3x3oC 3x3qC 3x3rC 3x3sC 4xvbC 3al7 3ald 3aok 3vhf 3wou 3wxs 3x3p C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2blr-d 6fj9-d 3x3r-d 2vhk-d 3x3o-d 3x3q-d 2vi2-d 4eko-d 4el2-d 4eka-d 6s1d-d 4dj1-d 4xvb-d 3dzn-d 4diz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: thaumatin I

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.505, 58.505, 151.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	thaumatin I / ソーマチン分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thaumatococcus daniellii (植物) / プラスミド: pPIC6-pre-TH / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: A1IIJ1, UniProt: P02883*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.05M ADA, 1.5 M K-Na TARTRATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 43097 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 69.33
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.501→27.292 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 10.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1299	2150	5 %
R_work	0.1126	-	-
obs	0.1135	43012	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.7 Å² / B_iso mean: 20.5269 Å² / B_iso min: 8.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.501→27.292 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1551	0	10	164	1725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	2493
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	346
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.866	684

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5006-1.5355	0.1775	139	0.1222	2641	2780	99
1.5355-1.5739	0.1316	140	0.1019	2661	2801	100
1.5739-1.6164	0.1284	140	0.093	2666	2806	100
1.6164-1.664	0.1094	141	0.0821	2673	2814	99
1.664-1.7177	0.1114	139	0.0808	2674	2813	100
1.7177-1.7791	0.1009	142	0.0811	2687	2829	100
1.7791-1.8503	0.118	142	0.0825	2697	2839	100
1.8503-1.9345	0.1278	142	0.0879	2697	2839	100
1.9345-2.0364	0.1226	143	0.0901	2705	2848	100
2.0364-2.164	0.1242	143	0.1002	2727	2870	100
2.164-2.331	0.115	143	0.1087	2733	2876	100
2.331-2.5654	0.145	145	0.1295	2740	2885	100
2.5654-2.9362	0.1606	146	0.1418	2784	2930	100
2.9362-3.6979	0.1376	148	0.1297	2801	2949	100
3.6979-27.2968	0.12	157	0.1174	2976	3133	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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