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- PDB-3x2m: X-ray structure of PcCel45A with cellopentaose at 0.64 angstrom r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3x2m
タイトルX-ray structure of PcCel45A with cellopentaose at 0.64 angstrom resolution.
要素Endoglucanase V-like protein
キーワードHYDROLASE
機能・相同性Expansin/pollen allergen, DPBB domain / Expansin, family-45 endoglucanase-like domain profile. / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Mainly Beta / beta-cellopentaose / Endoglucanase V-like protein
機能・相同性情報
生物種Phanerochaete chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.64 Å
データ登録者Nakamura, A. / Ishida, T. / Samejima, M. / Igarashi, K.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2015
タイトル: "Newton's cradle" proton relay with amide-imidic acid tautomerization in inverting cellulase visualized by neutron crystallography.
著者: Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Fushinobu, S. / Tanaka, I. / Kaneko, S. / Ohta, K. / Tanaka, H. / Inaka, K. / Higuchi, Y. / Niimura, N. / Samejima, M. / Igarashi, K.
履歴
登録2014年12月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Other
改定 1.22015年12月30日Group: Experimental preparation
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.type / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase V-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8363
ポリマ－18,1791
非ポリマー1,6572
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.938, 57.554, 63.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase V-like protein


分子量: 18178.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerochaete chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: egv, PcCel45A / プラスミド: pPICZa / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: B3Y002
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 60% 3-methyl-1,5-pentanediol, 50mM Tris-HCl, 5mM cellopentaose, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.71
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.64→50 Å / Num. obs: 313284 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 62.3
反射 シェル解像度: 0.64→0.65 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 68.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 0.64→37.206 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 12.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1289 15889 5.07 %
Rwork0.1221 --
obs0.1224 313240 91.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.64→37.206 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1273 0 112 280 1665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3072189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.999592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.6399-0.64720.33354100.35086961X-RAY DIFFRACTION65
0.6472-0.65480.33034250.33148278X-RAY DIFFRACTION77
0.6548-0.66280.3245090.31188765X-RAY DIFFRACTION81
0.6628-0.67110.28124610.2898990X-RAY DIFFRACTION83
0.6711-0.680.2824700.27349195X-RAY DIFFRACTION85
0.68-0.68930.24664810.26129406X-RAY DIFFRACTION87
0.6893-0.69910.23935060.23999476X-RAY DIFFRACTION88
0.6991-0.70960.2264720.22349599X-RAY DIFFRACTION89
0.7096-0.72070.20685700.20429523X-RAY DIFFRACTION89
0.7207-0.73250.20235310.18689797X-RAY DIFFRACTION91
0.7325-0.74510.17465220.17159821X-RAY DIFFRACTION91
0.7451-0.75870.16575350.15739890X-RAY DIFFRACTION91
0.7587-0.77330.1475280.14539950X-RAY DIFFRACTION92
0.7733-0.7890.135300.13849925X-RAY DIFFRACTION92
0.789-0.80620.13945090.133310171X-RAY DIFFRACTION93
0.8062-0.8250.12465420.126410118X-RAY DIFFRACTION93
0.825-0.84560.12085790.119610104X-RAY DIFFRACTION93
0.8456-0.86840.12675310.114910233X-RAY DIFFRACTION94
0.8684-0.8940.11255750.106810214X-RAY DIFFRACTION94
0.894-0.92290.10615390.100310269X-RAY DIFFRACTION94
0.9229-0.95580.09215500.096910284X-RAY DIFFRACTION95
0.9558-0.99410.0885550.095110213X-RAY DIFFRACTION94
0.9941-1.03940.10215690.089710211X-RAY DIFFRACTION94
1.0394-1.09420.09065170.08810320X-RAY DIFFRACTION94
1.0942-1.16270.09025180.085810400X-RAY DIFFRACTION95
1.1627-1.25250.0995890.093910709X-RAY DIFFRACTION98
1.2525-1.37860.10246230.101410918X-RAY DIFFRACTION100
1.3786-1.5780.10565550.103511041X-RAY DIFFRACTION100
1.578-1.98820.10496080.105411110X-RAY DIFFRACTION100
1.9882-37.26870.14815800.123411460X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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