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- PDB-3wzt: Crystal structure of Trx3 domain of UGGT (detergent-unbound form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wzt
タイトルCrystal structure of Trx3 domain of UGGT (detergent-unbound form)
要素UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
キーワードTRANSFERASE / Thioredoxin fold / Endoplasmic reticulum / Quality control / glucosyltransferase / folding sensor / Thioredoxin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase activity / protein glycosylation / endoplasmic reticulum lumen / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain ...UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase, thioredoxin-like domain 4 / UGGT, thioredoxin-like domain 3 / UGGT, thioredoxin-like domain 1 / UGGT, thioredoxin-like domain 2 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like domain / Glucosyltransferase 24, catalytic domain / Glucosyltransferase 24 / UDP-glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhu, T. / Satoh, T. / Kato, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2014
タイトル: Structural insight into substrate recognition by the endoplasmic reticulum folding-sensor enzyme: crystal structure of third thioredoxin-like domain of UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase
著者: Zhu, T. / Satoh, T. / Kato, K.
履歴
登録2014年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月31日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
B: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
C: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
D: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
E: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein
F: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,3416
ポリマ－110,3416
非ポリマー00
水00
1
A: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ－18,3901
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ－18,3901
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ－18,3901
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ－18,3901
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ－18,3901
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3901
ポリマ－18,3901
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.4, 196.4, 196.4
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24F
15B
25C
16B
26D
17B
27F
18C
28D
19C
29F
110D
210F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLEULEUAA673 - 8295 - 161
21ASNASNLEULEUBB673 - 8295 - 161
12ASNASNGLNGLNAA679 - 83011 - 162
22ASNASNGLNGLNCC679 - 83011 - 162
13LYSLYSLEULEUAA674 - 8296 - 161
23LYSLYSLEULEUDD674 - 8296 - 161
14THRTHRGLUGLUAA696 - 82628 - 158
24VALVALGLUGLUFF686 - 82618 - 158
15ASNASNGLNGLNBB679 - 83011 - 162
25ASNASNGLNGLNCC679 - 83011 - 162
16LYSLYSLEULEUBB674 - 8296 - 161
26LYSLYSLEULEUDD674 - 8296 - 161
17THRTHRGLUGLUBB696 - 82628 - 158
27VALVALGLUGLUFF686 - 82618 - 158
18ASNASNGLNGLNCC679 - 83011 - 162
28ASNASNGLNGLNDD679 - 83011 - 162
19VALVALVALVALCC686 - 82718 - 159
29VALVALVALVALFF686 - 82718 - 159
110THRTHRGLUGLUDD696 - 82628 - 158
210VALVALGLUGLUFF686 - 82618 - 158

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
要素

#1: タンパク質
UDP-glucose-glycoprotein glucosyltransferase-like protein


分子量: 18390.176 Da / 分子数: 6 / 断片: Trx3 domain, UNP residues 671-831 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0048990 / プラスミド: pCold-GST (modified) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: G0SB58

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97888 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. all: 17447 / Num. obs: 17411 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 44.7 % / Biso Wilson estimate: 81.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 34.1
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 45.4 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 1722 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WZS

3wzs


解像度: 3.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 28.996 / SU ML: 0.476 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.634 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.292 865 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.237 16478 99.41 %-
all-16478 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6452 0 0 0 6452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196544
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.988830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.041314481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.21016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027303
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.8419.4223226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.8359.4213225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.99714.1093994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.99614.113995
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.62910.293317
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.62810.293318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.84815.14837
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.07197.0185213
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.0797.025214
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A94850.06
12B94850.06
21A86550.07
22C86550.07
31A94160.06
32D94160.06
41A62740.07
42F62740.07
51B85740.07
52C85740.07
61B93720.06
62D93720.06
71B62800.08
72F62800.08
81C86690.06
82D86690.06
91C66480.06
92F66480.06
101D63470.06
102F63470.06
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 58 -
Rwork0.257 1194 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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