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- PDB-3wz3: Structure of a periplasmic fragment of TraM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wz3
タイトルStructure of a periplasmic fragment of TraM
要素TraM protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / type IVB secretion
機能・相同性Type-IV b secretion system, inner-membrane complex component / Type-IV b secretion system, inner-membrane complex component / TraM protein
機能・相同性情報
生物種Plasmid R64 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kuroda, T. / Kubori, T. / Uchida, Y. / Nagai, H. / Imada, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Molecular and structural analysis of Legionella DotI gives insights into an inner membrane complex essential for type IV secretion
著者: Kuroda, T. / Kubori, T. / Thanh Bui, X. / Hyakutake, A. / Uchida, Y. / Imada, K. / Nagai, H.
履歴
登録2014年9月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TraM protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5402
ポリマ－16,4431
非ポリマー961
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.757, 67.757, 73.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-555-

HOH

21A-595-

HOH

31A-618-

HOH

詳細AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 TraM protein


分子量: 16443.484 Da / 分子数: 1 / 断片: periplasmic fragment, UNP residues 91-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Plasmid R64 (その他) / 遺伝子: traM / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R2H2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.05M Glycine pH9.0, 0.8M Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月16日
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→24.9 Å / Num. all: 27756 / Num. obs: 27756 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 11.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 21.4 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique all: 3907 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SPring-8BBSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→23.956 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2068 2008 7.24 %RANDOM
Rwork0.1804 ---
obs0.1823 27723 98.78 %-
all-27723 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.469 Å2 / ksol: 0.372 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0231 Å20 Å2-0 Å2
2---1.0231 Å20 Å2
3---2.0462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→23.956 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1085 0 5 230 1320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2191538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.596425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005199
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5001-1.53760.21491440.1803176597
1.5376-1.57920.21091400.1765178098
1.5792-1.62560.19921360.1749179598
1.6256-1.67810.21430.1738178398
1.6781-1.7380.20741360.172181699
1.738-1.80760.20531430.1724179098
1.8076-1.88980.20971360.1753183799
1.8898-1.98940.21491410.1728181099
1.9894-2.1140.25031430.1759184199
2.114-2.27710.20191430.1727184899
2.2771-2.5060.18321350.1809185599
2.506-2.86820.20911470.1861879100
2.8682-3.61160.19311580.18721897100
3.6116-23.95870.21241630.18742019100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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