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- PDB-3wyp: Crystal structure of wild-type core streptavidin in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wyp
タイトルCrystal structure of wild-type core streptavidin in complex with D-biotin/biotin-D-sulfoxide at 1.3 A resolution
要素Streptavidin
キーワードBIOTIN BINDING PROTEIN / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN-D-SULFOXIDE / BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Kawato, T. / Mizohata, E. / Meshizuka, T. / Doi, H. / Kawamura, T. / Matsumura, H. / Yumura, K. / Tsumoto, K. / Kodama, T. / Inoue, T. / Sugiyama, A.
引用ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of streptavidin mutant with low immunogenicity.
著者: Kawato, T. / Mizohata, E. / Meshizuka, T. / Doi, H. / Kawamura, T. / Matsumura, H. / Yumura, K. / Tsumoto, K. / Kodama, T. / Inoue, T. / Sugiyama, A.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
D: Streptavidin
C: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,24820
ポリマ－53,1254
非ポリマー2,12216
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14580 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area18090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.354, 97.696, 52.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質
Streptavidin


分子量: 13281.336 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 37-163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: pPAL7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3) / 参照: UniProt: P22629

-
非ポリマー , 5種, 496分子

#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BSO / BIOTIN-D-SULFOXIDE / 5-[(3AR,4R,6AS)-5-OXIDO-2-OXOHEXAHYDRO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-4-YL]PENTANOIC ACID


分子量: 260.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O4S
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 24% polyethylene glycol 4000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. all: 113295 / Num. obs: 110519 / % possible obs: 96 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F01

2f01


解像度: 1.3→26.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.666 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17875 5538 5 %RANDOM
Rwork0.13061 ---
obs0.13302 104885 95.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3630 0 136 480 4246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0213921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2321.9265357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6025494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.51623.631157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.27915532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1261518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6421.52393
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.66823822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.73531528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1914.51531
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.68133921
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.299→1.333 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 345 -
Rwork0.2 7352 -
obs--90.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3488-0.0768-0.08380.52880.08940.26970.0190.00420.0537-0.03220.0032-0.0059-0.03840.0025-0.02220.02160.0002-0.00280.032400.01372.3168-6.608221.0316
20.3026-0.0603-0.18220.49430.03140.497-0.0015-0.02860.01540.02820.0265-0.05320.00910.0133-0.0250.0109-0.0017-0.01210.0382-0.00280.014113.5891-17.142226.4744
30.35010.0759-0.18710.7425-0.00340.3499-0.0411-0.016-0.06160.00510.0102-0.02330.05790.01790.03090.02030.0014-0.00340.03850.00170.0197-2.013-25.4641.808
40.66630.0617-0.02210.4799-0.02790.1838-0.0240.0359-0.0137-0.06640.0234-0.00340.0055-0.02090.00060.0284-0.0029-0.00720.0384-0.00270.0032-1.962-35.75314.389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 134
2X-RAY DIFFRACTION1A1001
3X-RAY DIFFRACTION2B14 - 135
4X-RAY DIFFRACTION2B1001
5X-RAY DIFFRACTION3C13 - 134
6X-RAY DIFFRACTION3C1001
7X-RAY DIFFRACTION4D14 - 135
8X-RAY DIFFRACTION4D1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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