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- PDB-3wxy: Crystal structure of CsyB complexed with CoA-SH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wxy
タイトルCrystal structure of CsyB complexed with CoA-SH
要素Putative uncharacterized protein csyB
キーワードTRANSFERASE / CsyB / type III polyketide synthase / acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


type III polyketide synthase complex / tetraketide alpha-pyrone synthase activity / naringenin-chalcone synthase activity / polyketide biosynthetic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Acylalkylpyrone synthase csyB / Acylalkylpyrone synthase csyB
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.706 Å
データ登録者Mori, T. / Yang, D. / Matsui, T. / Morita, H. / Fujii, I. / Abe, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the formation of acylalkylpyrones from two beta-ketoacyl units by the fungal type III polyketide synthase CsyB.
著者: Mori, T. / Yang, D. / Matsui, T. / Hashimoto, M. / Morita, H. / Fujii, I. / Abe, I.
履歴
登録2014年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein csyB
B: Putative uncharacterized protein csyB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1504
ポリマ－90,6152
非ポリマー1,5352
水12,484693
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7140 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.970, 104.790, 73.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein csyB / Type III polyketide synthase CsyB


分子量: 45307.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 遺伝子: csyB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLR (DE3) / 参照: UniProt: Q53U84, UniProt: Q2U852*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 693 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM PIPES-NaOH, 4%PEG4000, 200mM LiCl, 2mM CoA-SH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.706→50 Å / Num. obs: 101115 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.84 % / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 1.71→1.81 Å / 冗長度: 3.86 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E1H

3e1h


解像度: 1.706→39.527 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1993 5056 5 %
Rwork0.174 --
obs0.1753 101107 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.706→39.527 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 96 693 6519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075950
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.158094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2392168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078920
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.706-1.72530.24861560.21132962X-RAY DIFFRACTION91
1.7253-1.74560.22011690.20923214X-RAY DIFFRACTION96
1.7456-1.76690.21531680.19463196X-RAY DIFFRACTION97
1.7669-1.78930.21361690.19063203X-RAY DIFFRACTION97
1.7893-1.81280.22811680.19363190X-RAY DIFFRACTION97
1.8128-1.83770.20891700.18563235X-RAY DIFFRACTION97
1.8377-1.86390.23361660.18453164X-RAY DIFFRACTION97
1.8639-1.89180.221710.19073252X-RAY DIFFRACTION97
1.8918-1.92130.23761680.18333178X-RAY DIFFRACTION97
1.9213-1.95280.24741700.18393227X-RAY DIFFRACTION97
1.9528-1.98650.19591690.17713217X-RAY DIFFRACTION97
1.9865-2.02260.2281680.17493193X-RAY DIFFRACTION97
2.0226-2.06150.2181720.17033262X-RAY DIFFRACTION97
2.0615-2.10360.20381720.17083267X-RAY DIFFRACTION98
2.1036-2.14930.20241670.16593189X-RAY DIFFRACTION98
2.1493-2.19930.20131710.16583236X-RAY DIFFRACTION98
2.1993-2.25430.22231710.16883256X-RAY DIFFRACTION98
2.2543-2.31530.19121700.17393232X-RAY DIFFRACTION98
2.3153-2.38340.19771710.16943249X-RAY DIFFRACTION98
2.3834-2.46030.19411740.16763292X-RAY DIFFRACTION98
2.4603-2.54820.20621700.17373229X-RAY DIFFRACTION98
2.5482-2.65020.19731720.18013272X-RAY DIFFRACTION99
2.6502-2.77080.20291720.17933278X-RAY DIFFRACTION98
2.7708-2.91680.19641730.1783286X-RAY DIFFRACTION98
2.9168-3.09950.21561720.17343267X-RAY DIFFRACTION99
3.0995-3.33870.18691740.16843300X-RAY DIFFRACTION98
3.3387-3.67450.19181690.17233215X-RAY DIFFRACTION96
3.6745-4.20570.18441630.15953099X-RAY DIFFRACTION93
4.2057-5.29670.14391580.15943004X-RAY DIFFRACTION90
5.2967-39.5380.20371530.18572887X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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