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- PDB-3wxs: Thaumatin structure determined by SPring-8 Angstrom Compact free ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wxs
タイトルThaumatin structure determined by SPring-8 Angstrom Compact free electron Laser (SACLA)
要素thaumatin Iソーマチン
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / thaumatin (ソーマチン) / sweet-tasting protein / thaumatin family (ソーマチン) / sweet receptor / mainly beta / taste protein (味覚) / aril (仮種皮)
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ソーマチン / ソーマチン / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Masuda, T. / Nango, E. / Sugahara, M. / Mizohata, E. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Suzuki, M. / Mikami, B. / Iwata, S.
引用ジャーナル: Nat. Methods / 年: 2015
タイトル: Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography
著者: Sugahara, M. / Mizohata, E. / Nango, E. / Suzuki, M. / Tanaka, T. / Masuda, T. / Tanaka, R. / Shimamura, T. / Tanaka, Y. / Suno, C. / Ihara, K. / Pan, D. / Kakinouchi, K. / Sugiyama, S. / ...著者: Sugahara, M. / Mizohata, E. / Nango, E. / Suzuki, M. / Tanaka, T. / Masuda, T. / Tanaka, R. / Shimamura, T. / Tanaka, Y. / Suno, C. / Ihara, K. / Pan, D. / Kakinouchi, K. / Sugiyama, S. / Murata, M. / Inoue, T. / Tono, K. / Song, C. / Park, J. / Kameshima, T. / Hatsui, T. / Joti, Y. / Yabashi, M. / Iwata, S.
履歴
登録2014年8月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thaumatin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3782
ポリマ－22,2281
非ポリマー1501
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.699, 57.699, 149.776
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 thaumatin I / ソーマチン


分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: A1IIJ1, UniProt: P02883*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 8856

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch method / pH: 7.2
詳細: 0.1M ADA, 1.0M K/Na tartrate, pH 7.2, batch method, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.23 Å
検出器タイプ: MPCCD octal / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 22712 / % possible obs: 99.9 % / Biso Wilson estimate: 18.59 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3al7

3al7


解像度: 2→28.849 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 921 5.15 %
Rwork0.1568 --
obs0.1591 17889 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.63 Å2 / Biso mean: 20.0307 Å2 / Biso min: 5.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 0 10 166 1727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1322319
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.106623
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.10550.22421230.157323632486
2.1055-2.23730.18941210.147923712492
2.2373-2.410.19941370.146823882525
2.41-2.65240.2151290.155723782507
2.6524-3.03580.191360.155524242560
3.0358-3.82340.20031350.146924382573
3.8234-28.85250.19721400.174126062746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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