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- PDB-3wx8: Purification, characterization and structure of nucleoside diphos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wx8
タイトルPurification, characterization and structure of nucleoside diphosphate kinase from Drosophila S2 cells
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / nucleotide binding specificity / nuclease activity / Rossmann Fold / catalyzation / NDP Binding / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside triphosphate biosynthetic process / regulation of tube architecture, open tracheal system / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / establishment or maintenance of polarity of follicular epithelium / open tracheal system development / epithelial cell migration, open tracheal system / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / nuclear microtubule ...ribonucleoside triphosphate biosynthetic process / regulation of tube architecture, open tracheal system / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / establishment or maintenance of polarity of follicular epithelium / open tracheal system development / epithelial cell migration, open tracheal system / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / deoxyribonucleoside triphosphate biosynthetic process / nuclear microtubule / Neutrophil degranulation / adherens junction organization / nucleoside-diphosphate kinase / nucleotide metabolic process / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / microtubule-based process / kinase activity / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / GTP binding / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.952 Å
データ登録者Qian, L.
引用ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 2014
タイトル: Purification, characterization and structure of nucleoside diphosphate kinase from Drosophila melanogaster
著者: Qian, L. / Liu, X.
履歴
登録2014年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7053
ポリマ－51,7053
非ポリマー00
水11,403633
1
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
C: Nucleoside diphosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,4106
ポリマ－103,4106
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area16960 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area35560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.243, 114.243, 94.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-277-

HOH

21A-349-

HOH

31A-383-

HOH

41C-361-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase / NDK / NDP kinase / Abnormal wing disks protein / Killer of prune protein


分子量: 17234.955 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: awd, K-pn, CG2210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08879, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 633 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60%(v/v) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U11
シンクロトロンBSRF 1W2B20.9793
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2012年6月2日
MAR CCD 130 mm2CCD2012年10月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1YALE MIRRORSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2YALE MIRRORSSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 50905 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): 10.12 / Observed criterion σ(I): 12.58
反射 シェル最高解像度: 1.94 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.952→49.469 Å / FOM work R set: 0.8936 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 2570 5.05 %RANDOM
Rwork0.1549 48304 --
obs0.1563 50874 98.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.768 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 88.31 Å2 / Biso mean: 20.5 Å2 / Biso min: 8.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5447 Å2-0 Å20 Å2
2---3.5447 Å20 Å2
3---7.0893 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.952→49.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3631 0 0 633 4264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013705
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2535010
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.086537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006639
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4581368
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.952-1.98950.2302980.16811837193568
1.9895-2.03010.1831650.15972648281398
2.0301-2.07430.1781420.143726872829100
2.0743-2.12250.17091620.145726882850100
2.1225-2.17560.2081320.142927222854100
2.1756-2.23440.18371640.1426912855100
2.2344-2.30020.19941520.142827022854100
2.3002-2.37440.18441240.146327332857100
2.3744-2.45930.17071150.145727512866100
2.4593-2.55780.19551590.151927042863100
2.5578-2.67420.19161590.158627152874100
2.6742-2.81510.181550.159426982853100
2.8151-2.99150.21431360.17227402876100
2.9915-3.22240.19251230.165727832906100
3.2224-3.54660.16751460.155127462892100
3.5466-4.05960.1631540.137127622916100
4.0596-5.11390.13711420.134427912933100
5.1139-49.48450.22031420.200629063048100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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