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- PDB-3wus: Crystal Structure of the Vif-Binding Domain of Human APOBEC3F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wus
タイトルCrystal Structure of the Vif-Binding Domain of Human APOBEC3F
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
キーワードHYDROLASE / APOBEC3F / A3F / Zinc binding / antiviral enzyme / CYTIDINE DEAMINASE / DNA binding / HIV-1 VIF / single-stranded polynucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / negative regulation of viral process / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / transposable element silencing ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / negative regulation of viral process / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / transposable element silencing / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / negative regulation of viral genome replication / positive regulation of defense response to virus by host / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like N-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Nakashima, M. / Kawamura, T. / Ode, H. / Watanabe, N. / Iwatani, Y.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into HIV-1 Vif-APOBEC3F Interaction.
著者: Nakashima, M. / Ode, H. / Kawamura, T. / Kitamura, S. / Naganawa, Y. / Awazu, H. / Tsuzuki, S. / Matsuoka, K. / Nemoto, M. / Hachiya, A. / Sugiura, W. / Yokomaku, Y. / Watanabe, N. / Iwatani, Y.
履歴
登録2014年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8684
ポリマ－45,7382
非ポリマー1312
水1267
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9342
ポリマ－22,8691
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9342
ポリマ－22,8691
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.294, 117.294, 78.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3F / Apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide-like 3F / A3F


分子量: 22868.834 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 187-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3F / プラスミド: PET41A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)PLYSS
参照: UniProt: Q8IUX4, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 8.5% PEG 20000, 2% Dioxane, 300mM L-Arginine HCl, 85mM Na BICINE, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→101.58 Å / Num. obs: 20935 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 2.54→2.58 Å / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VOW

3vow


解像度: 2.54→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 9.709 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25648 1069 5.1 %RANDOM
Rwork0.19979 ---
obs0.20266 19812 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.789 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å20.69 Å20 Å2
2--1.39 Å2-0 Å2
3----4.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3130 0 2 7 3139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8631.9114416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89536522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.535366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.51523.556180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.56715506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9651516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5655.1751470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5625.1721469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.0227.7521834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0237.7561835
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3015.7141778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2935.7071775
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.2118.372581
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.13542.5043793
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.13442.5143793
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.544→2.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 57 -
Rwork0.315 1454 -
obs--98.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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